Biyoinformatik Analiz Hizmetleri

BİYOİNFORMATİK ANALİZ HİZMET KATALOĞU

1. RNA-seq/miRNA/tRNA Analiz Hizmetleri

Paket Kodu	Analiz Adı	Kapsam	Çıktılar
1.1	Temel RNA-seq QC & Hizalama	FastQC + MultiQC Adapter trimming Referans genoma hizalama Mapping & duplication istatistikleri Gen/transkript sayım matrisi	MultiQC raporu (HTML) BAM/CRAM dosyaları Raw counts matrisi (TSV) Mapping özet istatistikleri (TSV)
1.2	Diferansiyel Ekspresyon (DE) Analizi	Normalizasyon Batch effect düzeltme (varsa) DE analizi Volcano, MA, PCA, heatmap görselleri	DE gen listesi (log2FC / p-adj) (TSV) Tüm görseller (PDF/PNG)
1.3.1	Target Gen Analizi (miRNA, tRNA)	• TarBase / TargetScan / miRDB target çıkarılması	• Target gen listeleri (TSV)
1.3.2	Fonksiyonel Zenginleştirme Analizi	GO (BP/MF/CC) KEGG pathway• GSEA analizi	GO / KEGG sonuç tabloları Dot/bar plot görselleri (PDF/PNG)

2. 16S/18S rRNA Metagenomik Analiz

Paket Kodu	Analiz Adı	Kapsam	Çıktılar
2.1	Taksonomik Profil & Topluluk Yapısı	Ham veri QC Primer trimming ASV çıkarımı Taksonomik sınıflandırma Filogenetik yerleştirme Alpha/Beta diversity analizi PCoA / Beta-diversity ordination	ASV tabloları (absolute + relative) (TSV) Taksonomi tabloları (TSV) Interactive barplot (HTML) Alpha rarefaction grafikleri (PNG/PDF) PCoA / ordination grafikleri (PDF/PNG) Diversity raporu (HTML)
2.2	Diferansiyel Abundance Analizi	DA analizi Gruplar arası takson değişimlerinin belirlenmesi Takson düzeyinde istatistiksel karşılaştırmalar	Diferansiyel abundance tabloları (TSV) Barplot / volcano / boxplot grafikleri (PDF/PNG)
2.3	Fonksiyonel Potansiyel Analizi (uygunsa)	İşlevsel tahmin EC, KO, MetaCyc pathway tahminleri Metabolik yolak projeksiyonu	Fonksiyonel profil tabloları (EC, KO, MetaCyc) (TSV) Fonksiyonel bolluk grafikleri (PDF/PNG)

3. ATAC-seq Analiz Hizmetleri

Paket Kodu	Analiz Adı	Kapsam	Çıktılar
3.1	QC, Hizalama & Peak Çağrımı	FastQC + MultiQC QC analizi Adapter trimming Hizalama Duplicate marking & filtreleme Coverage QC bigWig normalizasyonu Peak çağrımı Peak anotasyonu	FastQC & MultiQC raporları Aligned BAM + index Insert size & duplication istatistikleri Normalized bigWig dosyaları Peak listeleri (narrowPeak / broadPeak) Peak anotasyon tabloları FRiP skorları & peak QC metrikleri
3.2	Konsensus Peak Set & Diferansiyel Erişilebilirlik (DA)	Örnekler arası peak birleştirme Peak read sayımı DA analizi PCA & sample similarity analizi Volcano & heatmap üretimi	Konsensus peak matrisi (raw counts) DA peak tabloları (log2FC, p-adj) PCA plot Sample distance heatmap Volcano & heatmap görselleri Peak intersection grafikleri
3.3	TF Aktivite & Motif Analizi	Motif enrichment	Motif enrichment tabloları IGV session

