Yeni Viral Hastalıklar

Baş Araştırmacı: Dr. Öğr. Üyesi Zeynep A. KOÇER

1918 İspanyol Gribi salgınından itibaren milyonlarca insanın ölümüyle sonuçlanan dört pandemiye yol açan influenza A virüslerinin doğal rezervuarı yabanıl su kuşları olsa da oldukça geniş bir konakçı yelpazesine sahiptirler. Geçirdikleri genetik değişimler nedeniyle hem tür içi hem de türler arası geçiş yeteneği kazanabilen influenza virüsleri, bu sayede epidemi ve pandemilere yol açabilmektedir. Bu nedenle, virüs genomunda meydana gelen değişimlerin izlenmesi ve bu değişimlerin potansiyel etkilerinin hesaplamalı ve deneysel yöntemlerle araştırılması, salgın riski taşıyan virüslerin daha iyi anlaşılmasına olanak tanımanın yanı sıra gelecekte yaşanabilecek salgınların etkilerinin azaltılmasına da katkılar sunmaktadır.

Laboratuvarımızda, başta influenza virüsleri olmak üzere insanlarda enfeksiyonlara yol açan viral patojenlerin genom analizleri ile moleküler karakterizasyonları yapılmakta ve biyoinformatik/hesaplamalı analizler yoluyla virüs evrimi, ekolojisi ve risk değerlendirmesi üzerine çalışmalar yürütülmektedir. Ayrıca, viral hastalıkların tedavisine ve önlenmesine yönelik antiviral ve aşı üretilmesi ile ilgili temel ön araştırmalar da laboratuvarımızın öncelikli araştırma alanları arasında yer almaktadır.

Ek olarak, avian influenza virüslerinin düşük patojeniteden yüksek patojeniteye dönüşümünde viral ve konakçı faktörlerin katkısının tahmin edilmesini sağlayacak biyoinformatik risk değerlendirme araçlarına yönelik yazılımlar da geliştirilmektedir.

Araştırma Alanları

Biyoinformatik Analizler

NGS viral genom dizi analizleri
Filogenetik ve filodinamik analizler
Moleküler dinamik simülasyonları
Risk değerlendirme araçlarının geliştirilmesi
Konakçı-patojen etkileşimine odaklı transkriptomik analizleri

Antiviral Adayı Moleküllerin Tespiti

Antiviral adayı bitki ekstraktlarının in vitro etkinlik testleri
Antiviral adayı küçük moleküllerin in silico ve in vitro etkinlik testleri

Aşı Geliştirme

Tersine genetik yöntemi ile influenza aşı antijenlerinin eldesi

Yayınlar

Azbazdar, M. E., Dikmenogullari, M., Kavalci, Z., & Koçer, Z. A. (2025). Genetic Evolution of the Hemagglutinin Genes of Seasonal Influenza A Viruses in Türkiye Between 2017 and 2023. Influenza and other respiratory viruses, 19(7), e70134. https://doi.org/10.1111/irv.70134

M. E. Azbazdar and Z. A. Koçer (2025). "İnfluenza B Virüslerinin Epidemiyolojisinde Demografi, Antijenik Özellikler ve Filogenetik İlişkilerin Bağlantısı," Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi, vol.55, no.1, pp.73-92, 2025. doi:10.54453/tmcd.2025.42744

Bai, Y., Lei, H., Song, W., Shin, S. C., Wang, J., Xiao, B., Koçer, Z. A., Song, M. S., Webster, R., Webby, R. J., Wong, S. S., & Zanin, M. (2024). Amino acids in the polymerase complex of shorebird-isolated H1N1 influenza virus impact replication and host-virus interactions in mammalian models. Emerging microbes & infections, 13(1), 2332652. https://doi.org/10.1080/22221751.2024.2332652

Azbazdar, M. E., Akıncı, G., Güler, E., Koçer, Z. A. (2022). The effect of sediment composition and polyethylene glycol precipitation on the detection limit of H6N2 influenza virus in sediment samples. Marine and Life Sciences, 4(1), 53-62.https://doi.org/10.51756/marlife.1091169

Mercan, Y., Atim, G., Kayed, A. E., Azbazdar, M. E., Kandeil, A., Ali, M. A., Rubrum, A., McKenzie, P., Webby, R. J., Erima, B., Wabwire-Mangen, F., Ukuli, Q. A., Tugume, T., Byarugaba, D. K., Kayali, G., Ducatez, M. F., & Koçer, Z. A. (2021). Molecular Characterization of Closely Related H6N2 Avian Influenza Viruses Isolated from Turkey, Egypt, and Uganda. Viruses, 13(4), 607.https://doi.org/10.3390/v13040607

