Page 131 - Faaliyet Raporu 2022

baskılanmasını sürdürdüğü belirtilmiştir. Bu çalışmayla aynı zamanda, fenretinid etkisiyle C/ EBPβ ve CHOP transkripsiyonel düzenleyicilerinin merkezde olduğu bir apoptotik programın karakterizasyonu gerçekleştirilmiştir. Bu proje kapsamında bir derleme makalesi yayınlamıştır (Ozgun et al. Int J Cancer. 2020. doi: 10.1002/ ijc.33374) ve araştırmanın kısmi sonuçları uluslararası bir kongrede sunulmuştur. Araştırma ile bir doktora tezi yapılmaktadır.
Nöroendokrin ve Nöroendokrin-Benzeri Mesane Tümörlerinde β-catenin’in Rolü (Yürütücü: Serap Erkek, Tübitak 2247, Ref: # 120C129, 04/2021-04/2024): Erkek Kanser (Epi)genetiği Laboratuvarı tarafından yakın zamanda yayınlanan bir çalışma, WNT/β-katenin sinyal yolunun mesane kanserinin nöronal alt tipi için önemli olabileceğini göstermiştir. (Eray et al Sci Rep. 2020). Bu projenin amacı, β-katenin’in nöroendokrin ve nöroendokrin benzeri mesane tümörlerindeki rolünü deneysel olarak doğrulamaktadır. Bu ana amaç altındaki ilk hedef, β-katenin mutasyonu ve β-katenin ekspresyon profillerini primer mesane kanseri örneklerinde belirlemek ve nöroendokrin özelliklerini ortaya çıkarmaktır. İkinci amaç, normal mesane hücrelerinde nöroendokrin farklılaşmayı indükleyen modeller üretmektir. Bu amaçla, β-katenin ve diğer gen mutasyonlarının normal mesane epitel hücrelerinde uygulanmasının ardından, oluşturulacak olan modellerde hücre büyümesi ve nöroendokrin farklılaşma çeşitli moleküler biyoloji ve hücre biyolojisi yöntemlerinin kullanılmasıyla araştırılacaktır. Projenin başlangıcından beri, yaklaşık 180 FFPE tümör örneğinin β-katenin lokalizasyon durumu immünohistokimya (IHK)
kullanılarak değerlendirilmiştir. 59 örnekten oluşan çalışma grubu IHK boyama sonucu nükleositoplazmik β-katenin pozitifliği ve negatifliğine göre belirlenmiştir. Bu grupta β-katenin mutasyon profili Sanger dizileme ile kontrol edilmiştir. Nöroendokrin marker genlerin ifade durumunu ve gruplar arasında gen ifade profilinin belirlenmesi gruplardan 32 örneğin mRNA-seq dizilemesi yapılmış, elde edilen verinin biyoinformatik analizleri tamamlanmıştır. Sonuçların klinik olarak detaylı incelenmesi için hasta verileri toplanmış ve elde edilen verilerle entegrasyonu yapılarak istatistiksel analizi yapılmıştır. Ayrıca, araştırmanın bu kısmındaki sonuçların makaleye dönüşmesi çalışmaları başlanmıştır. Projenin ikinci amacı olan normal mesane epitel hücrelerinde nöroendokrin farklılaşmayı indükleyen modelleme çalışmalarında farklı yöntemler denenmektedir. İlk yöntem olan CRISPR-Cas9 HDR için gerekli oligo dizileri dizayn edilmiş olup In Vitro olarak kesim etkinlikleri kontrol edilmiştir. Bu dizler hücreye nükleofeksiyon metodu ile verilerek mutasyonlu hücre modelleri oluşturulacaktır. Diğer yandan nöroendokrin modellemenin overekspresyon metodu kullanılarak yapılması da hedeflenmektedir. Bunun için de gerekli plasmidlerin siparişi verilecek olup hücrelerde mutasyonlu gen ifadesini artırarak hücrelerdeki değişimleri belirlemek için fonksiyonel deneylerin yapılması hedeflenmektedir.
2022 yılında yukarıda bahsi geçen projeler ile yapılan yayınlar:
1. Guneri-Sozeri, P.Y., & Erkek-Ozhan, S. Identification of the gene expression changes and gene regulatory aspects in ELF3 mutant bladder cancer. Mol Biol Rep. 49(4):3135-3147
124 Faaliyetlere İlişkin Bilgi ve Değerlendirmeler