Page 101 - İBG 2021 Faaliyet Raporu

Hesaplamalı Sistem Biyolojisi Laboratuvarı Kurulumu ve Araştırma Faaliyetlerine Başlanması (Yürütücü: Athanasia Pavlopoulou): İBG’den sağlanan altyapı desteği ile Pavlopoulou Laboratuvarında tamamlanan ve yürütülmekte olan projeler aşağıda yer almaktadır:
• Tümörün Radyoterapiye Karşı Yanıtı: Yüksek dozlarda iyonlaştırıcı radyasyona (ing. ionizing radiation (IR)) maruz bırakılan kanser hücrelerinin yok edilmesi, klinik ortamda yaygın olarak kullanılan bir terapötik uygulamadır. Bununla birlikte, birçok durumlarda kanser hücreleri radyasyona karşı olağanüstü bir şekilde direnç geliştirebilir. Radyasyona karşı dirençlilik, kanserin etkili tedavisinde önemli bir engeli temsil eder. Bu sebeple, kanser hücrelerinde radyasyona karşı dirençlilikle ile ilgili moleküler mekanizmaların ve yolakların aydınlatılması büyük önem taşımaktadır. Radyasyonla tedavi edilen farklı doku kökenli insan kanser hücrelerinin genel kullanıma açık veri tabanlarından elde edilen RNA dizileme (RNA-Seq) ve mikro-dizileme (microarray) gen ekspresyon veri kümeleri üzerinde bütünleştirici bir biyoinformatik yaklaşımına başvurulmuştur. Bu veriler, radyasyona dirençli ve karşılık gelen radyasyona duyarlı kanser hücreleri arasında önemli ölçüde diferansiyel ifade edilmiş genleri belirlemek için incelenmiştir. Titiz istatistiksel ve biyolojik analizler yoluyla 36 gen radyasyona karşı direnç gösteren potansiyel biyobelirteçleri olarak tanımlanmıştır. Öncelikli olarak DNA hasar onarımı, oksidatif stres, hücrenin hayatta kalma ve apoptotik yolakları ile ilişkili olan bu genler, kanser hücresinin radyasyon tedavisine direncinin yanı sıra terapi sonucu ve kanser hastasının hayatta kalması için potansiyel tanısal/prognostik belirteçler olarak hizmet edebilir. Ek olarak,
elde edilen çalışma bulguları kanser hücresinin radyasyon tedavisi protokollerine duyarlılığını artırmak için laboratuvar ve klinik ortamlarda potansiyel olarak kullanılabilir. Çalışmanın bu bulguları “Frontiers in Cell and Developmental Biology” (DOI: 10.3389/fcell.2021.620248) adlı SCI dergide yayınlanmıştır.
• Akut Miyeloid Lösemi’de Tanısal ve Prognostik Belirteçlerin Belirlenmesi için In Silico Yöntemler: Yetişkinlerde en sık görülen akut lösemi türü olan akut miyeloid lösemi (AML), erken evrelerde semptom belirtmeyen ve hızlı bir şekilde ilerlemektedir. Bu özellikler zamanında tanı ve doğru prognoz için biyobelirteçlerin tanımlanmasını gerektirmektedir. Rostock Üniversitesi Tıp Merkezi Deneysel Gen Terapisi ve Kanser Araştırmaları Enstitüsü (The Institute of Experimental Gene Therapy and Cancer Research, Rostock University Medical Center)’ndeki meslektaşlar ile birlikte, AML’de tanısal ve olumlu prognostik belirteçlerin belirlenmesi için in slico yöntemleri uygulanmıştır. Bu amaçla, AML hastalarının ve karşılık gelen sağlıklı dokuların büyük ölçekli transkriptomik verileri üzerinde diferansiyel ifade edilen gen analizi yapılmıştır. Ağırlıklı birlikte ifade edilen genlerin ağ analizi (Weighted gene co-expression network analysis), birlikte ifade edilen genlerin ağlarını oluşturmak ve gen modüllerini saptamak için başvurulmuştur. Son olarak, ağ tabanlı yöntemler uygulanarak seçilen modüllerden hub genleri tanımlanmıştır. Bu sağlam ve bütünleştirici biyoinformatik yaklaşım, esas olarak hücre döngüsü ve bağışıklık tepkisi ile ilişkili yirmi dört gen kümesini ortaya çıkarmıştır. Ayrıca son derece olumlu sağkalıma sahip birkaç olağandışı hastanın moleküler özelliklerinin, daha tipik hastalık yörüngeleri
Temel ve Translasyonel Araştırmalar Programı 93