Page 116 - Faaliyet Raporu 2022

kanser esansiyel genlerin ve potansiyel ilaç hedeflerinin tanımlanması amaçlanmıştır. Bu amaç doğrultusunda, çalışmada üç tanesi MPM kanser hücre hatları ve bir tanesi karşılaştırma amaçlı kullanılan normal mezotel dokusundan elde edilmiş SV-40 transforme hücre hattı olmak üzere dört hücre hattında tüm-genom CRISPR-Cas9 temelli negatif seçilim tarama metodu kullanılmıştır. Bir önceki dönemde, tüm hücre hatlarındaki taramalar ve her bir hücre hattındaki gRNA dağılımlarını gösteren yeni nesil dizileme çalışmaları tamamlanmış ve tarama protokollerinin oldukça başarılı bir şekilde gerçekleştirildiği öncül biyoinformatik sonuçlarla gösterilmiştir. Bunun ardından, yapılan ileri analizlerle MPM kanser hücrelerinin hayatta kalması için gerekli olabilecek aday genler belirlenmiştir. Bu genlerin doğrulanması için gerekli çalışmalar yapılmış ve umut verici öncül veriler elde edilmiştir. Son olarak, bir mitotik kontrol noktası serin/treonin kinazı olan BUB1 geni MPM hücre sağkalımı için esansiyel olarak tanımlanmış ve fenotipik değişikler (hücre ölümü, hücre döngüsü, vb.) üzerine etkisi hücre çoğalması, apoptoz, senesens, migrasyon ve invazyon yönünden araştırılmıştır. Ayrıca, BUB1 geninin susturulmasının in vivo tümör gelişimi üzerine etkisi de öncül olarak gösterilmiştir. Söz konusu faaliyet yılında BUB1’in MPM’deki moleküler rolünün monoklonal hücreler kullanılarak in vitro ve in vivo araştırılması için bir devam projesi hazırlanmıştır. TÜSEB B Grubu Ar-Ge Proje Destek Programı Kapsamında desteklenen proje için gerekli çalışmalar sürdürülmektedir. BUB1 üzerine yapılan in vitro çalışmalar 46. FEBS Kongresinde “Genome- wide CRISPR screen identifies BUB1 as a cancer-dependency gene in malignant pleural
mesothelioma” başlıklı sunum ile sözlü olarak ilgili paydaşlara sunulmuştur. Bu proje aynı zamanda yeni tamamlanan bir doktora tezini desteklemiştir.
Tüm Genom Çapında CRISPR-Cas9 Tarama ile Mesane Kanserinde Duyarlılıkların Tanımlanması: Bu projenin finansmanı, 2017 sonunda Dr. Şentürk’e verilen TÜBA-GEBİP ve 2019 yılındaki BAGEP hibeleri ile sağlanmıştır. Morbidite ve mortalite oranları yüksek olan mesane kanseri aynı zamanda insidansı artan kanser türlerinden biridir. Var olan tedavi yöntemlerinin yetersiz kalması nedeniyle kanser sürükleyici mekanizmaların ve yeni tedavi hedeflerinin aydınlatılmasına ihtiyaç vardır. Bu proje kapsamında tüm genom CRISPR- Cas9 taraması aracılığıyla mesane kanseri duyarlılıklarının tanımlanması planlanmıştır. Projede kasa-invaze olan ve kasa-invaze olmayan şekilde karakterize edilen iki kanser hücre hattı ve karşılaştırma amaçlı bir de SV40 ile transforme edilmiş üroepitel hücre hattı kullanılmıştır. Bir önceki dönemde, bu hücre hatlarında tüm genom çapında Brunello gRNA kütüphanesine dayanan CRISPR-Cas9 taramaların tamamlanmasının ardından sekanslamaya hazır multipleks NGS kütüphaneleri oluşturulmuş ve her bir hücre hattındaki gRNA dağılımlarını gösteren yeni nesil dizileme çalışmaları tamamlanarak tarama protokollerinin oldukça başarılı bir şekilde gerçekleştirildiği öncül biyoinformatik sonuçlarla gösterilmiş ve ilgili güvenilir sonuçların yeni proje destekleri için kullanılabileceği değerlendirilmiştir. Bu itibarla biyoinformatik çözümlemelerin devamında validasyon çalışmaları yapılmak üzere, iki farklı mesane kanser hücre hattında (RT-4 ve J82), tüm
Temel ve Translasyonel Araştırmalar Programı 109