Page 157 - İBG 2021 Faaliyet Raporu

transkripsiyon faktörleri ön plana çıkarmaktadır. Bu faktörler tarafından yönetilen epigenetik yeniden düzenlenmenin kapsamını anlamak için, seçilen transkripsiyon faktörlerinden bazılarının hedefleri belirlenmiştir ve MET sürecinde hücrenin kromatin altyapısında meydana gelen değişimlerin RNA-Seq ve ChIP-Seq yöntemleriyle incelemesi gerçekleştirilmiştir. Buna göre belirli transkripsiyon faktörlerinin (Grhl3 gibi) MET sürecinin ilk 24 saatlik zaman dilimi içerisinde üretilen histon varyantları, H3K4me3, H3K27me3 ve H3K9Ac’yi yönetme potansiyeline sahip oldukları görülmüştür.
2021 yılında Alotaibi Transkripsiyonel Düzenleme Laborauvarı’nda yürütülen çalışmalar, uzun kodlanmayan RNA’lar (lncRNA) ve DNA metilasyonunun incelenmesi üzerinde yoğunlaşmıştır. Elde edilen RNA-Seq verileri sonucunda keşfedilen yeni ve daha önce tanımlanmamış lncRNA’ların gen ifadeleri analiz edilmiştir. Bu çalışmalar aynı zamanda, MET ile ilişkili bu yeni genlerin önemini ve hangi yolakları etkileyebileceklerini gösterecektir. Öte yandan, aynı verilerden MET ile ilişkili olduğu tespit edilen, bilinen lncRNA’lardan bazılarının MET süreci için kilit rol oynadıkları da doğrulanmıştır. Bundan sonraki analizlerde odaklanılan bu lncRNA’ların biyolojik rollerine ve MET sürecinin metastatik potansiyeline, terapötik ve diagnostik yaklaşımlarla farmasötik hedefler açısından uygunlukları araştıracaktır.
MET sürecinde, DNA metilasyonunun rolünü araştırabilmek için ise, şimdiye dek oluşturulan bilgi birikimi kullanarak genom bazında metilasyon ve hidroksimetilasyon profilleri incelenmektedir. Bu verilerin incelenmesi MET sürecinde DNA metilasyonunu etkileyen transkripsiyon faktörlerinin ve metilasyon-
histon varyantları arasındaki ilişkilerin açıklığa kavuşturulması açısından fayda sağlayacaktır. Bu amaçla deneylerin kurulduğu hücre kültürü ve deney planları üzerinden çalışmalar yürütülmekte ve teorik verilerden yola çıkarak görmeyi hedeflenen sonuçlar deneysel olarak doğrulanmıştır.
Aynı zamanda, İBG ve Ege Üniversitesi ile ortaklaşa yürütülen projelerde yer alınmakta ve bu çalışmalar kapsamında histon varyantları, transpozonlar ve mikroRNA’lar analiz edilmeye başlanmıştır. Bu konularda projeler geliştirilmeye devam edilmektedir. Tüm bu çalışmalar MET odaklı olup MET sürecinin kilit noktalarının aydınlatılmasına yönelik ortak bir hedef çerçevesi içerisinde yer almaktadır. MET sürecinin aydınlatılması ile açıklığa kavuşturulması hedeflenen epigenetik mekanizmaların anlaşılması, başta kanser olmak üzere çeşitli patolojik durumların, embryo gelişiminden başlayarak temel biyolojik süreçleri de kapsayan birçok mekanizmanın aydınlatılması açısından büyük önem arz etmektedir.
Ayrıca yazınsal olarak, 2021 yılında beş araştırma makalesi ve iki kitap bölümü yayınlanmıştır. Yine 2021 yılında bir adet 1001 projesi (219Z034) ve bir adet ikili işbirliği çağrısı kapsamında TÜBİTAK (Bosphorus 120N556) projesi devam etmektedir. Eğitim faaliyeti olarak, 2021 yılında iki doktora, dört yüksek lisans ve bir lisans öğrencisi ekipte çalışmaya başlamıştır. Ayrıca iki TÜBİTAK STAR bursiyeri çalışmalarına başlamak üzeredir. Bu öğrenciler de bahsi geçen projelerde yer almaya devam etmektedir.
Tüm bu çalışmaların bilim dünyasına git gide artarak faydalı olmasını ve katkı sağlaması hedeflenmektedir.
Temel ve Translasyonel Araştırmalar Programı 149