Dr. Burcu Akman
Biyografi
Dr. Burcu Akman, araştırmalarını epigenetik düzenleme mekanizmaları ve kromatin biyolojisi alanlarında yürütmektedir. Lisans eğitimini Ege Üniversitesi Biyoloji Bölümü’nde, yüksek lisansını İzmir Katip Çelebi Üniversitesi Tıbbi Biyoloji Programı’nda, doktora derecesini ise Dokuz Eylül Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Programı’nda tamamlamıştır.
Doktora sonrası çalışmalarını İzmir Biyotıp ve Genom Merkezi’nde (İBG) sürdürmüş; epigenetik düzensizliklerin hastalık patogenezindeki rolünü, özellikle kromatin düzenleyici mekanizmalar ve transkripsiyonel ağlar üzerinden incelemiştir. Hâlen Nadir ve Tanısız Hastalıklar Grubu ve RareBoost Platformu bünyesinde nadir hastalıklar ve nadir kanserlerde epigenetik mekanizmaların aydınlatılmasına odaklanmaktadır.
Araştırmaları, kromatin düzenleyici bozuklukların nörogelişimsel nadir hastalıklar ve agresif kanser alt tiplerindeki rolünü çözümlemeye; hücresel modeller ve epigenomik yaklaşımlar aracılığıyla varyantların fonksiyonel etkilerini ve hastalık patogenezini ortaya koymaya yöneliktir. Uzun vadede, epigenetik temelli hastalık mekanizmalarını sistematik biçimde inceleyen ve bu bilgiyi tanısal ve translasyonel stratejilere dönüştüren bütüncül araştırmalar yapmayı hedeflemektedir.
Araştırma Alanları:
- Nörogelişimsel nadir hastalıklarda kromatin düzenleyici mekanizmaların çözümlemesi
- Kanserde transkripsiyonel ağlar ve epigenetik yeniden programlanma
- Nadir nörogelişimsel hastalıklarda DNA metilasyon imzaları ve epigenomik profilleme
- Genom düzenleme ile fonksiyonel hastalık modelleme
- Bütüncül epigenomik ve transkriptomik analizleri (RNA-seq, ATAC-seq, ChIP-seq/CUT&RUN, DNA metilasyon analizi)
Projeler
Tübitak 1001: Parenti-Mignot Nörogelişimsel Sendromu İlişkili CHD5 Genindeki Patojenik Varyantlarının Epigenetik Regülasyona Etkileri (Yürütücü)
Süre: 36 Ay (Sözleşme Aşamasında)
Proje Ekibi: Pof. Dr. Şerif Şentürk, Doç. Dr. Serap-Erkek Ozhan, Doç. Dr. Ezgi Karaca, Dr. Yavuz Oktay, Dr. Necla Koçhan, Ayça Yiğit
ERDERA JTC 2025: Targeting PSC using Human Pre-clinical Models and Spatial Transcriptomics (Collaborator)
Süre: 36 ay (Mayıs 2026-Mayıs 2029)
Ulusal Proje Ekibi: Prof. Dr. Esra Erdal, Dr. Soheil Akbari, Doç. Dr. Nilay Danış
Tübitak 1002: Mesane Kanserinin Nöroendokrin Farklılaşmasında Beta-Katenin Aracılı Epigenetik Regülasyonun Aydınlatılması (Yürütücü)
Süre: 8 ay (Sözleşme Aşamasında)
Proje Ekibi: Doç. Serap Erkek-Ozhan, Ezgi Boyvatlı
BIDEB 2218: Mesane kanserinin nörendokrin farklılaşmasında EGF’in rolü (Yürütücü)
Proje Ekibi: Prof. Dr. Neşe Atabey, Doç. Dr. Serap Erkek-Ozhan, Ezgi Boyvatlı
Süre: 18 ay (01/11/2024-01/06/2026)
Yayınlar
Akman B, Gürsoy S, Gençpınar P, Polat Aİ, Hız AS, Oktay Y, Barakat TS, Özbek U, Erkek-Ozhan S. (2026) Histone Acetylation and Methylation in Rare Diseases: From Molecular Mechanisms to Clinical Presentations. Frontiers in Cell and Developmental Biology
