Page 112 - Faaliyet Raporu 2022

Prevost, Araştırmacılar: Berçin Barlas, Proje Tipi: PRACE): Hücresel ortamdaki bir proteinin biyolojik aktivitesi, büyük ölçüde, diğer proteinler ve nükleik asitler gibi çeşitli makromoleküler partnerleri içeren karmaşık bir etkileşim ağına girme yeteneğine dayanır. Sonuç olarak bu etkileşim ağının çözümlenmesi, proteinin hücredeki işlevinin anlaşılması için çok önemlidir. Bu nedenle, protein komplekslerinin atomik düzeyde modellenmesi yapısal biyolojide kilit bir konu olmaya devam etmektedir. Bununla birlikte, protein komplekslerinin statik modelleri, protein arayüzünün dinamik davranışını ve zamana bağlı değişimini gözlemlemek için yeterli değildir. Bu proje çerçevesinde, çeşitli fonksiyonel gruplara sahip yaklaşık 250 protein kompleksi içeren Docking Benchmarking 5.5 veri tabanındaki komplekslerin moleküler dinamik simülasyonları gerçekleştirilecek ve protein-protein arayüzünün fizikokimyasal özelliklerinin ve etkileşimlerinin zamana bağlı analizi yapılacaktır. Proje çıktısı olarak tüm analiz ve simülasyon dosyaları araştırmacılarla paylaşılacak ve başta ilaç araştırmaları olmak üzere birçok çalışma için eşsiz bir kaynak olacaktır. Ayrıca bu projeden yola çıkarak TÜBİTAK-Fransa Dışişleri Bakanlığı Bosphorus Programı Ortak Proje Çağrısı’na sunulan proje önerisi 2023 yılı başında desteklenmeye hak kazanmıştır.
2022’de öne çıkan çalışmalarımız: Hesaplamalı Yapısal Biyoloji Laboratuvarı’nda gerçekleşen araştırmalar 2022 yılında SCI/SCIE indeksli dergilerdeki 6 makaleye, 2 poster ve 6 sözlü bildiriye konu olmuştur.
Öne çıkan üç makalemiz:
Ozden B, Kryshtafovych A, Karaca E, Assessment
of the CASP14 assembly predictions, Proteins. (2021) 89(12):1787-1799. doi:10.1002/ prot.26199
Karaca E, Rodrigues JPGLM, Graziadei A, Bonvin AMJJ, Carlomagno T. M3: an integrative framework for structure determination of molecular machines. Nature Methods. (2017) 14(9): 897-902.
Karaca E*, Melquiond ASJ*, de Vries SJ*, Kastritis PL, Bonvin AMJJ. Building Macromolecular Assemblies by Information-driven Docking. Mol. Cell. Prot. (2010) 9-8, 1784-1794.
Trichinella spiralis
Human
Temel ve Translasyonel Araştırmalar Programı 105