Biyoinformatik Analiz Hizmetleri
Biyoinformatik Analiz Birimimiz, yüksek hacimli yeni nesil dizileme (NGS) verilerinin biyolojik olarak anlamlı, istatistiksel olarak güvenilir ve yayınlanabilir sonuçlara dönüştürülmesini amaçlayan bir hizmet platformudur. Akademik araştırma grupları ve Ar-Ge ekiplerine yönelik olarak; RNA-seq, single-cell analizler, epigenomik, metagenomik ve tüm genom dizileme (WGS) başta olmak üzere geniş bir analiz yelpazesinde, uluslararası standartlara uygun, şeffaf ve tekrarlanabilir çözümler sunmaktayız.
Genomik, transkriptomik ve proteomik veriler için uçtan uca biyoinformatik analiz hizmetleri sağlayan birimimizde; veri kalite kontrolü ve ön işleme adımlarından ileri düzey istatistiksel analizlere, biyolojik yorumlamadan yayın destek süreçlerine kadar tüm aşamalar bilimsel doğruluk ve metodolojik tutarlılık esas alınarak yürütülmektedir. Projelere özel olarak tasarlanan analiz stratejileri ile araştırma süreçlerinin hızlandırılması ve yüksek güvenilirlikte sonuçlar elde edilmesi hedeflenmektedir.
Hizmetlerimiz
1. RNA-seq / miRNA / tRNA Analizleri
RNA dizileme verilerinin kalite kontrolünden diferansiyel ekspresyon ve fonksiyonel yorumlamaya kadar kapsamlı analizi.
7. Yayın Destek Hizmetleri
Akademik yayınlar için şekil, tablo, metod yazımı ve supplementary materyal desteği.
8. Pipeline Geliştirme (Nextflow)
Tekrar üretilebilir, ölçeklenebilir ve dokümante edilmiş biyoinformatik analiz pipeline’larının geliştirilmesi.
9. Danışmanlık & Deney Tasarımı
Deney planlaması, analiz stratejisi ve veri yorumlama süreçlerinde birebir bilimsel danışmanlık.
Birim Sorumlusu: Leman BİNOKAY
Yüksek Performanslı Hesaplama Hizmeti
Biyoinformatik Birimi ayrıca, yüksek performanslı hesaplama hizmeti vermektedir. Yüksek performanslı bilgisayar sistemleri, geniş çaplı depolama çözümleri ve çeşitli yazılım lisansları ile donatılmış olan alt yapısıyla, araştırmacıların projelerini verimli ve etkili bir şekilde yürütmelerine olanak tanır.
Birimimiz, araştırma ve inovasyonda mükemmeliyeti desteklemek için gerekli olan en iyi hesaplama kaynaklarını ve teknolojilerini sağlamak ve bu sayede bilimsel keşiflerin önündeki hesaplama engellerini ortadan kaldırarak, araştırmacılarımızın daha karmaşık bilimsel problemleri çözmelerine yardımcı olmayı hedeflenmektedir.
Hizmet Kapsamında Sunduklarımız
Donanım ve Yazılım Tedariki: En güncel ve en uygun hesaplama kaynaklarını sunarak, bilimsel hesaplamalarınız için ideal ortamı hazırlıyoruz.
Kullanıcı Eğitimi ve Destek: HPC kavramlarından ileri programlama tekniklerine kadar eğitimler düzenleyerek kullanıcılarımızın bu kaynakları en verimli şekilde kullanmalarını sağlıyoruz.
Yeni Teknolojilerin Araştırılması: Yapay zeka, derin öğrenme ve yüksek performanslı ağlar gibi alanlardaki gelişmeleri takip ederek araştırma kabiliyetlerimizi sürekli geliştiriyoruz.
İşbirliği ve Ortaklıklar: Ulusal ve uluslararası işbirlikleri ile bilgi paylaşımını ve kaynakların etkin kullanımını artırıyoruz.
Hizmetlerimize ait detaylı bilgileri görüntülemek için tıklayınız.
