Translasyonel Kanser Araştırmaları

Baş Araştırmacı: Prof. Dr. Neşe ATABEY

Translasyonel Kanser Araştırmaları grubunda yer alan laboratuvarımız tümör metastazı gelişiminde rol oynayan sinyal yolaklarının aydınlatılmasına, yeni antimetastatik tedavi hedefi sinyal iletimi moleküllerin ve biyobelirteç adaylarının keşfedilmesine yönelik araştırmalar sürdürmektedir. Laboratuvarımızda öncelikli olarak karaciğer kanseri ve kolon kanseri modellerinde organ spesifik metastazın temelleri tümör hücrelerini ve tümör mikroçevre elemanlarını bir arada içeren üç boyutlu ko-kültür modellerinde incelenmektedir.  Bu modellerde yapılan transkriptomik, proteomik analizler ile keşfedilen moleküler yolakların etkileri in siliko araçlarla, in vitro ve in vivo modellerde test edilmektedir. Bu testler sonucu seçilen ilaçla hedeflenebilecek moleküllere yönelik ilaç adayları in siliko ve analitik yöntemler ile belirlenmekte, daha sonra in vitro etkinlik ve sitotoksisite analizleri yapılmaktadır. Güncel çalışmalarımız metabolizma ilişkili steatotik karaciğer hastalığı (MASLD) gelişimi sürecinde değişen karaciğer mikroçevresinin, HCC ve CRC hücrelerinin karaciğere metastaz yapmasındaki rolünün belirlenmesine odaklanmıştır.

Yayınlar

- Öztemur Islakoğlu Y, Korhan P, Binokay L, Keleş B, Bağırsakçı E, Uludağ Taşçıoğlu M, Şamdancı E, Karakülah G, Atabey N. Fusion transcripts landscape in hepatocellular carcinoma and potential impact on the expression of fusion partners. RNA Biol. 2025 Dec;22(1):1-16. doi: 10.1080/15476286.2025.2529036. Epub 2025 Jul 9. PMID: 40613496.

- Korhan P, Bağırsakçı E, Islakoğlu YÖ, Atabey N. 3D Cell Culture Models as a Platform for Studying Tumor Progression, Testing Treatment Responses, and Discovering Biomarkers. Methods Mol Biol. 2025 Jan 9. doi:10.1007/7651_2024_595. Online ahead of print. PMID: 39776071.

- Korhan P, Bağırsakçı E, Öztemur IslakoğluY, Solmaz G, Sarıkaya B, Nart D, Yılmaz F, Atabey N. MASLD-mimicking microenvironment drives an aggressive phenotype and represses IDH2 expression in hepatocellular carcinoma. Hepatoma Res. 2024;10:22. http://dx.doi.org/10.20517/2394-5079.2023.140.

- Bagci G, Comez D, Topel H, Yilmaz Y, Bagirsakci E, Gunes A, Batı Ayaz G, Tahmaz I, Bilgen M, Solmaz G, Pesen Okvur D, Atabey N. c-Met activation promotes extravasation of hepatocellular carcinoma cells into 3D-cultured hepatocyte cells in lab-on-a-chip device. Biochim Biophys Acta Mol Cell Res. 2023 Dec;1870(8):119557. doi: 10.1016/j.bbamcr.2023.119557. Epub 2023 Aug 5. PMID: 37549739.

- Topel H, Bağırsakçı E, Yılmaz Y, Güneş A, Bağcı G, Çömez D, Kahraman E, Korhan P, Atabey N. High glucose induced c-Met activation promotes aggressive phenotype and regulates expression of glucose metabolism genes in HCC cells. Sci Rep. 2021 May 31;11(1):11376. doi: 10.1038/s41598-021-89765-5. PMID: 34059694.

Projeler

- TRANSCAN-3 JTC, Çoklu İşbirliği: 125N685, METRICs: Radyoterapi ve İmmünoterapi Kombinasyonlarına Duyarlılığın Artırılması İçin Metabolizma/Metagenomik Tabanlı Stratejiler, Kabul edildi, Sözleşme aşamasında.

