Hastalık Epigenetiği

Baş Araştırmacı: Doç. Dr. Serap ERKEK

Epigenetik düzensizlik, sık görülen kanserlerden nadir genetik hastalıklara kadar çok geniş bir hastalık yelpazesinin temelinde yer almaktadır. Laboratuvarımız, gen düzenleyici mekanizmaları doğrudan kromatin seviyesinde anlamak amacıyla çoklu-omik profilleme yöntemlerini ayrıntılı biyokimyasal ve fonksiyonel analizlerle birleştirmektedir. MLL/COMPASS histon metiltransferaz komplekslerinin bileşenlerini kodlayan genlerde bulunan patojenik mutasyonlar ve bu mutasyonların düzenleyici ağları nasıl yeniden şekillendirdiğine yönelik araştırmalar özellikle ilgilendiğimiz alanlar arasında yer almaktadır. Bu mutasyonlara bağlı oluşan epigenetik imzaları ve hedeflenebilir moleküler hassasiyetleri belirleyerek hastaları daha doğru şekilde sınıflandırmayı ve mekanizmaya dayalı tedavilerin geliştirilmesine katkı sağlamayı hedefliyoruz.

Araştırma Alanları 

1. Kromatin düzenleyici mutasyonlarıyla ilişkili olarak epigenom regülasyonunun anlaşılması ve modüle edilmesi

Çoklu‑omik profilleme (ChIP‑seq, CUT&RUN‑seq, RNA‑seq, DNA‑methylation‑seq) ve fonksiyonel analizler

2. Transkripsiyonel düzenleyici ağların çözümlenmesi

ATAC‑seq ve H3K27ac ChIP‑seq, transkripsiyon faktörü motif analizi, transkripsiyon faktörü önceliklendirmesi

3. Kromatin düzenleyicilerin bireysel domain işlevlerinin anlaşılması

Domainleri eksprese eden konstrüksiyonların oluşturulması, Endojen Proteinlerin Hızlı İmmünopresipitasyon ve Kütle Spektrometrisi (RIME), protein‑protein etkileşimlerinin belirlenmesi, AlphaFold kullanılarak önceliklendirme.

Yayınlar

Dayanc B.* , Eris S.*, Gulfirat N.E., Ozden-Yilmaz G., Cakiroglu E., Coskun Deniz O.S., Karakülah G., Erkek-Ozhan S., Senturk S. Integrative multi-omics identifies AP-1 transcription factor as a targetable mediator of acquired osimertinib resistance in non-small cell lung cancer. Cell Death Dis. 16(1):414 (2025). *Equal first author contribution.

Akman B., Bursalı A., Gürses M., Suner A., Karakülah G., Mungan U., Yörükoğlu K., Erkek-Ozhan         S. Nucleocytoplasmic β-catenin expression contributes to neuroendocrine differentiation in muscle           invasive bladder cancer. Cancer Sci. 115(9):2985-2997 (2024).

Ozgun G., Yaras T.,  Akman B., Özden-Yılmaz G., Landman N.,  Karakülah G.,  van Lohuizen M., Senturk  S., Erkek-Ozhan, S. Retinoids and EZH2 inhibitors cooperate to orchestrate cytotoxic effects on bladder cancer cells. Cancer Gene Therapy. 31(4):537-551 (2024).

Ozden-Yılmaz G., Savas B., Bursalı  A., Eray A., Arıbaş A., Senturk  S., Karaca E., Karakülah G., Erkek-Ozhan, S. Differential Occupancy and Regulatory Interactions of KDM6A in Bladder Cell Lines. Cells. 12(6):836 (2023).

Guneri-Sozeri, P.Y*., Ozden-Yilmaz G.*, Kisim A., Cakiroglu E., Eray A., Uzuner H., Karakülah G.,         Pesen   Okvur D., Senturk S., Erkek-Ozhan, S. FLI1 and FRA1 transcription factors drive the transcriptional regulatory networks characterizing muscle invasive bladder cancer. Commun Biol. 6(1):199 (2023). *Equal first author contribution.

Projeler 

TÜBİTAK 2519 COST Çalışma Grubu Destek Programı, FLI1 transkripsiyon faktörünün mesane kanserinde tümör immünitesi ve immünoterapi yanıtlarındaki rolünün belirlenmesi, Başladı

TÜBİTAK 2519 COST Çalışma Grubu Destek Programı, Pankreas Kanserinde MECOM'un Biyobelirteç Olarak Tanımlanması ve MECOM İfadesine Bağlı Pankreas Kanseri Hücrelerinde Epigenetik İnhibitör Yanıtının Belirlenmesi, Yürürlükte

TÜBİTAK 1001, Mesane Kanserinde KDM6A Proteininin Enzimatik Bölge Bağımlı Fonksiyonlarının NF-kB Sinyal Yolağı ve Makrofaj Fonksiyonu ile İlişkilendirilmesi, Yürürlükte

EMBO Installation Grant, Mesane kanserine sebep olan epigenetik mekanizmaların belirlenmesi, Yürürlükte

TÜSEB B-Grubu, Kabuki Sendromu ilişkili KMT2D geninin FYR modülünde meydana gelen mutasyonların protein etkileşimlerine ve kromatin organizasyonuna olan etkisinin araştırılması, Yürürlükte

TÜBİTAK 2247-A Ulusal Lider Araştırmacılar Programı, Nöroendokrı̇n ve Nöroendokrı̇n-Benzerı̇ Mesane Tümörlerı̇nde β-catenin’ı̇n Rolü, Tamamlandı

TÜBİTAK 3501 İnvazif Olan ve İnvazif Olmayan Mesane Kanser Hücre Hatlarını Karakterize Eden Transkripsiyon Regülasyon Ağlarının Belirlenmesi, Tamamlandı

Ekip

Aktif Üyeler

Ezgi Boyvatlı
Ahmet Can Tülü
Burcu Akman

Önceki Üyeleri

Gizem Özgün (Doktora Öğrencisi)
Ezgi Boyvatlı (Yüksek Lisans Öğrencisi)
Perihan Yağmur Güneri (Yüksek Lisans Öğrencisi)
Aleyna Eray (Yüksek Lisans Öğrencisi)