Page 172 - Faaliyet Raporu 2022

Spesifik transkripsiyon faktörleri, kodlanmayan RNA’lar (ncRNAs) ve epigenetik modifiye ediciler hücresel kimliği oluşturan öğelerin başında gelmektedir. Teorik olarak, transkripsiyonel programlarının manipülasyonu hücre kimliğinin istenilen yöne doğru değiştirilmesini programlama potansiyelinde olmaları nedeniyle büyük önem arz etmektedir. Bazı transkripsiyon faktörlerinin ifadeleri yeniden programlamanın kaderini değiştirebilme potansiyelleriyle kromatin altyapısının değiştirilmesine neden olurlar.
114Z245 ve 117Z223 numaralı tamamlanmış TÜBİTAK projelerimiz kapsamında elde ettiğimiz veriler bazı transkripsiyon faktörlerini ön plana çıkarmaktadır: Elf3, Grhl3, Cebpa, Ahr, ve Nfya gibi.
Bu faktörler tarafından yönetilen epigenetik yeniden düzenlenmenin kapsamını anlamak için seçilen transkripsiyon faktörlerinin bazılarının hedeflerinin belirlenmesi ve MET sürecinde hücrenin kromatin altyapısında meydana gelen değişimlerin RNA-Seq ve ChIP-Seq yöntemleriyle incelenmesi gerçekleştik. Buna göre belirli transkripsiyon faktörleri (Grhl3 gibi) MET sürecinin ilk 24 saatlik zaman dilimi içerisinde üretilen H3K4me3, H3K27me3 ve H3K9Ac yönetme potansiyeline sahip olduklarını gördük.
2022 yılında, çalışmalarımız lncRNA ve DNA metilasyonu üzerinde yoğunlaşmıştır. Elde ettiğimiz RNA-Seq verileri sonucunda keşfettiğimiz yeni ve daha önce tanımlanmamış lncRNA’ların gen ifadelerini analiz etmiştik. Bu çalışmalar aynı zamanda, MET ile ilişkili bu yeni genlerin önemini ve hangi yolakları
etkileyebilceklerini gösterecektir. Öte yandan aynı verilerden MET ile ilişkili bulduğumuz bilinen lncRNA’ların bazıları MET için kilit rolll oynadıklarını tespit etmiştik. Bundan sonraki analizlerde bu lncRNA’lara odaklanarak biyolojik rolu ve metastaz için önemli olan MET için diagnoz veya ilaç hedeflemek açısıdan uygunluklarını araştıracağız.
İBG’den, Ege ve Hacetteppe Üniversitelerinden ortaklaşa yapılan ve yürütülen projelerde yer almaktayız ve bu çalışmalar kapsamında histon varyantları, transpozonlar ve mikroRNA’ları analiz etmeye başlamıştık. Tüm bu analizleri MET odaklı olup ortak bir çerçevede yer almaktadır.
2022 yılında 3 araştırma makalesi yayınlamıştık.
2022 yılında iki adet 1001 projemiz (219Z034 ve 122Z886), 1 adet ikili işbirliği (Bosphorus 120N556) projemiz devam etmektedir. Ayrıca, yeni kabul edilen TÜSEB ve ADEP projelerimiz sözleşme hazırlığındadır.
2022 yılında ekibimizde doktora ve yüksek lisan öğrencileri yanı sıra, DEÜ lisans öğrencileri de yer almaktadır.
Temel ve Translasyonel Araştırmalar Programı 165