- Türkiye – Romanya İkili İşbirliği: 124N765, Metabolik Disfonksiyon İlişkili Yağlı Karaciğer Hastalığı (MASLD) ile Uyarılan Kolorektal Kanserlerde Karaciğer Metastazının Engellenmesi için Biyobelirteç Temelli İlaç Keşfi, Yürürlükte.

- TÜBİTAK – 1001: 122S547, Kolon Adenokarsinomlarında Karaciğer Metastazı Gelişiminde Olfaktör Reseptörlerin Rolünün Araştırılması, Yürürlükte.

- Türkiye – Fransa İkili İşbirliği (PIA-Bosphorus): 119N226, Spesifik Insülin Reseptörü Izoformlarının c-Met ile Etkileşimi: Mekanizmaları ve Hepatoselüler Karsinoma Progresyonundaki Rolleri, Tamamlandı.

- TÜSEB 2020 - Yİ-02: 6860, Karaciğer Kanserinin Tedavisinde Yeni Bir Strateji : c-Met Reseptör Tirozin Kinaz Proteinindeki Nedilasyon Bozukluklarının Küçük Moleküller İle İnhibisyonu, Tamamlandı.

- TÜBİTAK – 1001: 119S698, Karaciğer Metastazı Gelişiminde Hgf/c-Met Yolağınının Rolünün Tümör Mikroçevresini İçeren Koşullarda İncelenmesi, Tamamlandı.

- TÜBİTAK – 1001: 118Z156, Hepatoselüler Karsinoma'da Sorafenib Direnci Gelişiminde Kaveolin-1'in Rolü, Tamamlandı.

- TÜBİTAK – 1003: 115E056, Metastazın Erken Tanısında Yeni Bir Yonga-Üstü-Laboratuvar (Lab-On-A-Chip, Loc) Cihazı, Tamamlandı.

- TÜBİTAK – 1001: 114S359, Yüksek Glukoz Aracılıklı Hepatosellüler Karsinoma Progresyonunun Moleküler Mekanizması: c-Met Aktivasyonu ve Yeni Adaylar Thioredoxin Interacting Protein, Sestrin2 ve lncRNA HOTAIR, Tamamlandı.

Patentler

- N. Atabey, P. Korhan, E. Bağırsakçı, Y. Öztemur Islakoğu, G. Solmaz, B. Sarıkaya Berber, D. Nart, F. Yılmaz, Hepatoselüler Karsinom Araştırması için MASLD Taklit Eden 3D Ko-Kültür Sistemi (Başvuru yapıldı).

- Durdağı S, Sezgin O, Atabey SN, Yilmaz Y. Yeni c-Met ECM Domain inhibitörleri (Başvuru yapıldı).

- Bottaro, D. P., Giubellino A., Atabey S. N., Soriano J. V., Breckenridge D. E.ve Burke T. R. (2011). Inhibition of cell motility, angiogenesis, and metastasis, Pub No: US7871981.

- Bottaro, D. P., Giubellino A., Atabey S. N., Soriano J. V., Breckenridge D. E.ve Burke T. R. (2008). Tripeptides for treating cancer metastasis, prostate cancer and melanoma, Pub No: WO2008036565 A1.

- Bottaro D. P., Atabey, S. N., Breckenridge D. E., Gao Y., Soriano J. V.ve Yao Z. J. (2006). Inhibition of cell motility and angiogenesis by inhibitors of the Grb2 SH2-domain, Pub No:US1733392.

- Demirci T, Oflaz H, Atabey N, et al.(2008). In vitro Mechanical Stress System, Pub No:TR200801036a2. 

Ekip

Aktif Üyeler

Barış Keleş
Esra Katkat (PhD)
Ezgi Bağırsakçı Tepe (PhD)
Fatma Rabia Çakıcı
Gülhas Solmaz (PhD)
Rachel Helena Jantjies
Peyda Korhan (PhD)
Tutku Güler

Önceki Üyeler

Afsoon Sadeghi Azadi (PhD)
Ayşim Güneş (PhD)
Dehan Çömez (PhD)
Erkan Kahraman (PhD)
Evin İşcan (PhD)
Gizem Batı Ayaz (PhD)
Gülsün Bağcı (MSc)
Hande Topel (PhD)
Işıl Kılıçgün (MSc)
Yeliz Yılmaz (PhD)