Page 106 - Faaliyet Raporu 2022

Hesaplamalı Sistem Biyolojisi Laboratuvarı kurulumu ve araştırma faaliyetlerine başlanması(Yürütücü:AthanasiaPavlopoulou): İBG’den sağlanan altyapı desteği ile Pavlopoulou Laboratuvarında tamamlanan ve yürütülmekte olan projeler aşağıda yer almaktadır:
• Transkriptomik analizi ile COVID-19 hastalarında alternatif bir nötrofil aracılı model ortaya çıkarıldı: COVID-19 pandemisi neredeyse üç yıldır devam etmektedir. Bununla birlikte, SARS-CoV-2’nin dokular üzerindeki etkisini ve hastalık şiddetini birbirine bağlayan mekanizmalar tam olarak aydınlatılamamıştır. Pandeminin başlangıcından bu yana, SARS-CoV-2 enfeksiyonuna konak transkripsiyonel yanıtı ile ilgili çok sayıda yüksek verimli veri üretilmiştir. Bu bağlamda, Atina Biyomedikal Araştırma Vakfı Akademisi ve Teselya Üniversitesi’nden araştırmacılarla işbirliği içinde, SARS-CoV-2 enfeksiyonunun dolaşımdaki ve organ dokularındaki bağışıklık tepkileri üzerindeki etkisini değerlendirmeyi amaçladık. İlgili transkriptomik verilerde biyoinformatik, makine öğrenimi ve doğal dil işlemeyi içeren entegre bir hesaplama metodolojisi kullanarak, kan ve yumuşak dokulardaki kullanıma açık gen ekspresyonu verilerinden faydalanıldı. COVID-19 patofizyolojisi ve şiddeti temel olarak makrofaj kaynaklı tepkiler ve karakteristik bir “sitokin fırtınası” ile ilişkilendirilmiştir. Bu çalışmanın çarpıcı alternatif bulguları, COVID-19 patogenezine nötrofil bolluğunun ve bağışıklık sisteminin şiddetlenen baskılanmasının da aracılık edebileceğini ve sonucunda kontrolsüz viral yayılmaya, organ hasarına ve konakçı sitotoksisitesine yol açabileceğini düşündürmektedir. Bu çalışmanın bulguları, nötrofillerin yeni fizyolojik işlevlerinin yanı
sıra etnik köken ve lokalite veya evreleme ile ilişkili çalışmalarda keşfedilecek geçici yolları aydınlatmaktadır. Çalışmanın bu bulguları “Viruses” (DOI: 10.3390/v15010104) adlı SCI dergide yayınlanmıştır.
• COVID 19’da trombositopeni ve aşı kaynaklı trombotik trombositopeni: Atina Akademisi Biyomedikal Araştırma Vakfı ve Laiko Hastanesi, Atina Ulusal ve Kapodistrian Üniversitesi Tıp Fakültesi ile iş birliği içinde, COVID 19’da ve aşı kaynaklı trombotik trombositopenide (VITT) rol oynayan trombositopeni sinyal yollarının haritalanması amacıyla, anlamsal ilişkilerin tanımlanması için ağ tabanlı yaklaşımlar (interaktomlar) ve yapay zeka tekniklerini uygulayarak çalışma yürütülmüştür. Oluşturulan interaktomlar, insan vücudunun hipoksi kaynaklı tromboza yatkınlığını ortaya çıkararak akut COVID 19 fenotipine, ‘uzun COVID sendromuna’ ve/ veya VITT’e yol açabileceği ortaya konulmuştur. Çalışmanın bu bulguları “International Journal of Molecular Medicine” (DOI: 10.3892/ ijmm.2022.5090) adlı SCI dergide yayınlanmıştır.
• RadBioBase: Sağlıklı ve hastalıklı memeli dokularda radyasyon türüne ve doza özgü transkripsiyonel yanıtları içeren yeni veri tabanı: İyonlaştırıcı radyasyon (IR) gerçek bir genotoksik ajandır ve kanser tedavisinde önemli bir yöntemdir. IR, DNA dizilerini bozar ve yalnızca kritik hücresel işlevleri değiştirmekle kalmayıp aynı zamanda ışınlanan bölgenin proksimal ve distalindeki dokuları da etkileyen mutajenik ve/ veya sitotoksik özellikler gösterir. IR’nin hücresel ve organizma düzeylerindeki çeşitli etkilerini yöneten moleküler olayların ortaya çıkarılması hem radyoterapi hem de radyasyondan korunma açısından önemlidir. Atina Ulusal Teknik
Temel ve Translasyonel Araştırmalar Programı 99