Hesaplamalı Sistem Biyolojisi
Baş Araştırmacı: Dr. Öğr. Üyesi Athanasia PAVLOPOULOU
Post-genomik çağda, şüphesiz ki biriken çok sayıda omik verisi bulunmaktadır. Araştırma grubumuzda kamuya açık yüksek verimli teknolojilerden yararlanarak karmaşık biyolojik sistemleri incelemek amacıyla hesaplamalı yöntemler uyguluyor ve geliştiriyoruz. Bu kapsamda da büyük hacimli verileri biyolojik ve klinik açıdan anlamlı şekilde entegre etmek, işlemek, analiz etmek ve yorumlamak için sistem biyolojisi temelli iş akışları kuruyoruz. Amacımız, çeşitli hastalıklar için tanı koymada kullanılabilecek biyobelirteçler ve tedaviye yönelik hedefler geliştirmektir. Bu doğrultuda; epidemiyolojik verilerin meta-analizi, biyolojik ağlar, makine öğrenmesi ve in silico ilaç keşfi gibi çok sayıda yöntemi kapsayan güçlü bir araç seti oluşturmaktayız.
Araştırma Alanları
- Biyolojik dizilerin analizi
- Yüksek verimli biyolojik verilerin analizi
- Biyolojik Ağlar
- Bilgisayar destekli ilaç tasarımı
- Biyolojik verilerin analizi için biyoinformatik boru hatlarının geliştirilmesi
- Makine öğrenmesi
- Epidemiyolojik verilerin meta-analizi
- Doğal Dil İşleme
- Nötrasötikler
- Filogenetik ve Karşılaştırmalı Genomik
Yayınlar
Bigiş EZ, Yıldız E, Tagka A, Pavlopoulou A*, Chrousos GP, Geronikolou S. (2025) “Novel Minimal Absent Words Detected in Influenza A Virus” Viruses 17:659.
Logotheti S, Vasilopoulos SN, Tremi I, Gkikoudi A, Fragkos M, Pavlopoulou A, Havaki S, Georgakilas AG (2025) “The DNA Damage Response as an Auxiliary Indicator of Senescence in Cancer: A User-Friendly Toolkit of Markers and Detection Methods” Methods in Molecular Biology 2906:83-112
Asfa SS, Arshinchi Bonab R, Önder O, Uça Apaydın M, Döşeme H, Küçük C, Georgakilas AG, Stadler BM, Logotheti S, Kale S, Pavlopoulou A (2024) “Computer-Aided Identification and Design of Ligands for Multi-Targeting Inhibition of a Molecular Acute Myeloid Leukemia Network” Cancers 16:3607
Kafalı Y, Pavlopoulou A (2024) "From Hydra to Human: In Silico Investigation of the Atavistic Model of Cancer " Cukurova Medical Journal 49: 863-880
Geronikolou S, Pavlopoulou A, Koutelekos I, Kalogirou D, Bacopoulou F, Cokkinos DV. (2024) “Polycystic Ovary Syndrome and Ferroptosis: Following Ariadne’s Thread” Biomedicines 12:2280
Proje ve Patentler
Tamamlanan projeler:
TÜBİTAK 1001 - RD: 8p23.1 bölgesinde tekrarlayan şekilde silinmiş olan SOX7 transkripsiyon faktörünün multipl miyelom gelişimi ve ilaç direnci üzerindeki etkisinin moleküler, epigenomik ve transkriptomik yaklaşımlarla karakterize edilmesi, Tamamlandı
TÜBİTAK 1001 - RD: Kolon karsinoma hücrelerinde Anoikis direnci genlerinin Crispr/Cas9 Genom Düzeyinde Dizileme ile belirlenmesi, Tamamlandı
TÜBİTAK 1001 - RD: Yeni çok fonksiyonlu akıllı yapay virüs taşıyıcı sistemlerin geliştirilmesi ve Üçlü Negatif Meme Kanseri hücrelerinde Crispr/Cas9 Genom-Düzeyinde Dizileme ile belirlenen Afatinib direnç genlerinin hedeflenmesi ile TNBC tedavi yanıtının elde edilmesi, Tamamlandı
Yunanistan Araştırma ve Yenilik Genel Sekreterliği - ARISTEIA II - RD: IntDaMuS: Çoklu Kaynaktan Gelen Verilerin Entegrasyonu, Tamamlandı
Avrupa Birliği - INSPIRE - RD: Atina Üniversitesi Kanser Araştırma Grubu’nun Avrupa araştırma alanına entegrasyonu, Tamamlandı
Avrupa Birliği - BioExplore - RD: Mikroalglerin biyoteknolojik kullanımı, Tamamlandı
Devam eden projeler:
Türk Tıbbi Onkoloji Derneği - P-TTOD-2022-165 - RD: NaturaProDB veri tabanı analiziyle elde edilen doğal bileşiklerin HER-2 (+) meme kanseri hücresinde tedavi yanıtını artırma etkisinin araştırılması,
Yunanistan Araştırma ve Yenilik Genel Sekreterliği - DEKA UTH - RD: Sistem biyolojisi kapsamında karmaşık biyolojik ağların analizi,
Patentler:
Kossida S, Vlachakis D, Tsiliki G, Pavlopoulou A (Mayıs 2012)
“İnsan Poliadenozin Ribonükleaz (PARN) İnhibitörlerinin Tasarımı İçin 3D FARMAKOFOR”
GR/2012/0100266 – 21.05.2012 (Yayın) – 201201605 – 21.05.2012
Ekip
Aktif Üyeler
Merve UÇA APAYDIN (Araştırmacı)
Didem ÖKMEN (Doktora Öğrencisi)
Egemen Erdem GÜLER (Doktora Öğrencisi)
Ahenk ER UĞURCAN (Doktora Öğrencisi)
Elif YILDIZ (Doktora Öğrencisi)
İlayda KELEŞ (Yüksek Lisans Öğrencisi)
Elif Zülal BİGİŞ (Yüksek Lisans Öğrencisi)
Eren ÖZ (Yüksek Lisans Öğrencisi)
Önceki Üyeler
Işıl TAKAN (Doktora Öğrencisi)
Halil İbrahim TOY (Doktora Öğrencisi)
Merve UÇA APAYDIN (Doktora Öğrencisi)
Halil İbrahim PAZARBAŞI (Doktora Öğrencisi)
Yağmur KAFALI (Yüksek Lisans Öğrencisi)
Hande YILMAZ (Yüksek Lisans Öğrencisi)
Melih ÖZBEK (Yüksek Lisans Öğrencisi)
Seyedehsadaf ASFA (Yüksek Lisans Öğrencisi)
Reza ARSHINCI BONAB (Yüksek Lisans Öğrencisi)
