Gen Hedefleme ve Transgenik Modeller

Baş Araştırmacı: Doç. Dr. Kasım DİRİL

İBG Gen Hedefleme ve Transgenik Modeller Platformu, araştırma laboratuvarlarını ve modern teknolojik altyapısını yakın bir zaman önce tamamlamıştır. Platformumuz, temel ve translasyonel biyotıp alanlarında çalışan ve projeleri gereği genetiği değiştirilmiş transgenik fare modellerine ihtiyaç duyan bilim insanlarına iş birliği yolu ile destek ve uzun vadede ise hizmet verecektir.

Aşağıdaki sunduğumuz ve yakın zaman sunacağımız hizmetlere ek olarak, iş birliğine açık olduğumuz diğer bir ilgi alanımız, nadir genetik hastalıkların transgenik fare modellerinin oluşturulmasıdır.

Araştırma ve Hizmetler

Knockout ve knockin transgenik fare modellerinin üretilmesi: Araştırma platformumuz knockout ve knockin transgenik fare modellerinine ihtiyaç duyan araştırma gruplarıyla iş birliğine açıktır. Proje planlaması ve vektör tasarımı aşamasından başlayarak, bir transgenik fare kolonisinin oluşturulmasıyla sonuçlanacak süreçte destek veriyoruz.

Yakın geçmişte, yeni tanımladığımız bir nadir genetik hastalık için ilk defa bir knockin fare modeli ürettik (bkz. Haberler sekmesi). Çeşitli nadir genetik hastalıklar için transgenik modellerini geliştirmeye yönelik çalışmalarımız aktif olarak devam ediyor. Genetiği değiştirilmiş yeni fare modellerinin üretimine ihtiyaç duyan araştırmacılar ile işbirliğine açığız.

Fare embriyolarının kriyoprezervasyonu ve rederivasyonu: Embriyo kriyoprezervasyonu ve rederivasyonu çalışmaları için teknolojik alt yapımız tamamlanmıştır. Uygun protokollerin denenmesi ve sorunsuz çalıştıklarının doğrulanmasının ardından, transgenik fare hatlarını uzun dönem saklamak isteyen kullanıcılara hizmet sunulacaktır.

HİZMETLER - Güncel olarak verdiğimiz

Güncel olarak verdiğimiz hizmetler aşağıdaki gibidir. Detaylar, fiyatlar ve koşullar için lütfen e-mail ile iletişime geçiniz.

1. Knockout (indel): Ekson bölgesinde tek bir sgRNA'nın kullanımıyla kodon kayması (frameshift) mutasyonunun oluşturulması yöntemiyle gen fonksiyonunun yok edilmesi

2. Knockout (delesyon): İki farklı sgRNA'nın kullanımıyla gen lokusunda yüzlerce baz uzunluğunda bir nükleotid dizininin (bir veya birkaç ekson) çıkarılması yöntemiyle gen fonksinunun yok edilmesi

3. Knockin (nokta mutasyonu): Hedeflenen gen bölgesinde (örneğin bir eksonda) 10 nükleotide kadar sekansın değişimi ve/veya yerleştirilmesi

4. Knockin (epitop etiketleri): HA, FLAG vb. kısa epitop sekanslarının yerleştirilmesi

5. EKH gen hedefleme: Fare embriyonik kök hücrelerinde gen hedeflenmesi

6. Sperm kriyoprezervasyonu

7. Embriyo transferi ve fare hattı rederivasyonu

8. PNI (pronükleer enjeksiyon)

9. IVF (in vitro fertilizasyon)

Transgenik fare modelleri ve fiyatlar listesi

HİZMETLER - Geliştirme aşamasında

Aşağıda listelenen hizmetler teknik kapasitemiz dahilinde olmasına rağmen rutin olarak uygulamadığımız protokollerdir.

1. Embriyo kriyoprezervasyonu

2. EKH mikroenjeksiyonu

Yayınlar

• M. Kasim Diril, Kerem Esmen, Tugba Sehitogullari, Gizem Öztürk. Generation of albino C57BL/6J mice by CRISPR embryo editing of the mouse tyrosinase locus. Journal of Genetics. 2025 January ; 104 . doi:https://doi.org/10.1007/s12041-025-01493-1. İndir
• Abu Alhaija AA, Lone IN, Ozkuru Sekeroglu E, Batur T, Angelov D, Dimitrov S, Hamiche A, Firat Karalar EN, Ercan ME, Yagci T, Alotaibi H, Diril MK. Development of a mouse embryonic stem cell model for investigating the functions of the linker histone H1-4.. FEBS open bio. 2024 February. doi:10.1002/2211-5463.13750. İndir
• Diril MK, Erguven M. Genetic dissection of the Mastl-Arpp19/ENSAPP2A-B55δ pathway in mammalian cells. Turkish Journal of Biochemistry. 2023 April ; 48 (2) : 1-13. doi:10.1515/tjb-2022-0191. İndir
• Erguven M, Kilic S, Karaca E, Diril MK.. Genetic complementation screening and molecular docking give new insight on phosphorylation-dependent Mastl kinase activation. Journal of Biomolecular Structure and Dynamics. 2022 October . doi:10.1080/07391102.2022.2131627. İndir
• Erguven M, Karakulak T, Diril MK, Karaca E. How Far Are We from the Rapid Prediction of Drug Resistance Arising Due to Kinase Mutations?. ACS omega. 2021 January ; 6 (2) : 1254-1265. doi:10.1021/acsomega.0c04672. İndir

Projeler

• Türkiye Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Kurumu - TÜBİTAK - Ar-Ge : Ensa Ve Arpp19 Proteinlerinin Mitotik Fonksiyonlarının Incelenmesi, Tamamlandı
  DEÜ BAP - Dokuz Eylül Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Koordinasyon Birimi - Ar-Ge : Mastl kinazın mitotik fonksiyonlarının kimyasal genetik yöntemlerle analizi, Tamamlandı
• Türkiye Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Kurumu - TÜBİTAK - Ar-Ge : Transgenik fare modellerinin yerel üretimi için yöntem geliştirilmesi, Başladı, Yürürlükte
• Türkiye Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Kurumu - TÜBİTAK - Ar-Ge : Nörogelişimsel bir nadir genetik hastalık için transgenik fare modeli geliştirilmesi ve fenotipik karakterizasyonu, Başladı, Yürürlükte
• Türkiye Sağlık Enstitüleri Başkanlığı - TÜSEB - Ar-Ge : İnsanlaştırılmış karaciğer modeli FRG knockout farelerin üretimi, Başladı, Yürürlükte

Ekip

Aktif Üyeler

Kerem Esmen
Keziban Korkmaz Bayram
Ayşe Miray Oto
Nazlıcan Kesmik
Emre Kalay
Gökdeniz Aksu

Önceki Üyeler

Mehmet Ergüven
Seval Kılıç
Gizem Öztürk
Liubovi Sopco
Berfin Yıldız