Page 163 - Faaliyet Raporu 2022

(Koordinatör: Prof.Mehmet İnan, Yürütücü: Yavuz Oktay, Araştırmacılar: Hale Ören, İnci Alacacıoğlu, Şebnem Yılmaz, Ersan Kalay, Gökhan Yıldız, Hüseyin Onay, Barış Ethem Süzek, Tuğba Süzek, TÜBİTAK-1004, Proje# 20AG006, 2021-2025): Bu proje kapsamında, ALL hastalarına CAR-T tedavisi uygulamasının farklı aşamalarında, özellikle tedavi sonrası minimal rezidüel hastalık (MRH ya da MRD) takibinde kullanılarak tedavinin etkinliğinin ölçülmesi, doğru zamanda diğer tedavilere geçilebilmesi (İng. Bridging) amaçlarına hizmet edecek yeni nesil DNA dizileme teknolojilerini kullanan bir genetik analiz kiti geliştirilmesi hedeflenmektedir. Ekim 2021 itibari ile başlanan projenin şu ana kadar tamamlanan kısmında hedeflenen genlerin ve mikrosatellitlerin büyük kısmının (%70-90) multipleks olarak çoğaltılması ve NGS dizilemelerine dair protokoller optimize edilmiştir. Gen füzyonlarını saptamaya yönelik RNA-seq protokolünün optimizasyonuna ve verilerin analizinde kolaylık sağlayacak yazılım platformunun geliştirilmesine devam edilmektedir.
Katanin-A Benzeri Protein 2 (Katanin-Like 2) KATNAL2 Geninde İlk Kez Görülen Bir Yanlış Anlam Mutasyonunun Etkilerinin Hasta Fibroblastları ve Bunlardan Türetilen Hücrelerde İşlevsel Analiz Yöntemleri ile İncelenmesi (Yürütücü: Ayşe Semra Hız, Araştırmacılar: Yavuz Oktay, TÜBİTAK-1001 Proje#120S404, 2021-2024): 216S771 numaralı Katip Çelebi – Newton Fonu destekli projede tanımlanan hastalık genlerinin fonksiyonel çalışmalarına dair ilk desteklenen proje olan bu projede, KATNAL2 geninde patojenik varyant taşıyan hasta hücrelerinin önce indüklenmiş
pluripotent kök hücrelere (iPSC), daha sonra nöral progenitör hücrelere (NPC) dönüştürülmesi 2021 yılı içinde gerçekleştirilmiştir. Karakterizasyonu yapılan KATNAL2-iPSC hücre hatları literatürde ilk kez oluşturulmuştur. KATNAL2-ilişkili proteinlerin NPC’lerde immunfloresans boyamaları yine 2021 yılı içinde gerçekleştirilmiştir ve bazı proteinlerin organizasyonunda değişimler olduğu gözlenmiştir. Devam eden kurtarma (İng. rescue) deneylerinde, varyantın patojenik etkisi doğrulanmış olacak ve etki mekanizmaları daha kapsamlı olarak anlaşılabilecektir. Bu proje bir doktora tezine temel teşkil etmektedir ve tez savunma sınavı Şubat 2023’te gerçekleştirilecektir.
İlk Defa Ağır Nörogelişimsel Bir Fenotip ile Ilişkilendirilen ‘Protein Tirozin Fosfataz Mitokondriyal 1 (Ptpmt1) Genindeki Patojenik Bir Kırpılma-Bölgesi Varyantının Mitokondriyal Enerji ve Hücresel Lipid Metabolizmasına Etkilerinin Hasta Dermal Fibroblastlarında Analizi (Yürütücü: Yavuz Oktay, Araştırmacılar: Ayşe Semra Hız, Devrim Öz Arslan, TÜBİTAK-1002 Proje# 220S734, 2021-2022): 216S771 numaralı proje kapsamında ilk kez tanımlanan hastalık geni olan PTPMT1’in hücresel süreçlerdeki rollerini daha iyi anlayabilmek için hasta deri örneklerinden elde edilen fibroblastların incelendiği bu projede, özellikle mitokondriyal respirasyon ve lipidom analizleri gerçekleştirilerek fonksiyonel etkileri araştırılmıştır. Analizler tamamlanmış olup proje sonuç raporu TÜBİTAK tarafından kabul edilmiştir. Elde edilen veriler ışığında hazırlanan ancak desteklenmeyen bir proje önerisi tekrar TÜBİTAK-1001 programına sunulacaktır.
Gliom Oluşumunda Rol Oynayan Kalıcı
156 Faaliyetlere İlişkin Bilgi ve Değerlendirmeler