Küçük C, Akman B, Hu X, Hatipoğlu T, Şeyhanlı A, Ceylan A, Yılmaz B, Öztürk OC, Erdağ TK, Özsan GH. (2025) Genetic and Epigenetic Aberrations of SOX7 in Newly Diagnosed and Relapsed Multiple Myeloma as Well as Related Neoplasms. Current Issues in Molecular Biology https://doi.org/10.3390/cimb47040244
Akman B, Bursalı A, Gürses M, Suner A, Karakülah G, Mungan U, Yörükoğlu K, Erkek Özhan S. (2024) Nucleocytoplasmic β‐Catenin expression contributes to neuroendocrine differentiation in muscle invasive bladder cancer Cancer Science, https://doi.org/10.1111/cas.16275
Ozgun G, Yaras T, Landman N, Akman B, Özden Yılmaz G, Karakülah G, van Lohuizen M, Senturk S, Erkek Ozhan S. (2024). Retinoids and EZH2 inhibitors cooperate to orchestrate cytotoxic effects on bladder cancer cells. Cancer Gene Therapy, 1-15. https://doi.org/10.1038/s41417-024-00725-3
Seyhanli A, Hatipoglu T, Akman B, Xiaozhou H, Ozsan GH, Kucuk C. (2023). Genetic and Epigenetic Analyses Reveal Transcriptional Silencing of SOX7 due to Deletion in a Multiple Myeloma Case with Double Relapse. International Journal of Hematology and Oncology, 33(1), 054-056. (Letter to Editor). doi: 10.4999/uhod.236587
Esmeray Sönmez E, Hatipoğlu T, Kurşun D, Hu X, Akman B, Yuan H, Danyeli Erşen A, Alacacıoğlu İ, Özkal S, Olgun A, Erdağ TK, Yua H, Küçük, C. (2022). Whole Transcriptome Sequencing Reveals Cancer-Related, Prognostically Significant Transcripts and Tumor-Infiltrating Immunocytes in Mantle Cell Lymphoma. Cells, 11(21), 3394. https://doi.org/10.3390/cells11213394
Akman B, Erkek Özhan S. (2022). Implications of Chromatin Modifier Mutations in Epigenetic Regulation of Bladder Cancer. Exon Publications, 45-60. (Book Chapter). doi: 10.36255/exon-publications-urologic-cancers-bladder-cancer-epigenetics
Hatipoğlu T, Esmeray Sönmez E, Hu X, Yuan H, Erşen Danyeli A, Şeyhanlı A, Önal-Süzek T, Zhang W, Akman B, Olgun A, Özkal S, Alacacıoğlu İ, Özcan MA, You H, Küçük, C. (2022). Plasma Concentrations and Cancer-Associated Mutations in Cell-Free Circulating DNA of Treatment-Naive Follicular Lymphoma for Improved Non-Invasive Diagnosis and Prognosis. Frontiers in Oncology, 12, 2395. doi: 10.3389/fonc.2022.870487
Akman B, Hu X, Liu X, Hatipoğlu T, You H, Chan WC, Küçük C. (2020). PRDM1 decreases sensitivity of human NK cells to IL2‐induced cell expansion by directly repressing CD25 (IL2RA). Journal of Leukocyte Biology, 109(5), 901-914. https://doi.org/10.1002/JLB.2A0520-321RR
Baytak E, Gong Q, Akman B, Yuan H, Chan WC, Küçük C. (2017). Whole transcriptome analysis reveals dysregulated oncogenic lncRNAs in natural killer/T-cell lymphoma and establishes MIR155HG as a target of PRDM1. Tumor Biology, 39(5), 1010428317701648.
Hu X, Baytak E, Li J, Akman B, Okay K, Hu G, Scuto A, Zhang W, Küçük, C. (2017). The relationship of Rel proto-oncogene to pathobiology and chemoresistance in follicular and transformed follicular lymphoma. Leukemia research, 54, 30-38.
İletişim: burcu.akman@ibg.edu.tr
