Page 145 - Faaliyet Raporu 2022

nükleozomal substrat üretilmiştir. Bu yapılar ayrıca saflaştırılmış proteinler veya hücresel özler ile DNA onarım deneyinde kullanılacaktır.
1001 TÜBİTAK desteği 122Z215: 1001 TÜBİTAK hibesi için yazdım ve başvurdum ve bu 122Z215 hibesinin sahibiyim. Proje, kromatinin H1 etkileşiminin mekanik yönlerini moleküler düzeyde derinlemesine aydınlatmayı ve böylece Rahman sendromunun etiyolojisine ışık tutmayı amaçlamaktadır. Aynı zamanda, ciddi bir nöro- gelişimsel nadir hastalığa nedensel olarak bağlı kromatin yapısal değişikliklerinin analizi ile epigenetik alanda çözülmemiş temel bir sorunu ele almaktadır. Kromatinize şablonların hazırlanması ve °OH radikal ayak izi, Küçük Açılı X-ışını (SAXS) ve Işık (SALS) Saçılımı, Analitik Ultrasantrifüjleme (AUC) vb. gibi bazı ön fiziko- kimyasal deneyler ve kriyo-EM yapısal çalışmaları devam etmektedir.
Yeni oksidatif olarak üretilen DNA hasarları:
Oksidatif olarak oluşturulan çeşitli DNA hasarı sınıflarının, ağırlıklı olarak oksitlenmiş guanin rezidüleri ve DNA-protein çapraz bağlarının, yüksek yoğunluklu 266 nm lazer radyasyonuna veya bir elektronlu oksidanlara maruz kaldıktan sonra hem izole edilmiş hem de hücresel DNA’da üretildiği daha önce gösterilmiştir. Çalışmamız, bir guanin radikal katyon öncüsünü içeren iplikler arası DNA çapraz bağlarından (ICL’ler) oluşan, oksidatif olarak oluşturulmuş yeni bir DNA lezyonunun etkili oluşumu için kanıt sağlar. ICL’ler son derece sitotoksiktir, çünkü genomdaki tek bir ICL bile hücre çoğalması ve hayatta kalması için çok önemli olan transkripsiyon ve DNA replikasyonu gibi çeşitli hayati DNA işlemlerinde ciddi kusurlara neden olabilir. ICL onarımındaki kusur, Fanconi
anemisi gibi kromozom instabilite sendromlarına neden olur. ICL onarımında yer alan birçok yeni faktör, son zamanlarda Fanconi anemisinin genetik çalışmalarından tanımlanmıştır ve bu çalışmalar, ICL onarımının oldukça karmaşık mekanizmalarda gerçekleştirildiğini düşündürmektedir. Nükleotid eksizyon onarımı (NER), yapıya özgü endonükleazlar, translezyon DNA sentezi (TLS), homolog rekombinasyon (HR) ve Fanconi anemisinden (FA) sorumlu faktörlerin ICL onarımında yer aldığı belirlenmiştir.
Şimdiye kadar, ICL oluşumu ve onarımını incelemek için sisplatin ve türevleri karboplatin ve oksaliplatin, nitrojen mustard, psoralens türevleri ve Mitomisin C gibi başlıca kimyasal maddeler kullanılmıştır. Bulgularımız, özellikle Rahman sendromu mutasyona uğramış hücre hatlarında, ICL onarımını incelemek için başarılı bir şekilde uygulanabilen kimyasal bileşikler eklemeden ICL’leri indüklemek için yeni bir yol sağlar. Sonuçlar, Prof. Jean Cadet’in bilimsel başarılarına adanmış Photochemistry & Photobiology USA (1) dergisinin özel sayısında yayınlanmıştır.
Hidroksil radikali, ağırlıklı olarak iyonlaştırıcı radyasyona maruz kalan hücresel DNA’da oksidatif olarak üretilen baz hasarında yer alır: Jean Cadet ve R Wagner ile birlikte, IJRB dergisinde (2) iyonlaştırıcı radyasyonun indüklediği oksitleyici °OH radikalinin son zamanlarda tartışılan DNA hasar mekanizmalarını aydınlatmaya katkıda bulunan bir derleme makalesi yayınladık. Tartışma, nükleik asitlerin radyasyon kaynaklı hasarı alanındaki en temel sorulardan biriyle ilgilidir. DNA’da Gua ile bir elektron oksidasyon mekanizmasıyla spesifik olarak etkileşime giren hafif oksitleyici karbonat
138 Faaliyetlere İlişkin Bilgi ve Değerlendirmeler