4. ChIP-seq Analiz Hizmetleri

Paket Kodu	Analiz Adı	Kapsam	Çıktılar
4.1	QC, Trimming, Hizalama & Peak Çağrımı	Ham veri QC (FastQC, MultiQC) Adapter trimming Mapping Duplicate marking & filtreleme ChIP-seq QC metrikleri Coverage QC Normalized bigWig oluşturma Peak çağrımı Peak kalite ölçümleri (FRiP, peak counts)	QC raporları Aligned BAM/CRAM + index dosyaları NSC/RSC skorları Fingerprint/profile grafikleri Normalized bigWig dosyaları Per-sample peak listeleri FRiP skorları ve peak QC metrikleri
4.2	Peak Anotasyonu & Motif Analizi	Peaklerin gen/promoter/fonksiyonel elementlerle eşleştirilmesi Motif zenginleşme analizi Peak-to-gene annotation QC	Anotasyon tabloları Motif enrichment raporları Peak-to-gene dağılım grafikleri
4.3	Konsensus Peak Set & Diferansiyel Bağlanma (DB) Analizi	Örnekler arası peak birleştirme Peak için read sayımı Diferansiyel bağlanma analizi PCA & örnek benzerlik analizi Volcano / heatmap üretimi UpSetR intersection analizi IGV session file oluşturma	Konsensus peak matrisi (raw counts) Diferansiyel peak tabloları (log2FC, p-adj) PCA plot Sample similarity heatmap Volcano & heatmap görselleri UpSetR peak intersection grafikleriigv_session.xml

5. Single-Cell RNA-seq Analizleri

Paket Kodu	Analiz Adı	Kapsam	Çıktılar
5.1	Temel scRNA-seq İşleme	Hücre ve gen filtreleme (QC) Doublet tespiti (opsiyonel) Normalizasyon & scaling Batch correction Boyut indirgeme (PCA) UMAP / t-SNE görselleştirme Kümeleme (cluster analizi)	Seurat/Scanpy obje dosyası QC özet raporu UMAP / t-SNE cluster grafikleri
5.2	Hücre Tipi Anotasyonu	Küme bazlı marker gen analizi Referans tabanlı anotasyon (SingleR / Azimuth vb.) Cluster marker heatmap ve dot-plot	Hücre tipi anotasyon tablosu Cluster başına marker gen listeleri Marker / heatmap görselleri
5.3	Diferansiyel Ekspresyon, Trajectory & Zenginleştirme	Cluster bazlı diferansiyel ekspresyon (DE) analizi Trajectory / pseudotime analizi (uygunsa) Fonksiyonel zenginleştirme (GO / KEGG, pathway analizi)	DE gen tabloları Trajectory / pseudotime grafikleri GO / KEGG zenginleştirme ve pathway raporları

6. Whole Genome Sequencing (WGS)

Paket Kodu	Analiz Adı	Kapsam	Çıktılar
6.1	Temel Hizalama & QC	Ham FASTQ kalite kontrolü GRCh38 veya istenen referansa hizalama Sort + duplikat işaretleme	BAM/CRAM + index MultiQC + alignment QC raporu Coverage/Depth istatistikleri
6.2	Varyant Çağrımı (SNV + Indel)	Base Quality Score Recalibration (BQSR) GATK HaplotypeCaller veya DeepVariant ile varyant çağrımı Varyant filtreleme (hard-filtering veya VQSR) Anotasyon: ClinVar, gnomAD, dbSNP, SnpEff / VEP	VCF / VCF.gz + index Anotasyonlu VCF
6.3	Genişletilmiş WGS (SV + CNV + Arşivleme)	Yapısal varyant (SV) analizi CNV analizi Kapsam analizleri Final CRAM arşivlemesi	SV/CNV tabloları ve BED dosyaları Kapsamlı WGS QC raporu (coverage, duplication, insert size, contamination) Sıkıştırılmış CRAM arşiv dosyası

