Page 94 - İBG 2021 Faaliyet Raporu

İkinci hedef, nadir bir genetik hastalık için knockin mutasyonları taşıyan yeni bir fare modelinin üretilmesidir. Bu hedefi karşılamak üzere, yeni tanımlanmış nadir bir genetik hastalık için (IBG20 olarak adlandırılan genin mutasyonu) ilk olarak bir transgenik fare modeli oluşturulmuştur. Hastalarda belirlenen mutasyon, bir transmembran proteinin sitozolik bölgesinin (CTD) kesilmesine yol açmaktadır. Mutasyonu deney farelerinde modellemek için, farede ilgili genomik lokusta, mutasyonu taşıyan eksona bir STOP kodonu yerleştirilmiştir. Bu modifikasyon, gen tarafından kodlanan proteinin erken kesilmesine ve sitozolik bölgesinin hastalardaki gibi kısalmasına neden olmaktadır. Çalışma ile üretilen fareler, hastalığın nasıl geliştiğinin anlaşılması için kullanılacaktır.
Üçüncü hedef, bir eksonunun çevresine iki LoxP rekombinasyon dizininin yerleştirilmesi ile IBG20 geni için conditional knockout fare modelinin üretilmesidir. Bu fare modeli için çalışmalar devam etmektedir.
IBG20 Geni Çerçeve Kayması Mutasyonunun İşlevsel Karakterizasyonu (Yürütücü: Seval Kılıç, Araştırmacı: Kerem Esmen, Danışmanlar: Mehmet Öztürk, Kasım Diril, TÜBİTAK 1002,
Ref: #121S347, 2021-2022): Bu projede nadir nörogelişimsel bir genetik hastalığa yol açtığı tespit edilen IBG20 genindeki mutasyonun genetik mühendisliği ile bir benzerinin hücrelerde üretilmesi ve karakterizasyonu hedeflenmektedir. IBG20 geni otofaji yolağında erken aşamalarda görevli bir proteini kodlar. Otofaji ise ökaryotik canlılarda korunmuş bir hücre içi yıkım mekanizmasıdır. Büyük hücresel atıkların çift zar ile çevrelenmesi ve hücre içi sindirimin gerçekleştiği lizozomlara aktarılmasından sorumludur. IBG20 genindeki çerçeve kaymasına yol açan mutasyon, erken stop kodonu oluşturmakta, buna bağlı olarak üretilen proteinin boyu kısalmaktadır. Bu projede, IBG20 mutasyonunun otofajide sebep olduğu bozulmalar, hücresel bir model kullanılarak incelenecektir. WT ya da mutant IBG20 genleri, memeli ekspresyon vektörleri ile HeLa hücrelerinde ektopik olarak stabil ifade edilecektir. Farklı etiketlere sahip WT ya da mutant proteinlerin hücre içerisinde lokalizasyonu, otofaji stimülasyonu sonucunda dağılımında ve dinamik trafiğindeki farklılıklar, proteinlerin hücre içerisindeki stabilitesi, lokalize olduğu organeller, ko-lokalize olduğu proteinler araştırılmaktadır. Ayrıca literatürde IBG20 ifadesinin yüksek olduğu raporlanan dokularda transgenik fare modellerinde yapılacak çalışmalar için de bir temel hazırlaması, hastalığın patolojisi ile bağlantılar kurulabilmesi için fare dokularında histoloji ve immünoblotlama ile taramalar yapılmaktadır.
Nörogelişimsel Bir Nadir Genetik Hastalık için Transgenik Fare Modeli Geliştirilmesi ve Fenotipik Karakterizasyonu: IBG20 Geni Mutasyonu (Yürütücü: Kasım Diril, Bursiyer: Seval Kılıç, Araştırmacı ve danışmanlar: Kerem Esmen, Alper Bağrıyanık, Şerif Şentürk, Abdullah
86 Faaliyetlere İlişkin Bilgi ve Değerlendirmeler