Page 140 - İBG 2021 Faaliyet Raporu

(Yürütücü: Can Küçük, Araştırmacılar: Nur Olgun, Zekiye Altun, Safiye Aktaş, Taner Kemal Erdağ, Erdener Özer, Faruk Güçlü, Nalan Akyürek, Tezer Kutluk, Nazan Özsan, Elvan Çağlar Çıtak, Dilek İnce, Dilek Çımrın, Eda Ataseven, Bengü Demirağ, Hongling Yuan, Xiaozhou Hu, Danışman: Safiye Aktaş, Tübitak 1001 proje no:118S505, 2018-2022): Pediatrik Burkitt lenfoma (BL) hastalarındaki dolaşımsal serbest miRNA ifadelerinin non- invazif tanı biyobelirteci olma potansiyellerinin incelendiği bu projede 2021 yılında özet olarak şu işlemler gerçekleştirilmiştir: 1) COVID-19 salgını nedeniyle pediatrik BL yanı sıra kontrol grubunu oluşturan obstrüktif uyku apnesi (OSA) olgularına proje önerisinde öngörülen süreden daha yavaş ulaşılması nedeniyle ve proje yürütücüsünün talebi üzerine TÜBİTAK’tan 6 ay ek süre temin edilmiştir. 2) Proje önerisinde belirtilen pBL ve OSA kontrol grubu olgu sayısına erişilmiştir; 3) Pediatrik BL ve kontrol grubu olgularına ait miRNA örneklerinin (dolaşımsal serbest, ekzozomal, tümör doku, ve OSA tonsil sentroblast) izolasyon işlemleri tamamlanmıştır; 4) Proje kapsamında elde edilen miRNA örneklerinin konsantrasyonları Qubit Florometre ile belirlenmiştir; 5) miRNA örnekleri küçük RNA dizileme deneyleri için bir genom analiz şirketine kargolandıktan sonra kalite kontrol işlemleri gerçekleştirilmiştir; 6) Projede öngörülen sayı ve çeşitlilikte miRNA örneğinin küçük RNA kütüphane hazırlanması ve yeni nesil dizileme işlemleri başarılı biçimde gerçekleştirilmiştir; 7) Pediatrik BL olgularında önemli oranda artan veya azalan miRNA’ların belirlenmesi amacıyla ham NGS verileri yürütücünün laboratuvarına güvenli biçimde aktarılmıştır. Ayrıca 2021 yılı içinde hazırlayıp ilettiğimiz 3. Proje Gelişme
Raporu ve Ek Süre Gelişme Raporu TÜBİTAK tarafından kabul edilmiştir.
Sıklıkla Delesyona Uğrayan 8p23.1 Lokusunda Yer Alan SOX7 Transkripsiyon Faktörünün Multipl Miyelom Gelişimi ve Tedavi Direncindeki Rolünün Moleküler, Epigenomik, ve Transkriptomik Yöntemlerle Karakterizasyonu (Yürütücü: Can Küçük, Araştırmacılar: Athanasia Pavlopoulou, Güner Hayri Özsan, Itır Şirinoğlu Demiriz, Kadriye Bahriye Payzın, Xiaozhou Hu, Tübitak 1001 proje no: 120S945, 2021-2024): 2021 yılı başlangıcında bu projenin etik kurul onayı alındıktan sonra diğer belge ve işlemler gerçekleştirilerek proje resmi olarak başlatılmıştır. İlk dönemlerde projeyle ilgili sarf malzeme, makine, ve teçhizat alım işlemleri gerçekleştirilmiştir. Projede öngörüldüğü gibi İzmir ve İstanbul’daki üç farklı hastaneden multipl miyelom kemik iliği örnekleri temin edilmeye başlanmıştır. Multipl miyelom (MM) kemik iliği örnekleri farklı zamanlarda yürütücünün laboratuvarına iletilmekte olup İBG Akış Şitometre Hizmet Birimi’nde bu örneklerden tümör hücre tasnifi gerçekleştirildiken sonra hücre içi SOX7 protein ifade seviyeleri belirlenme işlemlerine başlanmıştır. Ankara Üniversitesi’ndeki bir araştırmacıdan bu projedeki deneylerde kullanılmak üzere iki adet MM hücre hattı temin edilmiştir. Yürütücünün laboratuvarındaki MM hücre hatları kültüre edilip, çoğaltılıp, deneylerde kullanılmak üzere dondurulmuştur. Bu hücre hatlarından genomik DNA (gDNA) ve total RNA örnekleri izole edilmiştir. qPCR deneyiyle MM hücre hatlarındaki SOX7 kopya sayıları değerlendirilmiştir. Total RNA örneklerinden ters transkripsiyon ile cDNA örnekleri elde edildikten sonra qRT-PCR aracılığıyla MM hücre hatlarındaki SOX7 transkript seviyeleri belirlenmiştir. Projenin
132 Faaliyetlere İlişkin Bilgi ve Değerlendirmeler