Sıkça sorulan soruları görüntülemek için tıklayınız.
Güncel fiyat listesini görüntülemek için tıklayınız.
İletişim: Hüseyin GÜNER - huseyin.guner@ibg.edu.tr
Katkı Sağladığımız Yayınlar
Öztemur Islakoğlu, Y., Korhan, P., Binokay, L., Keleş, B., Bağırsakçı, E., Uludağ Taşçıoğlu, M., Şamdancı, E., Karakülah, G., & Atabey, N. (2025). Fusion transcripts landscape in hepatocellular carcinoma and potential impact on the expression of fusion partners. RNA Biology, 22(1), 1–16. https://doi.org/10.1080/15476286.2025.2529036
Karacicek, B., Katkat, E., Binokay, L., Ozhan, G., Karakülah, G., & Genc, S. (2025). The role of tRNA fragments on neurogenesis alteration by H₂O₂-induced oxidative stress. Journal of Molecular Neuroscience, 75(2), 1–12. https://doi.org/10.1007/s12031-025-02330-x
Arioz, B. I., Binokay, L., Tastan, B., Genc, B., Cotuk, A., Dursun, E., Gezen-Ak, D., Hanagası, H., Gurvit, İ. H., Bilgic, B., Bagriyanik, A., Karakülah, G., Yener, G. G., & Genc, S. (2025). Characterization of tRNA-derived fragments in the small neuron-derived extracellular vesicles of Alzheimer’s disease patients. Brain Research, 1862, 149730. https://doi.org/10.1016/j.brainres.2025.149730
Günay, Ç., Binokay, L., Karakülah, G., Polat, İ., Yiş, U., & Hiz-Kurul, S. (2025). Exploring molecular pathways underlying epilepsy development in intellectual disability. Neuropediatrics.
Karabicici, M., Akbari, S., Caliskan, C., Celiker, C., Oz, O., Binokay, L., Karakülah, G., Senturk, S., & Erdal, E. (2025). Modeling hepatic fibrosis in TP53 knockout iPSC-derived human liver organoids. Molecular Oncology. https://doi.org/10.1002/1878-0261.70119
Koçak, G., Uyulgan, S., Polatlı, E., Sarı, V., Kahveci, B., Bursalı, A., Binokay, L., Reçber, T., Nemutlu, E., Mardinoğlu, A., Karakülah, G., Utine, C. A., & Güven, S. (2024). Generation of anterior segment of the eye cells from hiPSCs in microfluidic platforms. Advanced Biology, 8(5), 2400018. https://doi.org/10.1002/adbi.202400018
Binokay, L., Oktay, Y., & Karakülah, G. (2024). An API for dynamic estimation of reference intervals for functional abundances of gut microbiota. Biologia, 79(1), 343–353. https://doi.org/10.1007/s11756-023-01556-7
Kahveci, B., Polatlı, E., Evranos, A. E., Güner, H., Baştanlar, Y., Karakülah, G., & Güven, S. (2025). BrAIn: A comprehensive artificial intelligence-based morphology analysis system for brain organoids and neuroscience. bioRxiv. https://doi.org/10.1101/2025.02.19.638973
Vasilopoulos, S. N., Güner, H., Uça Apaydın, M., Pavlopoulou, A., & Georgakilas, A. G. (2023). Dual targeting of DNA damage response proteins implicated in cancer radioresistance. Genes, 14(12), 2227. https://doi.org/10.3390/genes14122227https://doi.org/10.3390/genes14122227
Gunalp, S., Goksu Helvaci, D., Oner, A., Bursalı, A., Conforte, A., Güner, H., Karakülah, G., Szegezdi, E., & Sag, D. (2023). TRAIL promotes the polarization of human macrophages toward a proinflammatory M1 phenotype and is associated with increased survival in cancer patients with high tumor macrophage content. Frontiers in Immunology, 14, 1209249. https://doi.org/10.3389/fimmu.2023.1209249
