Page 146 - Faaliyet Raporu 2022

anyon radikali (CO3°-) yoluyla dolaylı olarak değil, nükleotit kısımlarıyla doğrudan bir °OH radikal etkileşimi yönünde argümanlar sunmaktayız.
Yüksek Yoğunluklu Lazer Kaynaklı Kovalent Çapraz Bağlama ile Protein- Nükleik Asit Etkileşimlerinin Yakalanması: Proteinlerin DNA’ya bağlanma bölgelerinin yüksek çözünürlüklü in vivo haritalanması ve karakterizasyonu, genomik yerleşimin daha iyi anlaşılması için birincil öneme sahiptir ve doku ve gelişim aşamasına özgü gen ekspresyonunun düzenlemesinde yer alır. Bugüne kadarki en güçlü ve yaygın olarak kullanılan yaklaşım, sekanslama analizi (ChIP-seq) ile birleştirilmiş kimyasal olarak çapraz bağlı kromatinin (XChIP) immüno-çökeltilmesidir. Yüksek verimli dizileme tekniklerinin çözünürlüğü ve hassasiyeti sürekli olarak iyileştirilirken, çapraz bağlama adımında çok az ilerleme kaydedilmiştir. Düşük verimliliği nedeniyle, geleneksel UVC lambalarının kullanımı çok sınırlı kalırken, formaldehit yöntemi sayısız dezavantajından bağımsız olarak “altın standart” çapraz bağlama maddesi olarak kurulmuştur.
Tek bir kısa UV lazer darbesi ile doğrudan etkileşen nükleik asit-protein komplekslerinin etkili bifotonik çapraz bağlanması, geleneksel olarak kullanılan kimyasal ve fotokimyasal yaklaşımların sınırlamalarının üstesinden gelmek için yenilikçi bir teknik olarak tarafımızdan sunulmuştur.
İBG ve Fransa’dan meslektaşlarımla birlikte, Amerikan Fotobiyoloji Derneği’nin (3) 50. yıldönümüne adanmış özel sayısında yayınlanan, in vitro model sistemlerde ve hücrelerde DNA- protein çapraz bağları oluşturmak için kullanılan yeni bir teknoloji olan UV lazer kaynaklı protein-
DNA çapraz bağlanması üzerine davetli derleme yazmış bulunmaktayım.
Yayınlanmış Makaleler:
1. D. Angelov*, I. N. Lone, H. Menoni and J. Cadet* (2022) Interstrand crosslinking involving guanine: a new major UVC laser- induced biphotonic oxidatively generated DNA damage. Photochem. Photobiol. 98, 662–670. https://doi.org/10.1111/php.13587. Special Issue celebrating the achievements of Dr. Jean Cadet) (*corresponding authors).
2. Cadet, D. Angelov and J. R. Wagner (2022) Hydroxyl radical is predominantly involved in oxidatively generated base damage to cellular DNA exposed to ionizing radiation. Int. J. Radiat. Biol. 92(11), 1684-1690. https:// doi.org/10.1080/09553002.2022.2067363
3. D. Angelov*, R. Boopathi, I. N. Lone, H. Menoni, S. Dimitrov* and J. Cadet* (2023) Capturing protein-nucleic acid interactions by high-intensity laser-induced covalent crosslinking. Photochem. Photobiol. 99, 296– 312. https://doi.org/10.1111/php.13699. Invited review for a special issue dedicated of the 50th anniversary of the ASP (*corresponding authors).
Temel ve Translasyonel Araştırmalar Programı 139