Page 95 - İBG 2021 Faaliyet Raporu

Yalçın (Aydın Adnan Menderes Üniversitesi), Emine Eren Koçak ve Melike Sever Bahçekapılı (Hacettepe Üniversitesi), TÜBİTAK 1001, Ref: #122Z025, 2021-2023): Revizyon aşamasında olan bu projede, IBG20 geni için knockin fare modeli üretilmesi ve fenotip karakterizasyonu amaçlanmaktadır. Nadir genetik hastalığın in vivo karakterizasyonu için dizayn edilen, CRISPR knockin yöntemi ile geliştirilmiş insanda görülen mutasyonu en yakın haliyle taşıyan founder fareler elde edilmiştir. Founder farelerin üretimi projenin en kritik aşamasının tamamlandığını göstermektedir. Heterozigot ve ardından homozigot knockin farelerin üretimi için çalışmalara başlanmıştır. Yukarıda açıklanan 1002 projesinde IBG20 mutasyonunun otofaji üzerine etkilerinin hücresel modeller kullanılarak tespit edilmesi hedeflenmiştik. Bu şekilde hastalığın hücre içi mekanizmalarını anlayabilecekken, knockin fareleri kullanarak yapılacak çalışmalar, hastalığın etiyopatolojisini daha iyi anlamamızı sağlayacaktır. Farelerde proteinin yüksek eksprese edildiği dokularda otofaji bozuklukları histokimyasal yöntemlerle, otofaji yolağı ile yıkıma uğrayan proteinlerin boyanmasıyla araştırılacaktır. Rutin histolojik ve immunohistokimyasal boyamalarla etkilenebilecek dokular (örneğin beyin gelişimi) fenotipik olarak karakterize edilecektir. Ayrıca hücre modellerinde görülen fenotipleri araştırmak için fare dokularından primer hücre kültürü yapılarak sonuçlar konfirme edilecektir. Doku örneklerinden yapılacak histoloji, immunopresipitasyon, immünoblotlama deneylerinde kullanmak üzere tavşanlarda proteinin N-terminal sitozolik bölgesine spesifik antikor geliştirilecektir. Yapısal ve fonksiyonel karakterizasyonlarla beraber hastalardaki zeka geriliğinin de test edilmesi için farelerde
öğrenme ve davranış testleri tasarlanmış olup Ankara Hacettepe Üniversitesi’ndeki proje ortakları tarafından gerçekleştirilecektir.
Nadir Hastalıklar için Transgenik Fare Modellerinin Geliştirilmesi: Platformun temel amaçları doğrultusunda, özellikle yeni tanımlanmış nadir genetik hastalıklar için transgenik fare modelleri üretmeye yönelik çalışmalar devam etmektedir. Halihazırda üzerinde çalışılan beş farklı fare modelinden birincisi (IBG20 geni mutasyonu) için kurucu (founder) transgenik fareler elde edilmiş ve hastalığın derinlemesine karakterizasyonuna yönelik bir proje başvurusu yapılmıştır. Diğer projeler ise farklı evrelerde ilerlemektedir.
Fare modelleri konusunda bağımsız çalışmalar yürütülmesine rağmen, İBG’deki diğer araştırma grupları ile işbirliği halinde çalışmalar da yürütülmektedir. Özellikle Dr. Stefan Dimitrov ve araştırma grubu ile yürütülen ortak çalışmalarda histon genleri için hücresel modeller geliştirilmiş ve fare modelleri de üretmeye çalışılmaktadır.
Pankreas Kanserinde PFKFB2’nin Rolünün Anlaşılması (Yürütücü: Abdullah Yalçın (Uludağ Üniversitesi, İBG Araştırmacı ve danışmanlar: Kasım Diril, Kerem Esmen TÜBİTAK 1001, Ref: #121Z995 ve 119S794 2019-2023): Uludağ Üniversitesi’nden Prof. Dr. Abdullah Yalçın ile yürütülen ortak projelerde, PFKFB2 geninin pankreas duktal adenokarsinomadaki rollerini anlamaya yönelik araştırmalar yapılmaktadır. Özel olarak, CRISPR genom mühendisliği ile genetiği değiştirilmiş kanser hücre hatları kullanılarak, nude fare ksenogref modelleri oluşturulup sonrasında bunları analiz ederek katkıda bulunulmaktadır.
Temel ve Translasyonel Araştırmalar Programı 87