Page 204 - Faaliyet Raporu 2022

öğretim üyelerinden Prof. Dr. Ayça Arzu Sayıner ve ekibi tarafından toplanmış ve solunum yolu hastalıklarına sebep olan virüsler için test edilmiş ve arşiv materyali olarak TAE tampon solüsyonunda saklanan nazofarenks örnekleri proje yürütücüsüne teslim edilmiştir. Önerilen projede, bahsi geçen nazofarenks sürüntü örneklerinden influenza A-pozitif olduğu saptanan ve alt tipleri belirlenen (H3N2 ya da H1N1) 190 örnek herhangi bir demografik grup hedeflemeden seçilmiştir. Seçim aşamasında yüksek konsantrasyonda RNA izole edilebilmesi için seçilen örneklerin, tanı aşamasında yapılan gerçek-zamanlı RT- PCR sırasında elde edilen Ct (cycle threshold) değerleri de göz önünde bulundurularak HA geninin 634 bazlık bir kısmı çoğaltılabilen 37 H1N1 ve 13 H3N2 örneği arasından 10’ar adet H1N1 ve H3N2 örneği amplifikasyon verimleri baz alınarak seçilmiş, bu örneklerin tüm genomu başarıyla çoğaltılmıştır. Bu aşamadan sonra elde edilen genlerin çeşitli ekstraksiyon yöntemleriyle saflaştırılması yapılarak dizileme işlemlerine hazır hale getirilmiştir. Dizileme hizmeti için uygun konsantrasyona getirilerek standardize edilen amplikonlar, her amplikondan eşit miktarda olacak şekilde, her virüse ait 8 ayrı gen parçası tek tüp içerisinde birleştirilmiştir. Sonrasında oluşturulan gen kütüphanesi yeni nesil dizileme hizmeti alınan firmaya gönderilerek dizileme işlemi gerçekleştirilmiştir. Dizileme işlemleri sonucunda her bir virüsün tüm genom dizi okumalarını içeren fastq dosyaları CLC Genomics Workbench 22.0.1 programı kullanılarak birleştirilmiş ve seçilen referans genoma göre konsensus dizileri oluşturulmuştur. Sonrasında her bir dizi için varyasyon analizi yapılarak, majör ve minör varyasyonlar tespit edilmiştir. Elde edilen majör ve minör varyasyonlardan literatürde
tanımlanmamış olanlarından bir kısmı, üç boyutlu yapı analizi yapılmasına olanak sağlayan PyMOL programı ile, bulundukları genin üç boyutlu yapısı üzerinde meydana getirebilecekleri potansiyel etkiler açısından analiz edilmiştir. Ayrıca elde edilen genomlar üzerinde olası gen takası olgusunun değerlendirilmesi adına filogenetik analizler yapılmıştır. Proje kapsamında elde edilen veriler ile oluşturulan proje sonuç raporu 22.11.2022 tarihinde sisteme yüklenerek, değerlendirme komisyonunun onayı ile başarı ile sonuçlandırılmıştır. Bu projenin çıktılarını içeren makalenin hazırlıkları devam etmekte olup en yakın zamanda yayın başvurusu yapılacaktır.
Yeni nesil dizileme yöntemi ile Türkiyede bulunan yarasaların taşıdığı zoonotik virüs profilinin belirlenmesine yönelik ön veri eldesi ve optimizasyon çalışması (Yürütücü: Zeynep A. Koçer, Araştırmacılar: Prof. Dr. İbrahim Raşit Bilgin DEÜ-BAP, Ref: #2020.KB.FEN.031, 2021-2022): Zoonotik virüsler halk ve hayvan sağlığı açısından ciddi bir tehdit oluşturmaktadır. Bu tür virüsler birçok yabani ve evcil hayvanın yanı sıra insanların da ani ölümüne yol açabilecek lokal veya yaygın salgınlara da neden olabilirler. Zoonotik virüslerin en önemli taşıyıcılarından biri yarasalardır. Bazı virüsler tükürük, kan gibi biyolojik sıvılar aracılığıyla bulaşırken, bazıları ise dışkı ile vücuttan atılır. Dışkı ile dışarı atılan zoonotik virüslerin bir süre daha aktif olarak doğada kaldığı gözlemlenmiştir. Bu durum, insanlara ya da insanlarla yakın temas halinde bulunan köpek, domuz gibi birçok omurgalıya virüsün geçiş riskini arttırmaktadır. Türkiye’de farklı beslenme alışkanlıklarına sahip 39 yarasa türü ve bunların yaşadıkları yaklaşık 40.000 kadar mağara olduğu bilinmektedir. Turistik amaçla da kullanılan bu mağaraların yerel halk tarafından da
Teknolojik Araştırmalar Programı 197