Optik Görüntüleme Birimi
Optik görüntüleme, hücre içi dinamiklerin izlenmesi, protein–protein etkileşimlerinin analizi, hücre göçü ve farklılaşması, morfolojik değişimlerin değerlendirilmesi ile hücresel sinyal iletim yolaklarının takibi gibi çok sayıda temel ve translasyonel araştırma alanında kritik öneme sahiptir. Birimimiz, ileri düzey mikroskopi altyapısı ve alanında uzman teknik ekibi ile temel bilimlerden klinik öncesi çalışmalara kadar geniş bir yelpazede yürütülen bilimsel projelere nitelikli ve sürdürülebilir destek sunmaktadır.
Optik Görüntüleme Birimi, canlı hücrelerden doku kesitlerine kadar uzanan geniş bir biyolojik örnek yelpazesini yüksek çözünürlükte görüntüleyebilme kapasitesine sahiptir. Gelişmiş teknolojik altyapısı sayesinde araştırmacıların biyolojik süreçleri doğrudan ve dinamik olarak görselleştirmelerine olanak tanımakta; kurum içi ve kurum dışı araştırmacılara hizmet vermektedir. Optik görüntüleme sürecinin tüm aşamalarında — deney tasarımı, örnek hazırlığı, uygun görüntüleme parametrelerinin belirlenmesi ve ileri düzey görüntü analizi dahil olmak üzere — kullanıcılara kapsamlı danışmanlık ve teknik destek sağlanmaktadır.
Cihazlar
- Zeiss LSM880 - Lazer Taramalı Konfokal Mikroskobu
- Zeiss Observer 7 - Apotome Floresan Mikroskobu
- Olympus BX61 - Tam Motorize Floresan Mikroskopi Sistemi
- Olympus IX 71 - Floresan Mikroskobu
- Olympus CKX41 - Işık Mikroskobu
- Olympus IX81 - Canlı Hücre Görüntüleme Mikroskobu
Bu cihaz altyapısı ile;
- Çok kanallı floresan görüntüleme
- 2D ve 3D (Z-stack) görüntüleme
- Tam alan tarama (Tile Scan)
- Zaman serisi görüntüleme (belirlenen zaman aralıklarında ve lokasyonlardan alınan görüntülerin video formatına dönüştürülmesi)
- Süper çözünürlüklü görüntüleme (Airyscan)
gibi ileri düzey ve yüksek hassasiyetli görüntüleme teknikleri uygulanabilmektedir.
Ayrıca, Zeiss LSM880 konfokal mikroskobu, taramalı elektron mikroskobu (SEM) ile entegre Korelâtif Işık ve Elektron Mikroskobu (CLEM) analizlerine olanak sağlamaktadır.
İlgili Yayınlar
1- Saglam-Metiner, P., Devamoglu, U., Filiz, Y. et al. Spatio-temporal dynamics enhance cellular diversity, neuronal function and further maturation of human cerebral organoids. Commun Biol 6, 173 (2023). https://doi.org/10.1038/s42003-023-04547-1
2- Merve Basol, Esra Ersoz-Gulseven, Helin Ozaktas, Sibel Kalyoncu, Canan Asli Utine, Gulcin Cakan-AkdoganLoss of carbohydrate sulfotransferase 6 function leads to macular corneal dystrophy phenotypes and skeletal defects in zebrafish
3- Argitekin, E., Ersoz-Gulseven, E., Cakan-Akdogan, G., & Akdogan, Y. (2023). Dopamine-conjugated bovine serum albumin nanoparticles containing pH-responsive catechol-V (III) coordination for in vitro and in vivo drug delivery. Biomacromolecules, 24(8), 3603-3618.
4- Yasar Akdogan, Sumeyra Cigdem Sozer, Cansu Akyol, Merve Basol, Cigdem Karakoyun, Gulcin Cakan-Akdogan Probing the molecular mechanism of interaction between polystyrene nanoplastics and catalase by multispectroscopic techniques 2023, Chemico Biological Interactions
5- Arslan M, Karadag M, Onal E, Gelinci E, Cakan-Akdogan G, Kalyoncu S. Effect of non-repetitive linker on in vitro and in vivo properties of an anti-VEGF scFv. Sci Rep. 2022 Mar 31;12(1):5449. doi: 10.1038/s41598-022-09324-4. PMID: 35361822; PMCID: PMC8971466.
6- Burak Kahveci, Elifsu Polatli, Yalin Bastanlar, and Sinan Guven ACS Omega 2024 9 (46), 46117-46128 DOI: 10.1021/acsomega.4c06450 OrganoLabeler: A Quick and Accurate Annotation Tool for Organoid Images
7- Koc, A.C., Sari, V., Kocak, G. et al. Patient-derived cornea organoid model to study metabolomic characterization of rare disease: aniridia-associated keratopathy. BMC Ophthalmol 25, 14 (2025). https://doi.org/10.1186/s12886-024-03831-w
8- Asal M, Koçak G, Sarı V, Reçber T, Nemutlu E, Utine CA, Güven S. Development of lacrimal gland organoids from iPSC derived multizonal ocular cells. Front Cell Dev Biol. 2023 Jan 4;10:1058846. doi: 10.3389/fcell.2022.1058846. PMID: 36684423; PMCID: PMC9846036.
9- Kurden-Pekmezci A, Cakiroglu E, Eris S, Mazi FA, Coskun-Deniz OS, Dalgic E, Oz O,Senturk S. MALT1 paracaspase is overexpressed in hepatocellular carcinoma andpromotes cancer cell survival and growth. Life Sciences. 2023 Jun 15;323:121690.
10- Mazi FA, Cakiroglu E, Uysal M, Kalyoncu M, Demirci D, Sozeri PY, Yilmaz GO, Ozhan SE, Senturk S. The paracaspase MALT1 is a downstream target of Smad3 and potentiates the crosstalk between TGF-β and NF-kB signaling pathways in cancer cells. Cellular Signalling. 2023 May 1;105:110611. DOI: 10.1016/j.cellsig.2023.110611
11- Dayanc B, Eris S, Gulfirat NE, Ozden-Yilmaz G, Cakiroglu E, Coskun Deniz OS, Karakülah G, Erkek-Ozhan S, Senturk S. Integrative multi-omics identifies AP-1 transcription factor as a targetable mediator of acquired osimertinib resistance in non-small cell lung cancer. Cell Death & Disease. 2025 May 25;16(1):414.doi: 10.1038/s41419-025-07711-z
12- Kalyoncu M, Demirci D, Eris S, Dayanc B, Cakiroglu E, Basol M, Uysal M, Cakan‐Akdogan G, Liu F, Ozturk M, Karakülah G. Escape from TGF‐β‐induced senescence promotes aggressive hallmarks in epithelial hepatocellular carcinoma cells. Molecular Oncology. 2025 Mar 14. DOI: 10.1002/1878-0261.70021
Birim Sorumlusu: Aslı Seren