Projeler

Devam Eden Projeler

TÜBİTAK-1001: İnfluenza Virüslerinin NS2/NEP Proteinini ve Viral/Konakçı Proteinler İle Etkileşim Arayüzlerini Hedefleyen Küçük Moleküllerin Antiviral Etkilerinin in silico ve in vitro Yaklaşımlar ile Araştırılması, Sözleşme Aşamasında (Yürütücü)

EUPAHW, Çoklu İşbirliği: Aşılamanın Kuş Kaynaklı İnfluenza Virüslerinin Evrimine Etkisi (EVIVA), Sözleşme Aşamasında (Yürütücü)

TÜBİTAK-NSF İkili İşbirliği: İnsan Influenza A Virüslerinin Ekolojik ve Evrimsel Dinamiklerine Domuz İnfluenza Virüslerinin Genetik ve Fenotipik Katkısı (FLU-SHIFT), Yürürlükte (Yürütücü)

ERA-NET Cofund ICRAD, Çoklu İşbirliği: Zoonotik Potansiyele Sahip Kuş Gribi Virüslerinin Ortaya Çıkmasına ve Yayılmasına Neden Olan Faktörlerin Belirlenmesi (FLU-SWITCH), Yürürlükte (Yürütücü)

TÜBİTAK-1004: Korunma ve Tedavi Ulusal Platformu, H9N2 avian influenza için biyoteknolojik aşı formülleri geliştirilmesi, Yürürlükte (Alt Proje Yürütücüsü)

TÜBİTAK-1002: Fenolik Bileşiklerce Zengin Cistus laurifolius Bitki Özütünün Mevsimsel Influenza A Virüslerine Karşı Antiviral Etkisinin İncelenmesi, Yürürlükte (Yürütücü)

Hacettepe Ünivesitesi-BAP: Balb/c Farelerde Perflorooktan Sülfonik Asit ve Perflorooktanoik Asit Maruziyetinin İnterlökin-17 Sinyal Yolağı ve İndüklenmiş Akciğer Hasarı Üzerine Etkilerinin İncelenmesi, Yürürlükte (Araştırmacı)

Boğaziçi Üniversitesi-BAP: Türkiye’de Yarasa Kaynaklı Kan Bakterisinin Yaygınlığının Genetik Yöntemler Kullanılarak Araştırılması, Yürürlükte (Araştırmacı)

Tamamlanan Projeler

Dokuz Eylül Üniversitesi-BAP: Yeni Nesil Dizileme Yöntemi ile Türkiye'de Bulunan Yarasaların Taşıdığı Zoonotik Virüs Profilinin Belirlenmesine Yönelik Ön Veri Eldesi ve Optimizasyon Çalışması, Tamamlandı (Yürütücü)

Dokuz Eylül Üniversitesi-BAP: 2018-2019 ve 2019-2020 Sezonlarında Ege Bölgesinde Görülen Mevsimsel Influenza A Virüslerinde Ortaya Çıkan Genetik Varyasyonların ve Olası Gen Takası Olgusunun Değerlendirilmesi, Tamamlandı (Yürütücü)

TÜBİTAK-1001: İnaktif Trivalan Grip Aşı Formülasyonlarının Geliştirilmesi, Tamamlandı (Araştırmacı)

TÜBİTAK-1001: Kıyı Kuşlarında Bulunan Influenza Virüslerinin Salgın Oluşturma Risklerinin Moleküler Açıdan Değerlendirilmesi, Tamamlandı (Yürütücü)

Dokuz Eylül Üniversitesi-BAP: Tortu Örneklerinden Moleküler ve Kültür Yöntemleri ile Influenza A Virüslerini Saptama Limitlerinin Belirlenmesi, Tamamlandı (Yürütücü)

TÜBİTAK-2232: Sulak Alanlarda Bulunan Tortularda Influenza A Virüslerinin Yaygınlığı ve Çeşitliliği, Tamamlandı (Yürütücü)

Ekip

Aktif Üyeler

Dr. Mukesh Nitin (Doktora Sonrası Araştırmacı)
M. Ekin Azbazdar, MSc (Doktora Adayı)
Mert Dikmenoğulları, MSc (Doktora Adayı)
Zeynep Kavalcı, MSc (Doktora Adayı)
Nidanur Işın (Yüksek Lisans Öğrencisi)
İlhan Mert Özalp (Yüksek Lisans Öğrencisi)
Zeynep Uzuntuna (Yüksek Lisans Öğrencisi) 

Önceki üyeler:

Yavuz Mercan, MSc
Öykü Durak, MSc
Emre Mert Asar, MSc