Page 153 - İBG 2021 Faaliyet Raporu

4C-seq yöntemi kullanılmakta, metilasyon ve H3K27Ac ChIP-seq verilerinin de eklenmesiyle bugüne kadar ilk kez nöral progenitör hücre epigenomunda gliom-spesifik erken değişimler haritalanacaktır. Bu çalışmalar bir doktora öğrencisinin tezine temel teşkil etmektedir.
Pakigrili Hastalarda Görülen DNA Dizi
Variantlarının iPSC’lerde ve Zebrabalığında
Genom Düzenleme Araçları ile Modellenerek
Kişiye Yönelik Tıp Uygulamalarına Olanak
Tanıyacak Yöntem ve Platformların
Geliştirilmesi (Yürütücü: Yavuz Oktay,
Araştırmacılar: Ayşe Semra Hız, Hatice Güneş
Özhan Baykan; TÜBİTAK-COST-217S944,
2018-2021): Beyinin bir yapısal bozukluğu olan
pakigirili hastalardaki patojenik mutasyonların
tespit ve test edilmesine yönelik olan bu
projenin bir ayağı olan, genetik analizi yapılacak
pakigirili hastaların çalışmaya dahil edilmesine
2018 yılında başlanmıştır ve 19 hastanın tüm
ekzom dizileme (WES) ve arrayCGH yöntemleri
ile analizleri tamamlanıştır. Varyantların
önceliklendirmesi sonucu belirlenen iki gen
B
Parents
100 Children 50 0
*ENST00000622479.4 ENST00000607204.5 ENST00000480036.5 ENST00000471278.5 ENST00000465674.5 *ENST00000461899.1 ENST00000456172.5 *ENST00000415922.7
için modelleme çalışmaları 2021 yılı içinde gerçekleştirilmiştir. Referans oluşturacak üç genin (DAB1, TUBG1, LIS1) CRISPR/Cas9 ile klonal olarak hedeflenmesi önce HEK293 hücrelerinde, daha sonra ise iPSC’lerden türetilen nöral progenitör hücrelerinde (NPC) başarı ile gerçekleştirilmiştir; ayrıca, TUBG1 ve DAB1 genleri zebrabalığında başarı ile hedeflenmiştir ve fenotipik karakterizasyonları gerçekleştirilmiştir. Bunun sonucunda literatürde ilk defa tubg1-KO zebrabalıklarında bir nörogelişimsel fenotip tanımlanmıştır. NPC’lerde yapılan çalışmalarda üç referans genin hedeflendiği hücrelerde anahtar nörogelişimsel genlerin beyin örneklerinde ifadelerinin
60 40 20 0
17,22,22
27,34,44,46
26660000
etkilendiği görülmüştür. Ayrıca, üç-boyutlu kültür ortamında hücre migrasyon analiz çalışmaları gerçekleştirilmiş ve hücre migrasyonuna etki eden mutasyonların belirlenmesine yönelik bir yaklaşım başarı ile test edilmiştir. Proje 2021 yılında tamamlanmış ve final raporu Aralık 2021 itibari ile kabul edilmiştir. Bu çalışmalar bir doktora öğrencisinin tez çalışmalarına temel teşkil etmektedir ve proje çıktılarının yayına hazırlanması çalışmalarına başlanmıştır.
A
2
10
Mean Normalized Coverage (ENSG00000181315.11)
adj-pval= 0.00785
Children Parents
102
10
10
11 00
E002 E003 E004 E005 E006 J017 E007 J020 E010 J024 E012 E013 E014 GENE
chr6
26635000
ENST00000415922.7 ENST00000607204.5 ENST00000456172.5 ENST00000622479.4
26640000
26645000
26650000
26655000
ENST00000471278.5 ENST00000480036.5
ENST00000465674.5 ENST00000461899.1
26645000
26650000
26655000
(J020)
14,15,28,10
16
Temel ve Translasyonel Araştırmalar Programı 145