Page 186 - Faaliyet Raporu 2022

Kök Hücre ve Organoid Teknolojileri Laboratuvarı’nın temel olarak araştırma alanları, organoid teknolojilerinin geliştirilmesi ve kanser kök hücrelerin karaciğer kanseri gelişimi ve ilaç dirençliliğindeki rollerinin belirlenmesidir. 2022 yılında laboratuvarımız, TÜBİTAK tarafından fonlanan çeşitli projelerde yürütücü ve ortak olarak yer almış ve aşağıda belirtilen faaliyetlerde bulunmuştur.
p53 geninin mikroçevre modifiye organoid modelinde karaciğer kanser kök hücre alt popülasyonları üzerindeki etkisinin incelenmesi (Yürütücü: M. Karabiçici, Danışman: S. Akbari, TÜBİTAK 1002, Ref: # 221Z357; 2022-2023): Bu proje, atasal ve Crispr/Cas9 ile p53 geni susturulmuş (konck-out (KO)) organoidlerde, pro- karsinojenik inflamatuar mikroçevre koşullarında, kanser kök hücre popülasyonlarındaki değişimlerin belirlenmesi, sağlıklı hepatositlerin tümör başlatıcı progenitör hepatosit hücrelere dönüşümünün modellenmesi, p53 ün bu süreçteki rolünün anlaşılmasını hedeflemiştir. Grubumuzca tamamlanan TÜBİTAK 1001 (#117Z585) projesinin devam niteliğinde olan bu projede, 2022 yılı içerisinde, modelin karakterizasyonu ve mekanizmaların anlaşılması için bulk RNAseq transkriptomik analizlerin yapılmasına başlanmıştır.
Araştırmanın ön verileri 2022 yılı içerisinde, 9-14 Temmuz tarihleri arasında Portekiz, Lizbon’da gerçekleşen, 25th IUBMB, 46th FEBS Congress’inde sunulmuş ve en iyi poster sunumu ödülü almıştır.
In vitro Üç Boyutlu Serebral Organoid Kültür Temelli Çip-Üstü-Rett Sendromu Modelinin Geliştirilmesi (Yürütücü: Ö. Yeşil-Çeliktaş, Araştırmacı: Ş. Şentürk, Danışman: E. Erdal,
TÜBİTAK 1001, Ref: # 115M578; 2019-2022):
Projenin genel amacı biyomühendislik yaklaşımlar ile daha olgun serebral organoidler oluşturmak ve CRISPR/Cas9 teknolojisi ile genomları değiştirilen Uyarılmış pluriotent kök hücre (UPKH) hücreleri kullanılarak henüz tedavisi bulunmayan ve bir nadir genetik hastalık olan Rett sendromunu (RTT) modellemektir. Konvansiyonel serebral organoid geliştirme yönteminde vaskularizasyon olmadığı için organoidlerde besinlerin difüzyonu gerçekleşemeyip apoptotik zonlar oluşmaktadır. Bu bağlamda kullanılan ‘’shaker’’ ve ‘’spiner’’ gibi biyomühendislik yaklaşımlar yeterli olmamaktadır. Proje kapsamında microgravity ve gravity-driven laminar akışlar yardımı ile serebral organoidlerde öne çıkan sorunları çözerek organoidleri büyütmeye ve daha olgun hale getirmeye çalışılmıştır. Bu projeden elde ettiğimiz sonuçlar Communications Biology dergisinde yayınlanmaya değer bulunmuştur. Ek olarak, Rett sendromunu modellemek için de CRISPR/Cas9 yöntemi ile MECP2 genini nonsense hale getirerek başarılı bir şekilde serebral organoidlerini oluşturuldu. Buradan elde ettiğimiz verileri yayınlamak üzere düzenlemeler yapılmaktadır.
Farklı dinamik sistemlerde Cerebral organoid modelleri
Teknolojik Araştırmalar Programı 179