Page 205 - Faaliyet Raporu 2022

ziyaret ediliyor olması, zoonoz riskini arttırarak, olası bir salgına zemin hazırlamaktadır. Ayrıca, dünya genelinde olduğu gibi ülkemizde de son zamanlarda artmış olan guano madenciliği bu gibi zoonoz hastalıkların riskini arttırmaktadır. Ancak, Türkiye’de bulunan yarasaların taşıdığı ve dışkı yoluyla saçılıp diğer memelilere ve insanlara bulaşma riski olan zoonotik patojenlerin tespitine yönelik herhangi kapsamlı bir çalışmaya literatürde rastlanmamıştır. Önerilen projenin temel amacı, yarasaların taşıdığı ve dışkı yoluyla çevreye bırakılan zoonotik virüslerin yeni nesil dizileme ve metagenomik gibi moleküler yöntemler ile tespit edilebilmesi için optimizasyon çalışmaları yapmaktır. Bu amaç doğrultusunda, altı farklı yarasa türünün (Myotis capacinii, Miniopterus pallidus, Myotis myotis, Miniopterus schreibersii, Rhinolophus euryale, Rhinolophus ferrumequinum) yaşadığı Tekirdağ Kıyıköy Çilingöz Mağarası, Nevşehir/Ürgüp/Sarıhıdır Köyü Tüneli ve Burdur/Bucak/Sefer Yitiği Mağarasından toplanan yarasa dışkısı örnekleri kullanılarak virüs genomik kütüphaneleri oluşturulması ve yeni nesil dizileme ile virüs türlerinin saptanması hedeflenmektedir. Bu çalışmadan elde edilecek veriler, ülkemizde yarasalar tarafından taşınan ve halk sağlığı açısından risk taşıyan zoonotik virüs türlerini saptamada önemli bir rol oynayacaktır. Bu sayede, bir veri tabanı oluşturularak, ülkemizdeki riskli bölgeler ve virüsler üzerine bir haritalama çalışması yapılabilmesinin önü açılacaktır. Böylelikle olası bir salgında toplum sağlığını, dolayısıyla ülke ekonomisini etkileyecek bir durumun çok önceden önüne geçilebilmesi ve sağlık çalışanlarımızın ülkemizde bulunan egzotik virüs hastalıklarına hazırlıklı olabilmesi mümkün olacaktır. Ayrıca, bu veriler, bu tarz hastalıkların hızlı tespitine yönelik tanı kitlerinin geliştirilmesine
yönelik Ar-Ge çalışmalarına temel oluşturacaktır.
Projenin amacı doğrultusunda üç farklı bölgeden toplanan yarasa dışkıları inaktivasyon solüsyonuna aktarılmış, sonrasında filtrelerden (sırasıyla 0.45 um ve 0.22 um) geçirilerek ortamda bulunan ökaryotik ve prokaryotik hücrelerden arındırılmıştır. Filtrelenmiş örnekler, ultrasantrifüj ile yüksek hızda üç saat boyunca çevrilerek konsantre edilmiştir. Santrifüj sonrası oluşan pellet, nükleaz içermeyen su ile süspanse edilmiş ve hemen ardından enzimlerle (DNAse, RNAse ve protease) farklı sıcaklıklarda inkübe edilmiştir. Sonrasında her bir örnekten total nükleik asit izolasyonu yapılmıştır. Daha sonra da elde edilen bu nükleik asitlerden iki aşamalı cDNA sentezi gerçekleştirilerek örnekler sekanslama (NGS) hizmeti için hazır hale getirilmiştir. Hazırlanan örnekler yeni nesil dizilemeye tabi tutulmuş, dizileme işlemi sonrasında elde edilen fastq dosyaları üç farklı biyoinformatik yaklaşım ile analiz edilmiştir: CLC Genomics Workbench 22.0.1 yazılımının BLAST uygulaması kullanılarak dizi okumalarının taksonomik olarak tanımlanması, Kraken 2 aracılığıyla dizi okumalarının taksonomik tanımlaması (Wood vd., 2019), NCBI BLAST’ta virüs dizileri için seçilen veri tabanları kullanılarak de novo birleştirme ile elde edilen kontiglerin taksonomik tanımlaması. Bu proje, yapılan analizler sonucunda elde edilen veriler ile 22.10.2022 tarihinde sisteme yüklenen sonuç raporunun değerlendirme komisyonunun onayı ile başarıyla sonuçlandırılmıştır. Bu projenin çıktılarını içeren makale hazırlık aşamasındadır.
Ülkemizde ve Dünyada Halk Sağlığını En Fazla Tehdit Eden HPV ve İnfluenza Kaynaklı Enfeksiyonlara Karşı Tanı Kitleri, İlaç Formülasyonları ve Aşı Geliştirilmesi
198 Faaliyetlere İlişkin Bilgi ve Değerlendirmeler