Page 119 - İBG 2021 Faaliyet Raporu
P. 119

elde edilmesi planlanmıştır. Proje kapsamında EMBL-Hamburg’da yer alan BIO-SAXS, Petra III’de yapılacak ölçümler için His işaretli IR ve c-Met kinaz domaininin yüksek saflıkta protein eldesi çalışmaları Ege Üniversitesi’nden Kaplan- Türköz Lab. işbirliği ile devam etmektedir. Proje kapsamında bir STAR bursiyeri, bir yüksek lisans öğrencisi ve bir doktora sonrası araştırmacı eğitim almaktadır. Proje ön verilerinden köken alan bir makalenin yazımı planlanmıştır.
Karaciğer Kanserinin Tedavisinde Yeni Bir Strateji: c-Met Reseptör Tirozin Kinaz Proteinindeki Nedilasyon Bozukluklarının Küçük Moleküller ile İnhibisyonu (Yürütücü: Neşe Atabey, Amerika Ekibi: Aykut Üren, Araştırmacılar: Ezgi Karaca, Burcu Kaplan Türköz, Gülçin Çakan Akdoğan, Doktora Sonrası Araştırmacı Yeliz Yılmaz, TÜSEB, 24 ay): Bir post- translasyonel modifikasyon olan nedilasyon, NEDD8 proteininin hedef proteinlerdeki lizin amino asitlerine kovalent bağ ile eklenmesi sonucu gerçekleşir ve HCC’de genel nedilasyon mekanizmasının önemli bir rol oynadığı daha önce belirlenmiştir. Atabey Kanser Biyolojisi ve Sinyal İletimi Laboratuvarı’nda gerçekleştirilen ve henüz yayınlanmamış çalışmalarda ise c-Met’in nedilasyon hedeflerinden birisi olduğu ilk kez gösterilmiştir. Spesifik c-Met inhibitörü ve nedilasyon inhibitörünün birlikte kullanımının c-Met aktivasyonunu, HCC hücre proliferasyonunu ve migrasyonunu önemli ölçüde baskıladığı belirlenmiştir. Bu sonuçlar değerlendirilerek TÜSEB Yenilikçi İlaç Geliştirme Stratejik ARGE çağrısı kapsamında sunulan ve 2020 yılında kabul alan bu projede ise öncelikle HCC’de c-Met’in nedilasyon mekanizması ve c-Met nedilasyonunun HCC progresyon sürecindeki rolü aydınlatılacaktır. Daha sonra
yapılacak küçük molekül kütüphanesi taramaları ile HCC hücrelerinde nedile olan c-Met’i hedef alan bir inhibitörün belirlenmesiyle, öncelikli olarak tümör hücrelerinde artan nedile c-Met’i hedefleyen daha etkin, yan etkileri daha düşük hedeflenmiş bir tedavi stratejisinin geliştirilmesi amaçlanmaktadır. Proje Temmuz 2021’de başlamıştır ve ilk aşamasında nedile c-Met’in üç boyutlu yapısı SAXS ölçümleri ile belirlenmesine yönelik SAXS ölçümleri için EMBL-Hamburg’da yer alan Petra III BIO-SAXS sistemini kullanmak amacıyla sunulan proje önerisi EMBL tarafından kabul edilmiştir. Daha önce kabul alan öneri kapsamında His-c-Met kinaz domain (KD) ölçümleri gerçekleştirilmiştir, bu yıl yapılacak ölçümlerde His-NEDD8 ve nedile His-c-Met formu analiz edilecektir. Bu ölçüm için yüksek miktarlarda, ileri düzeyde saf protein üretimi gerekmektedir, üretim ve saflaştırma çalışmaları Ege Üniversitesi’nden Kaplan-Türköz Lab. ortaklığı ile devam etmektedir. Elde edilecek veriler ışığında in siliko modelleme Karaca Hesaplamalı Yapısal Biyoloji Laboratuvarı ortaklığı ile gerçekleştirilecektir. Bu dönemde ayrıca c-Met’in kesin nedilasyon bölgelerinin belirlenmesi amacıyla kütle spektrometre ölçümleri ve küçük molekül inhibitörü taramaları ise Georgetown Üniversitesinden Aykut Üren ile işbirliği ile gerçekleştirilmektedir. Proje kapsamında bir doktora sonrası araştırmacı ve iki yüksek lisans öğrencisi bursiyer olarak eğitim almaktadır.
Hepatoselüler Karsinoma ile İlişkili Yeni Füzyon Transkriptlerinin Sistem Biyolojisi Yaklaşımı ile Keşfi ve Hepatokarsinogenez Sürecindeki Rollerinin İncelenmesi (Araştırmacılar: Yasemin Öztemur Islakoğlu, Peyda Korhan, Danışmanlar: Neşe Atabey, Gökhan Karakülah, , 2218-Yurt
Temel ve Translasyonel Araştırmalar Programı 111






























































































   117   118   119   120   121