Page 103 - İBG 2021 Faaliyet Raporu

incelenmiştir. Çalışmanın bulguları, onkolojik radyasyon tedavilerinin etkinliğini artırmak veya hastaların radyasyona karşı radyo-duyarlılığını tahmin etmek gibi yeni klinik stratejilerin geliştirilmesi için kullanılabilmesi mümkündür. Çalışmanın bu sonuçları “Molecules” (DOI: 10.3390/molecules26247602.) adlı SCI dergide yayınlanmıştır.
• Kolon Karsinoma Hücrelerinde Anoikis Direnç Genlerinin Belirlenmesinde Crispr/Cas9 Genom Çapında Sekanslamanın Kullanılması (Yürütücü: Muzaffer Dükel, Araştırmacı: Athanasia Pavlopoulou, Danışmanlar: Hülya Ayar Kayalı, Ralph Leo Johan Meuwissen, Proje no: 120Z640): Bu çalışma kapsamında anoikis direnci gösteren kolon kanseri hücrelerinde, Crispr/Cas9 genom çapında sekanslama yaparak direnç oluşumu sürecinde etkin görev alan genlerin araştırılması planlanmaktadır. Çalışma kapsamında ilk olarak CCD-18Co, SW620 ve HCT-116 hücrelerinde Crispr/Cas9 aktivitesi ve anoikis direnç özelliklerinin test edilmesi planlanmaktadır. İkinci aşamada Crispr Kütüphanesinde bulunan sgRNA’ler için virüs üretimi yapılması ve üretilen virüsler ile CCD-18Co, SW620 veya HCT-116 hücrelerinin enfekte edilmesi planlamaktadır. Sonraki aşamada Crispr/Cas9 kütüphanesi ile enfekte edilmiş hücreler anoikis sürecine maruz bırakılacak ve genomik DNA izolasyonu yapılması planlanmaktadır. Bunu takiben iki aşamalı bir PCR süreci uygulanacak ve örnekler için Crispr genom sekanslama yapılacaktır. Yeni nesil sekanslama (NGS) sonrası biyoinformatik analiz gerçekleştirilecek ve anoikis direnci için etkin en az üç hedef genin belirlenmesi hedeflenmektedir. Belirlenen bu hedef genlerin anoikis direnci üzerine etkinliğinin validasyonunun yapılması planlanmaktadır. Ayrıca genlerin SW620 ve HCT-
116 hücrelerinde diğer metastatik karakterlerinin (invazyon, göç ve koloni oluşturma) nasıl etkilediğinin araştırılması planlanmaktadır. Son olarak ise anoikis direncinin ortaya çıkmasını sağlayan genlerin, in vivo tümör oluşumu ve büyümesinin nasıl etkilediğinin araştırılması planlanmaktadır.
Temel ve Translasyonel Araştırmalar Programı 95