Page 142 - Faaliyet Raporu 2022

Araştırma faaliyetimiz, bağlayıcı histon H1E’nin Rahman sendromu hastalığı mutasyonlarının DNA onarımı ve bir elektron oksidasyon mekanizmaları tarafından üretilen DNA baz hasarı üzerindeki etkisinin mekanizmalarını moleküler düzeyde araştırmaya yöneliktir. Rahman sendromu bağlayıcı histon mutasyonları üzerine hem in vitro hem de canlı hücrelerde meydana gelen kromatin sekonder ve daha yüksek dereceli konformasyonel değişikliklerle de ilgilenmekteyiz. Araştırmalarımız TÜBİTAK 2247-A ve 2001 hibelerinden fon desteği almaktadır.
Mitoz bölünmeyi düzenleyen epigenetik mekanizmalar (Yürütücü: Seyit Kale, Avrupa Moleküler Biyoloji Organizasyonu Başlangıç Hibesi, EMBO Ref: Installation Grant #5056, 2022-2026): Hücre bölünmesi sırasında kardeş kromatidler hücre içi mekanik aparatlar aracılığıyla hücrenin farklı kutuplarına çekilir. Bu aparatların kromatidlere bağlandıkları bölge epigenetik işaretlerle belirlenir ve kuşaktan kuşağa aktarılır. Bu epigenetik farklılık kromatinin yapı taşını oluşturan nükleozom adlı makaraların içindeki H3 adlı bir histon protein türünün CENP-A adlı bir başka türle değişiminden kaynaklanır. Devam etmekte olan bu Avrupa Birliği projesinde uluslararası ortakların da desteğiyle, H3 veya CENP-A içeren nükleozomların dinamik özelliklerini yüksek hesaplamalı araçlarla incelemiş ve farklılıkları karakterize edilmiştir. Benzer şekilde bağlayıcı histon H1 isoformu H1.0b’nin DNA sekansına bağlı olarak iki farklı bağlanma biçimi keşfedilmiştir. Bu sonuçlar Structure dergisinde yayınlanmıştır (Nucleosome dyad determines the H1 C-terminus collapse on distinct DNA arms, Structure, 2023). Bu
bağlamda uluslararası Protein Data Bank veritabanına bir yeni yapı (PDB ID: 8AAG, https:// www.rcsb.org/structure/8AAG) ve uluslararası Electron Microscopy Data Bank veritabanına 12 yeni elektron yoğunluğu haritası katkılarında bulunulmuştur (EMD-15232, EMD-15143, EMD- 15144, EMD-15146, EMD-15147, EMD-15156, EMD-15168, EMD-15169, EMD-15170, EMD- 15171, EMD-15172, EMD-15173). CENP-A proteini hakkında elde edilen buluşlar iki ayrı makale olarak yazım aşamasındadır.
2247A TÜBİTAK projesi 120C149 üzerinde çalışma: Ana hedefimiz, mutasyona uğramış Rahman Sendromu bağlayıcı histon H1E’yi ifade eden hücrelerin DNA onarım kapasitesi ile WT H1E’yi ifade eden “normal” hücrelerin karşılaştırılmasını içeren fonksiyonel bir tanı gerçekleştirmektir.
• WT (WT H1E’yi eksprese eder), RS (RS H1E homo- & hetero-zigotları eksprese eder) ve kısaltılmış TrRS (38 aa delesyon RS H1E homo- ve hetero-zigotları eksprese eder) mES hücre hatlarından (projenin WP1’i ile ilgili) hücresel ekstraktların eksizyon-sentez BER ve NER yetkinliğine ilişkin karşılaştırmalı bir in vitro çalışma.
• Baz Eksizyon Onarımı (BER), Nükleotid Eksizyon Onarımı (NER) ve Çapraz Bağlantı Onarımı +Nükleotid Eksizyon Onarımı (ICLR+NER) ile gerçekleştirilen lezyonların onarımını karakterize etmek için floresan bazlı biyoçip ExSy-SPOT testi kullanılmıştır. Çalışma, https://www. lxrepair.com/ ve CEA-Grenoble, Fransa’dan Dr Sylvie Sauvaigo ile yeni kurduğumuz işbirliği kapsamında LXRepair platformu kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Rahman sendromunda RS
Temel ve Translasyonel Araştırmalar Programı 135