Page 141 - İBG 2021 Faaliyet Raporu

pek çok deneyi MM hücre hatlarında SOX7’nin harici olarak ifade edilmesini gerektirmektedir. Bu bağlamda SOX7 kodlama dizisi PMIG plazmidi içine başarılı biçimde klonlanmıştır. Klonlama işlemi sonrası restriksiyon enzim haritalama ve Sanger dizileme deneyleri ile SOX7 içeren plazmidin kalite kontrol işlemleri gerçekleştirilmiştir. Hücre kültürü yanı sıra projede gerçekleştirilen bu deney ve analizler esnasında yüksek lisans öğrencileri eğitilmiştir.
Doğal Öldürücü Hücre Homeostazının PRDM1 Tarafından Düzenlenmesi (Yürütücü: John Chan, Araştırmacılar: Xuxiang Liu, Can Küçük): PRDM1 geninin insan doğal öldürücü (NK) hücre aktivasyonu ve homeostazındaki rolünün epigenomik ve transkriptomik yöntemler yanı sıra işlevsel deneyler kullanılarak araştırıldığı ve City of Hope Tıp Merkezi’nde gerçekleştirilmekte olan
bu projedeki ChIP-Seq, ATAC-Seq, ve mRNA-seq deney sonuçlarının analizlerine katkı verilmiştir. Bu hesaplamalı biyoinformatik analizlere Küçük Lenfoid Kanser Genomiği Laboratuvarı’nda danışmanlığı yapılan bir doktora öğrencisi iştirak etmekte olup süreç içinde farklı epigenomik ve transkriptomik analizler konusunda eğitilmiştir.
Nöroblastom Moleküler Özelliklerinin Tüm Ekzom Dizileme Analizleri (Yürütücü: Zekiye Altun, Araştırmacılar: Zekiye Altun, Nur Olgun, Safiye Aktaş, Can Küçük): Dokuz Eylül Üniversitesi Onkoloji Enstitüsü’nde yürütülmekte olan bu projenin tüm ekzom dizileme deneylerinin hesaplamalı biyoinformatik analizleri gerçekleştirilmiştir. Süreç içinde Küçük Lenfoid Kanser Genomiği Laboratuvarı’nda bir doktora öğrencisi biyoinformatik analizler bağlamında eğitilip yönlendirilmiştir.
Temel ve Translasyonel Araştırmalar Programı 133