Page 124 - İBG 2021 Faaliyet Raporu

edilmiştir. RNA ve DNA izolasyon prosedürleri optimize edilmiş ve RNA izolasyon süreçleri tamamlanmıştır. Hastalardan izole edilmiş RNA kullanılarak RNA dizileme (RNA-seq) prosedürleri büyük ölçüde tamamlanmıştır ve analiz edilen örnekler arasındaki gen ekspresyon farklılıklarını ortaya çıkarmak ve bunları klinik ve patolojik özellikleriyle ilişkilendirmek için biyoinformatik analizler yapılacaktır. Ek olarak, mesane kanserinde sıklıkla mutasyona uğrayan kromatin proteinlerinin etkileşimde olduğu proteinleri belirlemek amacıyla ChIP-SPACE prosedürlerinin primer tümör materyallerine uygulanması amaçlanmıştır.
KDM6A’nın normal ve kanser mesane hücre hatlarında genomik hedeflerini ve düzenleyici mekanizmalarını ortaya çıkarmak: KDM6A, mesane kanserinde en sık mutasyona uğramış kromatin proteinlerinden biri olmasına rağmen, KDM6A’nın normal ve tümör karakterindeki mesanede düzenleyici mekanizmaları tam olarak belirlenmemiştir. Bu projenin amacı, bu moleküler detayların farklı bakış açıları ve metotların kullanılmasıyla ortaya çıkarılmasıdır. Projede normal, ölümsüzleştirilmiş ve kanser mesane hücrelerinde KDM6A’nın genomik bağlanma
bölgeleri belirlenmiştir. Çalışma sonuçları, farklı hücre hattı kategorilerinde KDM6A’nın farklılık gösteren profilleri olduğunu göstermiştir. Ayrıca Dr. Ezgi Karaca (İBG) ile yapılan işbirliği çalışmaları sonucunda, mutasyona uğramış KDM6A’nın transkripsiyon faktörleri ile olan etkileşimlerine dair önemli ipuçları elde edilmiştir. Ek olarak, KDM6A yokluğunun mesane kanseri hücre hatlarında epigenomik profilleri nasıl etkilediğini araştırmak için CRISPR-Cas9 yöntemi kullanılarak KDM6A nakavt edilmiştir. KDM6A değişikliği olmamış ve nakavt hücrelerde H3K4me3 ChIP deneyleri yapılmış ve dizileme aşamasındadır. Ayrıca, paralel olarak bu hücreler KDM6A yokluğuna bağlı fenotipik değişiklikler için de incelenmektedir. Araştırmanın kısmi sonuçları bir yüksek lisans tezinde yer almıştır. Ayrıca, araştırma sonuçlarının makaleye dönüşmesi için hazırlıklara başlanmıştır.
Retinoik asit ve türevlerinin mesane kanserinin epigenetik ve fenotipik özelliklerine olan etkisinin araştırılması: Retinoik asit (RA) sinyal yolağı, ürotelyum gelişimi, farklılaşması ve rejenerasyonu için çok önemlidir. RA sinyal yolağı regülasyonunun mesane kanserinde oldukça sık kesintiye uğradığı bilinmektedir. Retinoidler
116 Faaliyetlere İlişkin Bilgi ve Değerlendirmeler
T24 Vehicle Control
T24 5μM Fenretinide+GSK126 Combination