Page 156 - Faaliyet Raporu 2022

de protein düzeyinde in vitro olarak belirlenmiştir. Bir sonraki aşamada inflamazom aktivasyonunun NLRP3 aracılı olduğu kanıtlanmıştır. Projenin in vivo bölümünde ise yabanıl tip farelerden alınan doku örneklerinde inflamazom aktivasyonu hem immunohistokimyasal boyamalar ile hem de RT-PCR ve western blot yöntemleri ile gösterilmiştir. NLRP3 ve Caspase-1 knock out fareler kullanılarak inflamazom aktivasyonunun NLRP3 kaynaklı olduğu belirlenmiştir. Geçtiğimiz dönem içerisinde tamamlanan projenin makale yazımı tamamlanmış, uluslararası bir dergide yayınlanmak üzere gönderilmiştir.
Aktive Mikrogliadan Salınan tRNA parçacıklarının Mikroglia-Nöron Etkileşimindeki rolü (Yürütücü, TÜBİTAK 1001, 2022-2024): Mikroglia hücresinin immun aktivasyonu ile salınan tRNA parçacıklarının mikroglia-mikroglia ve mikroglia-nöron haberleşmesinde rol oynayıp oynamadıklarının belirlenmesi amaçlanmıştır. Bu doğrultuda in vitro ve in vivo inflamasyon modellerinde, mikrogliada ekspresyonu değişen tRNA parçacıklarının tespit edilmesidir. Bu proje nöroinflamasyonun patogenezine katıldığı birçok nörolojik ve nöropsikiyatrik hastalıkların mekanizmasına ışık tutacak ve tRNA parçacık hedefli yenilikçi tedavi stratejilerinin geliştirilmesine öncülük edecektir. Projenin ilk aşamasında, LPS uygulanan in vitro ve in vivo modellerden örnekler NGS için Heildelberg EMBL’e gönderilmiştir. Şu aşamada, elde edilen veriler, biyoinformatik analizler ile test edilmektedir. Biyoinformatik analizden elde edilecek olan ekspreyonu değişen tRNA parçacıkları ile fonksiyonel deneyler gerçekleştirilecektir.
Depresif bozuklukta Mitokondriyal DNA
Değişiklikleri(Araştırmacı, TÜBİTAK 1001, 2022-2025): Depresyon, yaygın görülen, yeti yitimine neden olan, genetik ve çevresel faktörlerin etkisiyle ortaya çıkan psikiyatrik bir bozukluktur. Epigenetik çalışmalar, depresyonda çok sayıda gende metilasyon değişiklikleri olduğunu göstermektedir. Mitokondriyal genomdaki değişiklikler ve mitokondriyal epigenetik ise yeni ve güncel bir çalışma alanıdır. Mitokondriyal epigenetik, epigenetik değişikliklerin mitokondri ve mitokondriyal genoma sınırlı olarak incelendiği alanı tanımlamaktadır. Bu proje kapsamında depresyonda mitokondriyal DNA’nın (mtDNA) metilasyondaki değişikliklerin (kopya sayısı, oksidasyon ve metilasyon), bu değişikliklerin depresyonun klinik özellikleri ile (semptomatik remisyon, belirti şiddeti, algılanan stres düzeyi vb.) ve nörogenezle ilişkilerinin değerlendirilmesi incelenecektir.
Nrf2 Düzeyi ve Aktivitesini Belirlemek için SiMOA Temelli Kit Geliştirilmesi(Proje yürütücüsü, Sibel Kalyoncu, Araştırmacı, TÜBİTAK-AB COST Projesi, 2022-2025): Nrf2 seviyesinin ve aktivitesinin belirlenmesi temel araştırmalarda kullanım alanı bulduğu gibi, klinik araştırmalarda da tanısal, ilaç etkinliğinin değerlendirilmesi ve izlemde kullanılma potansiyeli söz konusudur. Bu proje kapsamında muadili olan ELISA kitlerine göre çok daha hassas ve doğru sonuçlar veren Single molekül array (SIMOA) teknolojisi temelli, Nrf2 düzeyini ve aktivitesini gösteren bir kit geliştirilmesi amaçlanmaktadır. Bu proje önerisinin amacı dahilinde; Nrf2’ye karşı antikor seçilerek ve seçilen antikorların bağlanma analizlerinin yapılarak Nrf2 düzeyinin belirlenmesinde optimizasyonların seçilen antikorla yapılacak, geliştirilen kitin
Temel ve Translasyonel Araştırmalar Programı 149