Page 110 - Faaliyet Raporu 2022

Araştırma Takımı (2022): Doktora öğrencileri: Berçin Barlas, Burcu Özden, Büşra Savaş, Mehdi Koşaca; Yüksek Lisans Öğrencileri: Eda Şamiloğlu, İrem Yılmazbilek, Lisans öğrencileri: Beyza Kaynarca, Melis Oktayoğlu
Karaca Hesaplamalı Yapısal Biyoloji Laboratuvarı, temel olarak protein-protein ve protein-DNA etkileşimlerini açıklamaya odaklı araştırmalar sürdürmektedir. Bu kapsamda ilk hedefimiz, kompleks sistemlerin modellenmesine yönelik protokollerin tasarlanmasıdır. Grubun odaklandığı bir diğer araştırma konusu ise, proteinlerin spesifik bağlanma motiflerinin incelenerek dinamik etkileşimlerin nasıl değerlendirilmesi gerektiğinin araştırılmasıdır. Bunlara ek olarak, etkileşim arayüzünde oluşan çeşitliliğin hastalıklarla olan ilişkisinin aydınlatılması hedeflerimiz arasındadır. Bu
PROT-ON: PROTein kompleks arayüzünü yeniden tasarlayacak kritik mutasyONların yapıya dayalı tespiti (Yürütücü: Ezgi Karaca, Araştırmacılar: Mehdi Koşaca, Tuğçe Batur, Eda Şamiloğlu, İrem Yılmazbilek, Proje Tipi: TÜSEB Araştırma Projesi, Proje no: 3933, 2020- 2022): Milyonlarca yıllık evrim sürecinde, belki de hiç seçilmemiş etkileşim kombinasyonlarını bilgisayar ortamında modelleyebilmek, çığır açıcı bir gelişmedir. Bu sebepten ötürü, protein etkileşim tasarım yöntemlerinin kullanım alanı gün geçtikçe artmaktadır. Ancak, mevcut yöntemlerin; (i) Karmaşık bir kurguya sahip olması, (ii) Farklı bağlanma tiplerine göre kendini adapte edebilecek esneklikte olmaması, (iii) Aynı anda hem iyileştiren hem de kötüleştiren mutasyonlar gibi zıt karakterde tahminler yapamaması, (iv) Hesaplanan sayısız mutasyon olasılıkları arasından gürültülü olanları verimli bir şekilde ayıracak istatistiksel bir seçme fonksiyonuna sahip olmaması ve (v) Her kurumun erişiminin mümkün olmayacağı büyüklükte hesap kaynaklarına ihtiyaç duyması, protein etkileşim tasarımı alanında geliştirilmeye açık pek çok nokta bulunduğunu ortaya koymaktadır. Bu noktalar göz önünde bulundurularak, projede, hızlı ve kullanımı kolay olan PROT-ON yöntemi kurgulanmıştır. Projenin ikinci yılında, PROT-ON’un geliştirilmesi tamamlanmış olup, bir web sunucu üzerinden akademik kullanıma açılmıştır. Sunucuya http://proton.tools.ibg.edu. tr:8001 linki aracılığıyla ulaşılabilir.
TROPIC: An integrative approach to define druggable human-parasite interactions (Yürütücü: Ezgi Karaca, Yesid Cuesta Astroz, Araştırmacılar: Burcu Özden, Beyza Kaynarca, Proje Tipi: 2511 TÜBİTAK Kolombiya Bilim
kapsamda, 2022 projelerimiz:
yılında
sürdürdüğümüz
Identification of Pioneer Transcription Factor Binding Modes to Chromatin (Yürütücü: Ezgi Karaca, Araştırmacılar: Burcu Özden, Berçin Barlas, Büşra Savaş, Mehdi Koşaca, İrem Yılmazbilek, Proje Tipi: EMBO Installation Grant, Proje no: # 4421, 2020-2023): Kromatinin temel birimi olan nükleozom, epigenetik ile ilgili süreçlerin merkezinde yer alır. DNA’nın nükleozom içine, daha sonra kromatine sıkıştırılması transkripsiyon için bir engel teşkil etmektedir. Bu kuralın bir istisnası, öncül transkripsiyon faktörleridir (PTF’ler). “Geleneksel” transkripsiyon faktörlerinin aksine, PTF’lerin nükleozoma bağlandığı görülmüştür. Bu proje dahilinde, hücre biyolojisinde kritik rolü olan PTF’lerin kromatine bağlanma modları çözülmektedir.
Temel ve Translasyonel Araştırmalar Programı 103