Page 140 - Faaliyet Raporu 2022

bağlayıcı histon H1E’nin COOH terminalinin kesilmesiyle nedensel olarak ilişkili olduğunu ortaya koydu. Bununla birlikte, mevcut raporlar, hastalığın kökeninin mekanizmasını ve gelişimi çok yüzeysel olarak ele alınmıştır.
Çalışmalarımızın nihai amacı Rahman sendromu hastalığının etiyolojisinin moleküler düzeyde anlaşılmasıdır. Bu amaçla CRISPR/CAS technolojisi kullanılarak şimdiye kadar 12 ayrı şartlı knock-out (cKO) fare embriyonik kök (ES) hücresi üretilmiştir. Üretilen çeşitli hücre tiplerinde endojen bağlayıcı histon H1E’nin DNA sekansı, Rahman sendromu mutantı H1E dahil olmak üzere H1E mutantı ile değiştirilmiştir. Bu hücre tiplerinde, H1E gen allellerinden biri (heterozigot) veya ikisi (homozigot) inaktive edilmiş veya ilgili native H1E veya H1E mutantları ile değiştirilmiştir. Bu hücre hatları, detaylı bir şekilde karakterize edilmiş ve bunların ilgili H1E mutantlarını ifade ettikleri ve beklendiği gibi H1E’nin ekspresyon seviyesinin, gerek native gerekse mutant olması durumunda, heterozigot mES hücrelerine kıyasla homozigotta iki kat daha yüksek olduğu gözlemlenmiştir. Ayrıca, söz konusu mES hücrelerinin nöron öncü hücrelerde (NPC’ler) başarılı bir şekilde gözlemlenmiştir. Bir sonraki adım, farklı H1E mutantlarının ekspresyonunun mES hücrelerinin hücre kaderini nasıl etkilediğini ve bunun nöronal farklılaşma sürecini nasıl etkilediğini analiz etmektir. Bu amaçla, derin RNA-seq, ATAC ve Cut&Run ile birlikte son teknoloji epigenomik yaklaşımlarla birleştirilmiş bir dizi yapısal teknik kullanılacaktır. Beklenen sonuçlar, Rahman sendromunun etiyolojisine moleküler düzeyde ışık tutması ve H1’in COOH kuyruğunun hem in vitro hem de in vivo kromatin filamentinin organizasyonundaki
rolünü açıklığa kavuşturması beklenmektedir. Yayınlar:
Nucleosome dyad determines the H1 C-terminus collapse on distinct DNA arms.
Louro JA, Boopathi R, Beinsteiner B, Mohideen Patel AK, Cheng TC, Angelov D, Hamiche A, Bendar J, Kale S, Klaholz BP, Dimitrov S. Structure. 2022 Dec 26:S0969-2126(22)00491- 9. doi: 10.1016/j.str.2022.12.005. Online ahead of print. PMID: 36610392
Capturing Protein-Nucleic Acid Interactions by High-Intensity Laser-Induced Covalent Cross- Linking†.
Angelov D, Boopathi R, Lone IN, Menoni H, Dimitrov S, Cadet J. Photochem Photobiol. 2022 Aug 23. doi: 10.1111/php.13699. Online ahead of print. PMID: 35997098
Dual role of histone variant H3.3B in spermatogenesis: positive regulation of piRNA transcription and implication in X-chromosome inactivation.
Fontaine E, Papin C, Martinez G, Le Gras S, Nahed RA, Héry P, Buchou T, Ouararhni K, Favier B, Gautier T, Sabir JSM, Gerard M, Bednar J, Arnoult C, Dimitrov S, Hamiche A. Nucleic Acids Res. 2022 Jul 22;50(13):7350-7366. doi: 10.1093/nar/gkac541. PMID: 35766398
Temel ve Translasyonel Araştırmalar Programı 133