Page 135 - İBG 2021 Faaliyet Raporu

Angelov Kromatin ve Onarım Laboratuvarı’nda yürütülen çalışmalar, öncü transkripsiyon faktörleri tarafından kromatin invazyonun moleküler mekanizmasının incelenmesine, bağlayıcı histon H1E2deki Rahman sendromu hastalık mutasyonlarının DNA onarımı üzerindeki etkisinin ve elektron oksidasyon mekanizması tarafından üretilen DNA baz hasarının araştırılmasına dayanmaktadır. 2247-A TÜBİTAK proje desteği kapsamında üç doktora öğrencisi istihdam edilmiştir.
Öncü Transkripsiyon Faktörü Sox’un Nükleozom İnvazyon Mekanizması: Bir önceki yıl Dimitrov, Kale ve Karaca laboratuvarları ile yürütülen ortak bir çalışma doğrultusunda hematopoietik transkripsiyon faktörlerinden (TF) Sox6’nın, kromatin bağlamında DNA konsensüs TTGT minör oluk motifini tanıdığını ve kararlı bir spesifik bir kompleks oluşturduğu gösterilmiştir. Çalışma kapsamında Nucleic Acids Research dergisine sunulan çalışmayı inceleyen bir kişi, görünen denge ayrışma sabiti Kd’nin nicel bir tahminini sağlayan ek deneyler istemiştir. Bunun üzerine uygun lazer UV ayak izi deneyleri gerçekleştirilmiş ve elde edilen nicel veriler, önceki nitel sonuçlara dayalı ana sonuçları tamamen doğrulamıştır. Yeni verileri içeren bir makale prestijli eLife dergisine sunulmuş olup incelenmektedir.
2247-A TÜBİTAK Projesi “Rahman Sendromunda DNA Hasarının Onarımı”: Proje ile ilgili bilimsel ve teknik gelişmeler Nisan 2021’den itibaren aktiftir. Rahman sendromu adlı yeni keşfedilen bir sendromun gelişimi, son zamanlarda HIST1H1E genindeki bir mutasyona bağlanmıştır. HIST1H1E geni, kromatin yeniden şekillenmesi ve epigenetik düzenlemede yer
alan bağlayıcı histon ailesinin bir üyesi olan H1E histon proteinini kodlar. Rahman sendromu, bağlayıcı histon H1E’nin C-terminalinde meydana gelen çerçeve kayması mutasyonundan kaynaklanmaktadır. Etkilenen bireyler belirgin yüksek ön saç çizgisine, derin gözlere, erken yaşlanma gibi özelliklere sahiptirler. H1E mutasyonunun ilk değerlendirmesi, bir dizi in vitro ve in vivo deneylerde çalışmaya konu olan DNA onarım mekanizmalarını etkileyebileceği yönündedir.
DNA ve Proteinlerin Hazırlanması: WP1 üzerindeki çalışmalara, kromatin substratlarının montajı için gerekli bileşenlerin hazırlanmasıyla başlanmıştır. Bunlar, bir bakteri sisteminde normalden fazla ifade edilmesini ve insan çekirdek histonlarının homojenliğine kadar saflaştırmayı içerir: H2A, H2B, H3, H4, (Şekil 1A) WT H1E ve Rahman mutasyona uğramış RH1E bağlayıcı histonlar (Şekil 1B). Eşmolar
Şekil 1A) Saflaştırılmış ve katlanmış insan çekirdek histon tetramerleri H3-H4 ve dimerler H2A-H2B’nin SDS PAGE görüntüsü. B) Saflaştırılmış H1E WT ve RH1E bağlayıcı histonlar.
Temel ve Translasyonel Araştırmalar Programı 127