Page 128 - Faaliyet Raporu 2022

Mesane kanserine sebep olan epigenetik mekanizmaların belirlenmesi (Yürütücü: Serap Erkek, EMBO Installation Grant, Ref: # 4148, 01/2019-12/2023): Mesane kanserine yön veren epigenetik mekanizmaları belirlemeyi amaçlayan bu proje EMBO yerleşim desteği kapsamında gerçekleştirilmektedir. Ayrıca projede 2020 yılında kazanılan L’OREAL-UNESCO Uluslararası Yükselen Yetenek Ödülü kapsamında sunulan araştırma desteği ve 2019 yılında kazanılan BAGEP desteği de kullanılmaktadır. Bu destekler ile yapılan alt araştırmalar aşağıda özetlenmiştir:
Primer mesane tümörlerinin epigenetik karakterizasyonu: İzmir Dokuz Eylül Üniversitesi Hastanesi’nden klinik ortaklarla birlikte COVİD-19 nedeniyle karşılaşılan bazı zorluklara rağmen 2020 yılında TURBT prosedürü ile ameliyat edilen hastalardan (kasa invazif olmayan mesane kanseri) ~ 20 primer mesane dokusu materyali toplanma işlemi tamamlanmıştır. Bu dokular, RNA, DNA ve kromatin izolasyon prosedürleri için farklı tüplere konulmuş ve muhafaza edilmiştir. RNA ve DNA izolasyon prosedürleri optimize edilmiş ve RNA izolasyon süreçleri tamamlanmıştır. Hastalardan izole edilmiş RNA kullanılarak RNA dizileme (RNA-seq) prosedürleri büyük ölçüde tamamlanmıştır ve analiz edilen örnekler arasındaki gen ekspresyon farklılıklarını ortaya çıkarmak ve bunları klinik ve patolojik özellikleriyle ilişkilendirmek için biyoinformatik analizler yapılacaktır. Ek olarak, mesane kanserinde sıklıkla mutasyona uğrayan kromatin proteinlerinin etkileşimde olduğu proteinleri belirlemek amacıyla ChIP-SPACE prosedürlerinin primer tümör materyallerine uygulanması amaçlanmıştır. 16 adet RNA-seq verisininbiyoinformatikanalizleritamamlanmıştır.
Örneklerde kümeleme analizleri yapılıp gen ifadesi farlılıkları incelenmiştir. Hastaların klinik verileri elde edilmiştir. Bu veriler ile aynı zamanda RNA mutasyon analizleri yapılıp kromatin düzenleyici KDM6A genindeki mutasyonlar belirlenmiştir. Mutasyonların konfirmasyonu için aynı hastaların doku materyallerinden genomik DNA ve protein izolasyonları yapılmıştır. Hasta örneklerinden KDM6A protein analizleri western blot optimizasyonları yapılmış, ve KDM6A mutasyon bölgelerine spesifik Sanger dizilime primerleri dizayn edilmeye başlanmıştır.
KDM6A’nın normal ve kanser mesane hücre hatlarında genomik hedeflerini ve düzenleyici mekanizmalarını ortaya çıkarmak: KDM6A, mesane kanserinde en sık mutasyona uğramış kromatin proteinlerinden biri olmasına rağmen, KDM6A’nın normal ve tümör karakterindeki mesanede düzenleyici mekanizmaları tam olarak belirlenmemiştir. Bu projenin amacı, bu moleküler detayların farklı bakış açıları ve metotların kullanılmasıyla ortaya çıkarılmasıdır. Projede normal, ölümsüzleştirilmiş ve kanser mesane hücrelerinde KDM6A’nın genomik bağlanma bölgeleri belirlenmiştir. Çalışma sonuçları, farklı hücre hattı kategorilerinde KDM6A’nın farklılık gösteren profilleri olduğunu göstermiştir. Ayrıca Dr. Ezgi Karaca (İBG) ile yapılan işbirliği çalışmaları sonucunda, mutasyona uğramış KDM6A’nın transkripsiyon faktörleri ile olan etkileşimlerine dair önemli ipuçları elde edilmiştir. Bu çalışmada kullanılan mesane kanser hücre hattının, KDM6A proteininin E895 noktasında durdurucu kodon oluşturan ve KDM6A proteininin enzim aktivitesi gösteren Jumonji domaininin oluşmadığı kesikli bir protein üretilmesine yol açan bir mutasyona sahip olduğu belirlenmiştir. Yapılan
Temel ve Translasyonel Araştırmalar Programı 121