Page 118 - Faaliyet Raporu 2022

verildiğinde Malt1’ın susturulduğu klonlarda kontrole kıyasla çekirdeğe taşınmadığını gösteren immunofloresan deneyi yapılmıştır. Ayrıca, BCL10’un, potansiyel olarak TGF-β- MALT1-NF-kB sinyal eksenini CARMA-BCL10- MALT1 (CBM) sinyalozomuna bağlayan, NF-kB hedef genlerinin TGF-β aktivasyonunda da rol oynadığı gösterilmiştir. Bu proje bir yüksek lisans tezine dönüşmüş ve öğrenci mezun olmuştur. Söz konusu faaliyet yılında projede elde edilen veriler “The paracaspase MALT1 is a downstream target of Smad3 and potentiates the crosstalk between TGF-β and NF-kB signaling pathways in cancer cells” başlıklı araştırma makalesi olarak Cellular Signalling dergisinde yayınlanmıştır.
Hepatoselüler Kanserde Tgf-ß Tarafından İndüklenen Senesens Karşıtı Direnç Mekanizmalarının Tüm Genom Transkriptom Analizi ile Araştırılması: TÜBİTAK 3001 projesi ile desteklenen bu proje kapsamında, iyi diferansiye hepatosellüler kanser hücresi olan ve TGF-β muamelesine güçlü bir senesens yanıtı olan Huh7 hücre hattından uzun süreli TGF-β muamelesi ile elde edilen dirençli klonlardaki (Huh7-TR) senesens yanıtsızlığının moleküler mekanizmaları araştırılmaktadır. Geçtiğimiz yıl, RNA sekanslama ve biyoinformatik analizler aracılığı ile bu direnç mekanizmasında rol alabilecek potansiyel adaylar belirlenmiştir. 2020 yılında bu adaylar içinde ön plana çıkan MARK1, GRM8 ve PLA2G4A genlerinin Huh7- TR hücre hattında CRISPR aracılı susturulması gerçekleştirilmiştir. Elde edilen klonlarda TGF-β varlığındaki senesens yanıtı çeşitli yöntemlerle incelenmektedir. Bu genlerin senesens direncindeki rolünü pekiştimek için de Huh7 hücre hattında yüksek ifade edilerek yanıtın
azalıp azalmadığını incelemek planlanmış ve bu yönde de çalışmalara başlanmıştır. Bunlara ek olarak poliklonal yapıda olan gerek elde ediliş bakımından, gerek fenotipik olarak, gerekse TGF-β yanıtı olarak- Huh7-TR hücre hattından tek hücre klonları elde edilmiş ve bu 3 aday genin ifadeleri incelenmiş ve homojene yakın bir dağılım gözlenmiştir. Ayrıca önceki çalışmalardan yola çıkarak Smad3 fosforilasyonunun bozulması aracılığıyla oluşabileceği düşünülen bu direnci mekanistik olarak daha iyi açıklayabilmek için yine CRISPR aracılığıyla elde edilen Smad3 nakavt Huh7 klonlarında doğal fenotip Smad3 ve literatürdeepitel-mezenkimalgeçişiyönlendirdiği tanımlanmış bağlanma bölgesindeki aminoasitlerin fosforlandığı bir mutant form olan Smad3-EPSM’nin yüksek ekspresyonunun sağlanması ve senesens yanıtının incelenmesi planlanmaktadır. Bu bakımdan Smad3 nakavt klonlar elde edilmiş ve doğrulanmıştır. Projedeki çalışmalar devam etmektedir. Söz konusu faaliyet yılında proje konusuyla ilgili olarak “The Bright and the Dark Side of TGF-β Signaling in Hepatocellular Carcinoma: Mechanisms, Dysregulation, and Therapeutic Implications” başlıklı bir derleme makale Cancers dergisinde yayımlanmıştır. Bir araştırma makalesi de halen hazırlık aşamasındadır.
Malign Plevral Mezotelyoma Hücrelerinin Sağkalımında ATG9A Geninin Hayati Rolü: Şentürk İşlevsel Kanser Genomiği Laboratuvarı’nda farklı MPM kanser hücre hatlarında gerçekleştirilen tüm genom CRISPR/ Cas9 tarama esasına dayanan moleküler çalışmalarda MPM karsinogenezinde hayati önem taşıma potansiyeli bulunan pek çok aday gen tanımlanmıştır. Hayatta kalma ile ilişkili
Temel ve Translasyonel Araştırmalar Programı 111