Page 110 - İBG 2021 Faaliyet Raporu

yaklaşık bir ay süre ile gerçekleştirilmiş olup, gDNA izolasyonu için hücre pelleti toplanmıştır. Macrogen firmasından alınan RNA dizileme hizmetinin başarılı bir şekilde tamamlanmasıyla birlikte verilerin analizi sürecine geçilmiştir. Örnekler arasında genel benzerliği belirlemek için öncelikli olarak PCA analizi yapılmıştır. Volcano plot aracılı dirençli ve parental grup arasındaki artan/azalan genler çıkarılmış olup, qPCR aracılı belirli genlerin validasyonu gerçekleştirilmiştir. Sonuç olarak, Osimertinib varlığı ve yokluğunda gerçekleştirilen CRISPR tarama ve RNA dizileme aracılı elde edilecek veriler EGFR yolağının işlevsel olarak etkileşim halinde olduğu ve Osimertinib direncinde etkili olabilecek epigenetik ve transkripsiyonel faktörlerin rolünü ortaya koyacaktır. Bu proje kapsamında elde edilecek sonuçların bir tarafta ilaçla hedeflenebilen epigenetik faktörlerin kombinasyon tedavisi yaklaşımlarını destekleyebileceği diğer tarafta ise birinci basamak Osimertinib direnç farmakolojisinde önemli bir temel oluşturacağı öngörülmektedir. Bu projedeki çalışmalar aynı zamanda bir doktora tezinin konusudur.
Malign Plevral Mezotelyoma Gelişiminde Rol Oynayan Esansiyel Genlerin ve Hücresel Yolakların CRISPR/Cas9 Güdümlü Tüm Genom Negatif Seçilim Tarama Yöntemiyle Sistematik Olarak Sorgulanması, Aydınlatılması ve Moleküler Karakterizasyonu: Bu proje TÜBİTAK 3501 desteği ile finanse edilmektedir. Malign plevral mezotelyoma (MPM), nadir görülmesine karşın genellikle geç teşhis edilen, invaziv karakterli ve sağ kalım süreleri düşük tümörler olması nedeniyle kanser araştırmalarında önemli bir yere sahiptir. Tümörlerin agresif karakterinden dolayı mevcut tedavi yöntemleri
yetersiz kalmaktadır ve bütüncül ve etkin bir tedavinin geliştirilebilmesi için aydınlatılması gereken kanser sürükleyici mekanizmalar hakkındaki bilgi MPM’de yetersizdir. Bu proje kapsamında, MPM gelişiminde rol oynayan kanser esansiyel genlerin ve potansiyel ilaç hedeflerinin tanımlanması amaçlanmaktadır. Bu amaç doğrultusunda, çalışmada üç tanesi MPM kanser hücre hatları ve bir tanesi karşılaştırma amaçlı kullanılan normal mezotel dokusundan elde edilmiş SV-40 transforme hücre hattı olmak üzere dört hücre hattında tüm-genom CRISPR-Cas9 temelli negatif seçilim tarama metodu kullanılmaktadır. Bir önceki dönemde, tüm hücre hatlarındaki taramalar ve her bir hücre hattındaki gRNA dağılımlarını gösteren yeni nesil dizileme çalışmaları tamamlanmış ve tarama protokollerinin oldukça başarılı bir şekilde gerçekleştirildiği öncül biyoinformatik sonuçlarla gösterilmiştir. Bunun ardından, yapılan ileri analizlerle MPM kanser hücrelerinin hayatta kalması için gerekli olabilecek aday genler belirlenmiştir. Bu genlerin doğrulanması için gerekli çalışmalar yapılmış ve umut verici öncül veriler elde edilmiştir. In vitro olarak yürütülen doğrulama çalışmalarının in vivo olarak da yapılabilmesi için bir devam projesi hazırlanmakta ve bunun için gerekli çalışmalar sürdürülmektedir. Bu proje aynı zamanda bir doktora tezini desteklemektedir.
Tüm Genom Çapında CRISPR-Cas9 Tarama ile Mesane Kanserinde Duyarlılıkların Tanımlanması: Bu projenin finansmanı, 2017 sonunda Dr. Şentürk’e verilen TÜBA-GEBİP ve 2019 yılındaki BAGEP hibeleri ile sağlanmıştır. Morbidite ve mortalite oranları yüksek olan mesane kanseri aynı zamanda insidansı artan kanser türlerinden biridir. Var olan tedavi
102 Faaliyetlere İlişkin Bilgi ve Değerlendirmeler