Page 131 - İBG 2021 Faaliyet Raporu

2021, bilim adamları dahil herkes için “zor” bir yıl olmuştur. Bununla birlikte, zorluklara rağmen iyi organizasyon ve laboratuvar üyelerinin etkileyici çabaları sayesinde, Dimitrov Kromatin Biyolojisi ve Epigenetik Laboratuvarı’nın bilimsel hedeflerine ulaşmada gerçek bir ilerleme kaydedilmiştir. Araştırmalar üç alana odaklanılmıştır: (i) EMT/ MET’deki histon varyantlarının rolleri (ii) Sox ailesinden proteinlerin öncü transkripsiyon faktörlerinin (PTF) özelliklerinin analizi ve (iii) Rahman sendromunun etiyolojisinin moleküler düzeyde belirlenmesi.
Histon Varyantları ve EMT/MET: Bu çalışma, Dr. H. Alotaibi’nin (İBG) ekibi ile yakın bir işbirliği içinde yürütülmüştür. Histon varyantları H2A.Z-1, H2A.Z-2, H3.3A ve H3.3B’nin yanı sıra YL1 ve ubinuclein1’in (sırasıyla H2A.Z ve H3.3 için şaperonlar) rolü üzerine çalışmalara devam edilmiştir. NMUMG mezenkimal hücrelerinde (MET analizi için) veya MCF10A hücrelerinde (EMT’yi incelemek için) yukarıda belirtilen proteinlerden her birinin siRNA’lerle ilişkili olarak azalmasından yararlanılmıştır. Çalışma verileri, kilit epigenetik faktörler olan tüm bu proteinlerin EMT/MET’de anahtar rolünü oynadıklarını göstermiştir. Şaşırtıcı bir şekilde, hem H2A.Z hem de H3.3 varyantlarının ve ayrıca şaperonlarının da azalması, NMUMG hücrelerinin MET sürecine girme yeteneğine müdahale etmiştir. İlk veriler, bunun, bu proteinlerin tükenmesi nedeniyle hücrelerin düzgün mitoz bölünme geçirememesi durumunu yansıttığını düşündürmektedir. Histon şaperonlarının yokluğunun, histon varyantlarının yokluğuna benzer şekilde MET’yi etkilediği akılda tutularak, bu nokta, histon varyantlarının kromatin içinde uygun olmayan şekilde biriktirilmesinin, genomdaki genel organizasyonu etkilemek ve sonuç olarak MET’yi engellemek
için muhtemelen yeterli olduğuna işaret eder. Ancak, H2A.Z-1, H3.3A ve YL1’in (H2A.Z histon şaperonu) tükenmesinin etkisi, MET’dekinin aksine, kendiliğinden EMT’ye yol açar. Bu nedenle, bu proteinler MCF10A hücrelerinin epitel durumunu korumak için gereklidir. Bir bütün olarak ele alındığında, çalışma verileri, histon varyantlarının ve bunların şaperonlarının EMT/MET’deki anlamlarının “ying ve yang” karakterini göstermektedir. Geniş kapsamlı RNA-seq dahil “omik” yöntemleri kullanarak, EMT/MET’de histon varyantlarının/şaperonların rolünün bilinmeyen epigenetik mekanizmasını deşifre etme süreci yürütülmektedir.
Sox Ailesinden Proteinlerin Öncü Transkripsiyon Faktörlerinin Özellikleri: “ıslak” deneyler ve siliko modelleme: Bu çalışma Ezgi Karaca (İBG), Seyit Kale (İBG), Dimitar Angelov (İBG) ve Fransız meslektaşlar Ali Hamiche (IBGMC, Strasbourg) ve Jan Bednar (IAB, Grenoble) ile işbirliği içinde yürütülmüştür. DNA’nın ökaryotik çekirdeklerde nükleozomlara sarılması, altta kalan DNA’nın DNA bağlayıcı proteinlere erişimini zorlaştırır ve tüm DNA aracılı işlemlere müdahale eder. Bu kuralın bir istisnası, öncü transkripsiyon faktörleridir (PTF’ler). Bilinen TF’lerin aksine, PTF’ler doğrudan nükleozomal olarak organize edilmiş DNA’ya bağlanır ve karmaşık transkripsiyonel mekanizmanın bağlanmasına yardımcı olur. Bu gerçek, PTF’lere, hücresel programlamayı ve yeniden programlamayı başlatmanın yanı sıra diğer temel kromatin-şablonlu süreçlerde gen ekspresyonu için yeterlilik oluşturmada merkezi bir rol verir.
Bu çalışma ile Sox ailesinden proteinlerin transkripsiyon faktörleri PTF’lerin özelliklerinin
Faaliyetlere İlişkin Bilgi ve Değerlendirmeler 123