Page 185 - İBG 2021 Faaliyet Raporu

sezonunun ilk aylarında Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı öğretim üyelerinden Prof. Dr. Ayça Arzu Sayıner ve ekibi tarafından toplanmış ve solunum yolu hastalıklarına sebep olan virüsler için test edilmiş ve arşiv materyali olarak TAE tampon solüsyonunda saklanan nazofarenks örnekleri proje yürütücüsüne teslim edilmiştir. Önerilen projede, bahsi geçen nazofarenks sürüntü örneklerinden influenza A-pozitif olduğu saptanan ve alt tipleri belirlenen (H3N2 ya da H1N1) 100 örnek herhangi bir demografik grup hedeflemeden seçilmiştir. Seçim aşamasında yüksek konsantrasyonda RNA izole edilebilmesi için seçilen örneklerin, tanı aşamasında yapılan gerçek-zamanlı RT-PCR sırasında elde edilen Ct (cycle threshold) değerleri de göz önünde bulundurularak, 44 adet H3N2 ve 56 adet H1N1 örneği seçilmiştir. Projede 50 adet H3N2 örneği seçilmesi hedeflenmiştir, fakat arşiv materyali arasında yeterli sayıda H3N2-pozitif olan örnek bulunmadığından, sonraki aşamalarda kullanılabilecek 44 mevcut H3N2-pozitif örneğinin tamamı seçilmiştir. Seçilen örneklerden RNA izolasyonlarının yapılmasından sonra Ct değerleri yüksek olan örneklerin RNA’larından tüm genom çoğaltılmaya çalışılmıştır. HA geninin 634 bazlık bir kısmı çoğaltabilinen 19 H1N1 ve 12 H3N2 örneği seçilerek bu örneklerin tüm genomu başarıyla çoğaltılmıştır. Bu aşamadan sonra elde edilen genlerin çeşitli ekstraksiyon yöntemleriyle saflaştırılması yapılarak dizileme işlemlerine hazır hale getirilmiştir. Bu süreçte projede hedeflenen miktarda (25 adet H1N1 ve 25 adet H3N2) pozitif örnek tespit edilemediğinden ve satın alınacak bazı ürünlerin güncel piyasa değerlerinin artmasından dolayı ek bütçe ve ek malzeme talepleri yapılmıştır. Ek bütçe ve ek malzeme talepleri komisyon tarafından onaylanmış olup, proje hedeflerine ulaşmak adına talep edilen sarf
malzemesi ile hizmet alımlarına da başlanmıştır. Proje bitiş tarihi olan Nisan 2022’ye kadar olan sürede hedeflenen sayıda pozitif örnek taranması ve bu örneklerin yeni nesil dizileme işlemlerinin ve analizlerinin tamamlanması hedeflenmektedir. Elde edilen dizileme verilerinden, projenin son iş paketinde yer alan major ve minör varyantların analizi ile olası gen takası olgusunun değerlendirilmesi kısmının bitirilerek projenin sonlandırılması planlanmaktadır.
Yeni Nesil Dizileme Yöntemi ile Türkiyede Bulunan Yarasaların Taşıdığı Zoonotik Virüs Profilinin Belirlenmesine Yönelik Ön Veri Eldesi ve Optimizasyon Çalışması (Yürütücü: Zeynep A. Koçer, Araştırmacılar: Prof. Dr. İbrahim Raşit Bilgin DEÜ-BAP, Ref: #2020.KB.FEN.031, 2021-2022): Zoonotik virüsler halk ve hayvan sağlığı açısından ciddi bir tehdit oluşturmaktadır. Bu tür virüsler birçok yabani ve evcil hayvanın yanı sıra insanların da ani ölümüne yol açabilecek lokal veya yaygın salgınlara da neden olabilirler. Zoonotik virüslerin en önemli taşıyıcılarından biri yarasalardır. Bazı virüsler tükürük, kan gibi biyolojik sıvılar aracılığıyla bulaşırken, bazıları ise dışkı ile vücuttan atılır. Dışkı ile dışarı atılan zoonotik virüslerin bir süre daha aktif olarak doğada kaldığı gözlemlenmiştir. Bu durum, insanlara ya da insanlarla yakın temas halinde bulunan köpek, domuz gibi birçok omurgalıya virüsün geçiş riskini arttırmaktadır. Türkiye’de farklı beslenme alışkanlıklarına sahip 39 yarasa türü ve bunların yaşadıkları yaklaşık 40.000 kadar mağara olduğu bilinmektedir. Turistik amaçla da kullanılan bu mağaraların yerel halk tarafından da ziyaret ediliyor olması, zoonoz riskini arttırarak, olası bir salgına zemin hazırlamaktadır. Ayrıca, dünya genelinde olduğu gibi ülkemizde de son zamanlarda artmış olan guano madenciliği bu gibi zoonoz hastalıkların
Teknolojik Araştırmalar Programı 177