Page 105 - İBG 2021 Faaliyet Raporu

Araştırma Takımı (2021): Doktora öğrencileri: Berçin Barlas, Burcu Özden, Büşra Savaş; Yüksek lisans öğrencileri: Mehdi Koşaca, Eda Şamiloğlu; Lisans öğrencileri: Can Yükrük, İrem Yılmazbilek, Eylül Aydın, Melis Oktayoğlu
Identification of Pioneer Transcription Factor Binding Modes to Chromatin (Yürütücü: Ezgi Karaca, Araştırmacılar: Burcu Özden, Berçin Barlas, Büşra Savaş, Proje Tipi: EMBO Installation Grant, Proje no: # 4421, 2020- 2023): Kromatinin temel birimi olan nükleozom, epigenetik ile ilgili süreçlerin merkezinde yer alır. DNA’nın nükleozom içine, daha sonra kromatine sıkıştırılması transkripsiyon için bir engel teşkil etmektedir. Bu kuralın bir istisnasın, öncül transkripsiyon faktörleridir (PTF’ler). “Geleneksel” transkripsiyon faktörlerinin aksine, PTF’lerin nükleozoma bağlandığı görülmüştür. Bu proje dahilinde, hücre biyolojisinde kritik rolü olan PTF’lerin kromatine bağlanma modları çözülmektedir.
ilaç moleküllerini tasarlamada çok önemlidir. Buradan hareketle, İBG’de gerçekleşen bu EMBO kursunda, protein komplekslerinin nasıl oluştuğunu tahmin etmeye yarayan hesaplamalı algoritmalar öğretilmiştir. Kurs, teorik ve pratik olmak üzere, iki aşamada gerçekleştirilmiş olup, pratik kısım sayesinde, katılımcıların dünyaca ünlü hesaplamalı biyologlarla bire bir etkileşime geçmesi sağlanmıştır.
Research to Service: Planning and Running a Bioinformatics Core Facility (Yürütücüler: Ezgi Karaca, Salvador Capella-Gutierrez, Cath Brooksbank, Eva Alloza, Sheila Zúñiga, Proje Tipi: EMBO Practical Course, Proje no: pc20/25, 2021): Yüksek kapasiteli hesaplama (YKH) merkezleri, moleküler yaşam bilimlerinin desteklenmesinde hayati bir rol oynamaktadır. Son yıllarda bu merkezlerin sayısı önemli ölçüde artmıştır. Bu EMBO Pratik Kursu, YKH yöneticilerini yetiştirmek için gerçekleştirilmiştir. Kurs, Barcelona Süperbilgisayar Merkezi’nde gerçekleşmiştir. Kurs sürecinde, temel olarak YKH yönetiminde, iş geliştirme, kaynak ve veri yönetimi aşamalarına odaklanmıştır. Kursta başlıca değinilen konular: (i) Kullanıcı merkezli bir yaklaşım ile biyoinformatik hizmetler ve eğitim tasarlamak, (ii) YKH merkezlerini etkin bir şekilde işletmek için gerekli kaynakları tahmin etmek, (iii) Biyoinformatik ihtiyaçlarını projelere erken aşamada dahil etmeleri için kullanıcılarını desteklemektir.
PROT-ON: PROTein Kompleks Arayüzünü Yeniden Tasarlayacak Kritik MutasyONların Yapıya Dayalı Tespiti (Yürütücü: Ezgi Karaca, Araştırmacılar: Mehdi Koşaca, Tuğçe Batur, Eda Şamiloğlu, Proje Tipi: TÜSEB Araştırma Projesi, Proje no: 3933, 2020-2022): Milyonlarca
5’
3’ dyad
SHL4
Integrative
Interactions
Alexandre Bonvin, João Rodrigues, Proje Tipi: EMBO Practical Course, Proje no: pc20/04, 2021): Proteinler ve proteinlerin etkileşimleri, tüm hücresel süreçlerin temelinde bulunmaktadır. Dolayısıyla, protein-protein etkileşimlerini atomistik çözünürlükte görmek, hücresel süreçleri anlamada ve onları hedefleyen
Tyr118 Arg51
Met57
Asn54
Phe56
Phe56 Asn54 TTGT
5’ 3’
Met57
hydrophobic base-specific h-bond
AACA
Modelling of
Biomolecular
(Yürütücüler:
Ezgi Karaca,
Temel ve Translasyonel Araştırmalar Programı 97
Arg51
Tyr118
SHL2
SHL6