Page 152 - İBG 2021 Faaliyet Raporu

Katanin-A Benzeri Protein 2 (Katanin-Like 2) KATNAL2 Geninde İlk Kez Görülen Bir Yanlış Anlam Mutasyonunun Etkilerinin Hasta Fibroblastları ve Bunlardan Türetilen Hücrelerde İşlevsel Analiz Yöntemleri ile İncelenmesi (Yürütücü: Ayşe Semra Hız, Araştırmacılar: Yavuz Oktay, TÜBİTAK-1001 Proje#120S404, 2021-2024): 216S771 numaralı Katip Çelebi – Newton Fonu destekli projede tanımlanan hastalık genlerinin fonksiyonel çalışmalarına dair ilk desteklenen proje olan bu projede, KATNAL2 geninde patojenik varyant taşıyan hasta hücrelerinin önce indüklenmiş pluripotent kök hücrelere (iPSC), daha sonra nöral progenitör hücrelere (NPC) dönüştürülmesi 2021 yılı içinde gerçekleştirilmiştir. Karakterizasyonu yapılan KATNAL2-iPSC hücre hatları literatürde ilk kez oluşturulmuştur. KATNAL2-ilişkili proteinlerin NPC’lerde immunfloresans boyamaları yine 2021 yılı içinde gerçekleştirilmiştir ve bazı proteinlerin organizasyonunda değişimler olduğu gözlenmiştir. 2022 içinde bu hücrelerde gerçekleştirilecek çalışmalarda KATNAL2’nin nöral progenitör hücrelerdeki rolleri ve mutasyonlarının nörogelişimsel hastalıklara yol açma mekanizmaları anlaşılabilecektir. Bu proje bir doktora tezine temel teşkil etmektedir.
İlk Defa Ağır Nörogelişimsel Bir Fenotip ile İlişkilendirilen ‘Protein Tirozin Fosfataz Mitokondriyal 1 (Ptpmt1) Genindeki Patojenik Bir Kırpılma-Bölgesi Varyantının Mitokondriyal Enerji ve Hücresel Lipid Metabolizmasına Etkilerinin Hasta Dermal Fibroblastlarında Analizi (Yürütücü: Yavuz Oktay, Araştırmacılar: Ayşe Semra Hız, Devrim Öz Arslan, TÜBİTAK-1002 Proje# 220S734, 2021-2022): 216S771 numaralı proje kapsamında ilk kez tanımlanan hastalık geni olan
PTPMT1’in hücresel süreçlerdeki rollerini daha iyi anlayabilmek için hasta deri örneklerinden elde edilen fibroblastların incelendiği bu projede, özellikle mitokondriyal respirasyon ve lipidom analizleri gerçekleştirilerek fonksiyonel etkileri araştırılmıştır. Analizler tamamlanmış olup proje final raporu yazım aşamasına geçilmiştir. Elde edilen veriler ışığında bir TÜBİTAK-1001 proje başvurusu hazırlanmıştır.
Gliom Oluşumunda Rol Oynayan Kalıcı Epigenomik Değişimlerin IDH1-TERT-MYC Ekseninde Karakterizasyonu (Yürütücü: Yavuz Oktay, Araştırmacılar: Şerif Şentürk, Zerrin Işık, Gökhan Karakülah, TÜBİTAK-1001 Proje# 117Z981, 2018-2022): Daha önce 214S097 numaralı projeden elde edilen veriler doğrultusunda üretilen bu projede IDH1- MYC ilişkisinin yanında, IDH1 mutasyonlarının gliom oluşumuna etkilerinin detaylı olarak haritalanması hedeflenmektedir. Henüz kanserleşmemiş nöral progenitör hücrelerde (NPC/OPC) gerçekleştirilmekte olan projede bugüne kadar, MYC ve TERT genlerine floresan- tag ekleme gerçekleştirilmiş, iPSC’lerde nöral differensiasyon çalışmaları da optimize edilmiş ve NPC hücrelerinin üç boyutlu hidrojel ortamında kültürü optimize edilmiştir. Devam eden çalışmalarda genom boyu kromatin etkileşimlerinin analiz edilmesi için
144 Faaliyetlere İlişkin Bilgi ve Değerlendirmeler