7. Ek Hizmetler

Hizmet Kodu	Hizmet Adı	Açıklama
7.1	Yayın Desteği	Paketlere ek şekil & tablo üretimi, supplementary ve metod yazımı
7.2	Raporlama	Ayrıntılı teknik rapor, sunum
7.3	Pipeline Teslimi	Nextflow workflow & dokümantasyon
7.4	Danışmanlık	Deney tasarımı, veri yorumu, 1:1 toplantı

8. Fiyatlandırma

Kategori	Paket	Önerilen Fiyat (TL)
1. RNA-seq / miRNA / tRNA	1.1 QC + Hizalama	1500 TL / örnek
	1.2 DE Analizi	2000 TL / karşılaştırma
	1.3 Target Gen Analizi	2000 TL / analiz
	1.3.2 GO / KEGG / GSEA	2000 TL / karşılaştırma
2. Mikrobiyom 16S/18S	2.1 Taksonomi + Diversity	1000 TL / örnek
	2.2 Diferansiyel Abundance	2000 TL / karşılaştırma
	2.3 Fonksiyonel Profil	2000 TL / analiz
3. ATAC-seq	3.1 QC + Peak Calling	1500 TL / örnek
	3.2 DA Analizi	2000 TL / karşılaştırma
	3.3 Motif Analizi	1500 TL / analiz
4. ChIP-seq	4.1 QC + Peak Calling	1500 TL / örnek
	4.2 Peak Annotation + Motif	1500 TL / analiz
	4.3 Diferansiyel Bağlanma	2000 TL / karşılaştırma
5. Single-cell RNA-seq	5.1 QC + Clustering	2000 TL / örnek
	5.2 Hücre Tipi Anotasyonu	2000 TL / örnek
	5.3 DE + Trajectory	3000 TL / örnek
6. WGS (30X)	6.1 Alignment + QC	2000 TL / örnek
	6.2 SNV/Indel + Annotation	2000 TL / örnek
	6.3 SV + CNV	2000 TL / örnek
Standart Paketler
RNA-seq Standart Paket	(QC + hizalama + DE + enrichment)	19.000 TL / 10 örnek
Mikrobiyom Standart Paket	(ASV + taksonomi + diversity + DA)	12.000 TL / 10 örnek
ATAC-seq Standart Paket	(QC + peak + motif)	18.500 TL / 10 örnek
ChIP-seq Standart Paket	(QC + DB + motif)	19.000 TL / 10 örnek
WGS Standart Paket	(QC + alignment + VC + annotation)	18.000 TL / 10 örnek
scRNA-seq Standart Paket	(QC + clustering + DE + annotation)	19.000 TL / 10 örnek
7. Ek Hizmetler	Yayın Desteği	15.000–30.000 TL
	Teknik Rapor	15.000 TL
	Nextflow Pipeline Teslimi	50.000–200.000 TL
	Danışmanlık (1:1, 1 saat)	6000 TL

Biyoinformatik Analiz Hizmetleri, genomik, transkriptomik ve proteomik verileriniz için uçtan uca analiz çözümleri sunmaktadır. Uzman ekibimiz, veri temizleme ve kalite kontrolünden ileri düzey istatistiksel analizlere ve yorumlamaya kadar tüm süreçleri bilimsel doğrulukla yürütmektedir.

Projelerinize özel tasarlanan biyoinformatik stratejilerle, araştırma çıktılarınızı hızlandırmayı ve yüksek güvenilirlikte sonuçlar sağlamayı hedefliyoruz.

Standart paketler 10 ve daha az sayıda örnekler üzerine yapılacak olan analizler için geçerli olup, daha çok sayıda örnek içeren çalışmalar için ayrıca fiyat verilecektir.
Sunulan ücretler KDV hariç fiyatlardır.

Birim Sorumlusu: Leman Binokay

Biyoinformatik Analiz Hizmetleri

BİYOİNFORMATİK ANALİZ HİZMET KATALOĞU

Haberler

Bağlantılar

KVKK