Page 129 - Faaliyet Raporu 2022

ChIP-seq analizleri sonucunda bu mutasyonlu hücre hattında da KDM6A bağlanma bölgelerinin bulunmasıyla araştırmalar bu yönde ilerletilmiş ve bunun sonucunda KDM6A’nın literatürde bağlantısı bilinmeyen KDM6A- HES1 proteinlerinin hem tam proteinde hem kesikli formunda da bağlantılı olduğu ve bunu TLE1 üzerinden yapabiliyor olması hem Co- IP hem de Dr. Ezgi Karaca ve ekibi tarafından yapılan yapısal modelleme ile gösterilmiştir. Bu veriler makale haline getirilimiş ve şu an dergide revizyon aşamasındadır. Ek olarak,
KDM6A yokluğunun mesane kanseri hücre hatlarında epigenomik profilleri nasıl etkilediğini araştırmak için CRISPR-Cas9 yöntemi kullanılarak KDM6A nakavt edilmiştir. KDM6A değişikliği olmamış ve nakavt hücrelerde H3K4me3 ChIP deneyleri yapılmış ve dizileme aşamasındadır. Ayrıca, paralel olarak bu hücreler KDM6A yokluğuna bağlı fenotipik değişiklikler için de incelenmektedir. Araştırmanın kısmi sonuçları bir yüksek lisans tezinde yer almıştır. Ayrıca, araştırma sonuçlarının makaleye dönüşmesi için hazırlıklara başlanmıştır.
sık kesintiye uğradığı bilinmektedir. Retinoidler esas olarak fizyolojik etkilerini epigenomun modülasyonu yoluyla gösterdiklerinden, mesane kanseri üzerindeki retinoide bağımlı etkilerin kapsamlı bir şekilde anlaşılması gereklidir. Bu nedenle, bu projenin amacı RA sinyal yolağının
KDM6A ChIP-seq Normal
WT KDM6A Disordered Regions
Immortal
WT KDM6A Disordered Regions
Cancer
Mutant KDM6A 1 895 TPR Repeats Disordered Regions
1
TPR Repeats
1
TPR Repeats
1401
1401
1401
JmjC
JmjC
JmjC
Assosications with Signaling Pathways
KDM6A
Transcriptional
activators Transcriptional
repressors
Genes mpl cated n;
- Notch Signaling
- Chromatin Organization
- Cell differentiation & development
Potential KDM6A Interacting Partners
KDM6A
TPR domain
HES1 HHEX
Q domain
WDR domain
TLE1
RUNX
Retinoik asit ve türevlerinin mesane kanserinin epigenetik ve fenotipik özelliklerine olan etkisinin araştırılması: Retinoik asit (RA) sinyal yolağı, ürotelyum gelişimi, farklılaşması ve rejenerasyonu için çok önemlidir. RA sinyal yolağı regülasyonunun mesane kanserinde oldukça
122 Faaliyetlere İlişkin Bilgi ve Değerlendirmeler