Page 164 - Faaliyet Raporu 2022

Epigenomik Değişimlerin IDH1-TERT-MYC Ekseninde Karakterizasyonu (Yürütücü: Yavuz Oktay, Araştırmacılar: Şerif Şentürk, Zerrin Işık, Gökhan Karakülah, TÜBİTAK-1001 Proje# 117Z981, 2018-2022): Daha önce 214S097 numaralı projeden elde edilen veriler doğrultusunda üretilen bu projede IDH1- MYC ilişkisinin yanında, IDH1 mutasyonlarının gliom oluşumuna etkilerinin detaylı olarak haritalanması hedeflenmektedir. Henüz kanserleşmemiş nöral progenitör hücrelerde (NPC/OPC) gerçekleştirilmekte olan projede bugüne kadar, MYC ve TERT genlerine floresan- tag ekleme gerçekleştirilmiş, iPSC’lerde nöral differensiasyon çalışmaları da optimize edilmiş ve NPC hücrelerinin üç boyutlu hidrojel ortamında kültürü optimize edilmiştir. RNA-seq analizleri tamamlanmış ve IDH mutasyonlarının NPC’lere etkilerine dair kritik genler belirlenmiştir. Bu genlerle birlikte MYC ve TERT genlerindeki epigenom değişimleri MeDIP-qPCR (metilasyon), ChIP-qPCR (H3K4me3 ve H3K27ac) ve 4C-seq yöntemleri ile analiz edilmektedir. Böylelikle bugüne kadar ilk kez nöral progenitör hücre epigenomunda gliom-spesifik erken değişimler haritalanmaktadır. Bu çalışmalar bir doktora öğrencisinin tezine temel teşkil etmektedir.
Tekrar Artışı ile Giden Nörogelişimsel Hastalıkların Tanı ve DNA Analizine Yönelik CRISPR/Cas Aracılı Üçüncü Nesil DNA Dizileme Yöntemleri Geliştirilmesi (Yürütücü: Asst. Prof. Yavuz Oktay, Araştırmacılar: Doç. Dr. Şerif Şentürk, Prof. Dr. Hüseyin Onay; TÜBİTAK-COST Proje#118Z955, 2019- 2022): Bu projede CRISPR araçları ile 3. Nesil DNA dizileme (Nanopore, PacBio) araçlarını bir araya getirerek, DNA tekrar dizileri ile
yapısal varyantların uzun okuma teknolojileri ile maliyet-etkin biçimde analizini mümkün kılması hedeflenmektedir. Farklı CRISPR araçlarının test tüpünde DNA hedeflenmesi ve kütüphane hazırlama için uygun hale getirilmesine yönelik çalışmalar devam etmektedir. Farklı kütüphane hazırlama koşullarının Flongle flowcell ve MinION cihazı kullanarak dizileme işlemleri gerçekleştirilmiştir ve hedeflenen bölgelerin daha verimli biçimde hedeflenebilmesine yönelik çalışmalar sonucuda literatürdeki yöntemlerden farklı ve daha verimli bir Cas9-aracılı Nanopore dizileme protokolü oluşturulmuştur.
International Centre for Genomic Medicine in Neuromuscular Diseases (Ulusal Yürütücüler: Asst. Prof. Yavuz Oktay, Prof.Dr. Uluç Yiş, Prof.Dr. Haluk Topaloğlu, Araştırmacı: Prof. Dr. Semra Hız; UK-MRC ve UCL destekli, 2019-2024): Bu projede beş farklı ülkedeki Nöromusküler Hastalık merkezleri bir araya gelerek genomik analizleri yapılmış, derinlemesine fenotiplenmiş homojen bir kohort oluşturulması planlanmaktadır. COVID-19 pandemisine bağlı zorluklara rağmen projenin ilk ikibuçuk yılında hedeflenen sayıda (İzmir merkezli >100 aile) hasta çalışmaya dahil edilmiştir ve >50 ailenin WES dizileme işlemleri gerçekleştirilmiştir; varyant önceliklendirme ve klinik tablo ile birlikte değerlendirme çalışmaları ICGNMD ortakları ile koordine biçimde devam etmektedir. Elde edilen sonuçların farklı projelerde fonksiyonel çalışmalarda kullanılması hedeflenmektedir. Ayrıca, bu projenin bir doktora öğrencisinin tezine temel teşkil etmesi beklenmektedir.
Obsesif-Kompülsif Bozuklukta İnflamazom Genlerinin Metilasyon Seviyelerinin Sağlıklı
Temel ve Translasyonel Araştırmalar Programı 157