Page 123 - İBG 2021 Faaliyet Raporu

İnvazif Olan ve İnvazif Olmayan Mesane Kanser Hücre Hatlarını Karakterize Eden Transkripsiyon Regülasyon Ağlarının Belirlenmesi (Yürütücü: Serap Erkek, Tübitak 3501, Ref: # 118Z166, 12/2018-12/2021): Bu projenin amacı kasa invazif ve kasa invazif olmayan mesane hücre hatlarındaki regülasyon ağlarını tanımlamaktır. Kas invazif ve kas invazif olmayan mesane kanseri hücre hatlarındaki aktif kromatin bölgelerini belirlemek için H3K27ac ChIP-seq gerçekleştirilmiştir. Sonuçlar, üretilen verilerin iyi kalitede olduğunu ve verilerin ilk işlenmesinden sonra, kasa invazif ve kasa invazif olmayan hücre hatları arasında diferansiyel olarak düzenlenmiş aktif kromatin bölgelerinin bulunabildiğini göstermiştir. Çalışılan aynı hücre hatları için üretilen ve literatürde mevcut gen ekspresyon verileri de kromatin analizi proje verilerini doğrulamıştır. Ayrıca, veri tabanlarında mevcut olan aktif kromatin bölgesi-hedef gen eşleşme bilgileri kullanılarak, kasa invazif ve kasa invazif olmayan mesane kanseri hücre hatlarını karakterize eden sinyal yolları belirlenmiştir. Ek olarak, gerçekleştirilen çalışma ile tanımlanan aktif kromatin bölgelerinde zenginleştirilmiş transkripsiyon faktör motifleri belirlenmiştir. Bu transkripsiyon faktörlerinin üçü için, Dr. Sina Rafiee (Francis Crick Institute, Londra) ile işbirliği
içinde ChIP-SICAP deneyleri gerçekleştirilmiş ve bu sayede söz konusu transkripsiyon faktörleri ile etkileşimde olan kromatin faktörleri belirlenmiştir. Ayrıca bu transkripsiyon faktörlerinin kullanılan hücre hatlarında gen regülasyonu üzerindeki etkilerini görmek için, aynı transkripsiyon faktör seti için siRNA deneyleri yapılmış ve invazyon üzerine etkileri Prof. Dr. Devrim Pesen Okvur (IYTE, İzmir) ile işbirliği içinde araştırılmıştır. Bu proje tamamlanmıştır ve projeden bir yüksek lisans tezi gerçekleştirilmiştir. Projenin kısmi sonuçları iki tane uluslararası ve üç ulusal kongrede sözlü olarak sunulmuştur. Ayrıca proje sonuçları makaleye dönüştürülmüş olup, değerlendirilme aşamasındadır.
Mesane Kanserine Sebep Olan Epigenetik Mekanizmaların Belirlenmesi (Yürütücü: Serap Erkek, EMBO Installation Grant, Ref: # 4148, 01/2019-12/2023): Mesane kanserine yön veren epigenetik mekanizmaları belirlemeyi amaçlayan bu proje EMBO yerleşim desteği kapsamında gerçekleştirilmektedir. Ayrıca projede 2020 yılında kazanılan L’OREAL-UNESCO Uluslararası Yükselen Yetenek Ödülü kapsamında sunulan araştırma desteği ve 2019 yılında kazanılan BAGEP desteği de kullanılmaktadır. Bu destekler ile yapılan alt araştırmalar aşağıda özetlenmiştir:
Primer mesane tümörlerinin epigenetik karakterizasyonu: İzmir Dokuz Eylül Üniversitesi Hastanesi’nden klinik ortaklarla birlikte COVID-19 nedeniyle karşılaşılan bazı zorluklara rağmen 2020 yılında TURBT prosedürü ile ameliyat edilen hastalardan (kasa invazif olmayan mesane kanseri) ~ 20 primer mesane dokusu materyali toplanma işlemi tamamlanmıştır. Bu dokular, RNA, DNA ve kromatin izolasyon prosedürleri için farklı tüplere konulmuş ve muhafaza
SWI/ SNF SNF
FRA1
MAP4K4
FLOT1
MAP4K4
FLOT1
SWI/ SNF
FLI1
SWI/ SNF
SWI/ SNF
FLI1
SWI/ SNF
SWI/
MIBC
SWI/ SNF
SWI/ SNF
SWI/ SNF
FRA1 / FLI1 Knockdown in MIBC
FRA1
SWI/ SNF
Temel ve Translasyonel Araştırmalar Programı 115