Page 125 - Faaliyet Raporu 2022

özellikle hematolojik kanserlerin tanısında, tedavi sürecinin değerlendirilmesinde biyobelirteç olarak ve tümör oluşma mekanizmasından bağımsız tedavi hedefleri olarak kullanılmaktadır, ancak HCC’de aktif biyobelirteç olarak kullanılan bir füzyon henüz bulunmamaktadır. 2022 yılında proje kapsamında klinik özelliklerine erişilebilen RNA-Seq HCC veri setlerinden bir meta-kohort oluşturulmuş ve bu kohortta öne çıkan örnek füzyonlar değerlendirilmiştir. Aynı örnekler için transkriptom analizlerine devam edilmiş ve TCGA analizleri yapılmıştır. Füzyonları oluşturan 3’ ve 5’ partner genlerin ifadesi incelenmiş ve tüm gen listelerinin yolak, biyolojik/moleküler fonksiyon vb. ileri analizlerine başlanmıştır. Projenin in siliko kısmını kapsayan bir makalenin yazım sürecine devam edilmektedir.
c-Met Aracılı Hibrid EMT Fenotipinin Oluşmasında Stellat Hücreleri Tarafından Salgılanan Faktörlerinin Rolü (Araştırmacılar: Gizem Batı Ayaz, Danışman: Neşe Atabey, 2218-Yurt İçi Doktora Sonrası Araştırma Burs): Son yıllarda yapılan çalışmalarla HCC hepatik stellat hücrelerin (HSC) senesense girmesi ile ilişkili SASP faktörlerinin HCC progresyonunda belirleyici olduğunu desteklemektedir. Atabey Kanser Biyolojisi ve Sinyal İletimi Laboratuvarı’nda daha önce yapılan projelerde elde edilen ve HCC’de agresif fenotip ile reaktif oksijen türleri (ROS) artışı arasında ilişki tanımlanmıştır. 2022 yılında proje kapsamında senesens ilişkili faktörlerin değişiminin tespit edilmesi için ilgili genlerin mRNA ve protein düzeyindeki değişimleri incelenmiştir. Senesense sebep olan koşullar zaman ve konsantrasyon deneyleri ile tespit edilmiştir. Bu koşullarda hibrid EMT analizlerine devam edilmektedir.
Hepatoselüler Karsinomada Tümör Mikroçevresinde Bulunan Stellat Hücrelerindeki HGF Geni Promotör Bölgesi DATE Polimorfizmlerinin Tümör Agresifliği ile İlişkisi (Araştırmacı: Gülhas Solmaz. Danışman: Neşe Atabey. 2218-Yurt İçi Doktora Sonrası Araştırma Burs ve Proje Desteği, Proje no: 121C380, Haziran 2022-Haziran 2024): HGF/c-Met sinyal yolundaki anormal aktivitenin birçok kanser tipinde karsinogeneze, tümör mikroçevresinde, epitelyal-mezenkimal geçişte (EMT), tümör hücrelerinin çoğalmasında, sağkalımında, metastazında ve metabolizmal yeniden programlanmalarında önemli rol oynadığı kanıtlanmıştır. HGF ekspresyonunun bazı hücrelerde aktif iken diğer hücrelerde susturulmuş olması, HGF geni promotörünü ve dolayısıyla transkripsiyonunu kontrol eden faktörler olduğunu göstermektedir. Yapılan çalışmalar, HGF geninin promotor bölgesinde yaklaşık 30 deoksiadenozinlik bir mononükleotid tekrar bölgesi (DATE) bulunduğunu, serumlarında yüksek seviyede HGF tespit edilen meme kanseri ve kolon kanseri hastalarından elde edilen tümör dokularında DATE bölgesinin kısalmış (<25A) olduğu gösterilmiştir. Bu proje kapsamında, tümör mikroçevresinde bulunan hepatik stellat hücrelerindeki HGF promotör bölgesi DATE uzunluğunun bu hücrelerdeki HGF promotör aktivitesine ve HGF ekspresyonuna etkisi ilk kez incelenecek olup, HGF-DATE delesyon mutasyonlarının olduğu bu hücrelerden salgılanan parakrin HGF’nin HCC tümör agresifliği ile ilişkisi ilk kez gösterilecektir. 2022 yılının ikinci yarısında deneysel çalışmaları başlamış olan bu projenin ilk iş paketi tamamlanmak üzere olup, ikinci iş paketinde yer
118 Faaliyetlere İlişkin Bilgi ve Değerlendirmeler