Omiks Hesaplamalı Biyofizik

Baş Araştırmacı: Dr. Öğr. Üyesi Seyit KALE

Ekibimiz yüksek performanslı bilgisayarlı hesaplama, moleküler modelleme ve istatistiksel fizik araçları kullanarak hastalıkta ve sağlıkta hücre içinde görev yapan moleküler düzeydeki makinelerin çalışma mekanizmalarını aydınlatmaya çalışmaktadır. Bununla birlikte bu mekanizmaların doğru çalışabilmeleri için terapetik müdahale amaçlı küçük molekül, peptit ve antikor tasarımı stratejileri üzerinde de çalışmalar yürütmekteyiz. Rahman sendromu adlı nadir hastalık üzerine geliştirdiğimiz patolojik karakterizasyonu coğrafyamızı etkileyen başka nadir hastalıklara da genellemek ve genişletmekteyiz.

Görsel: Kanser terapisi amaçlı üretilen bir monoklonal antikorun raf ömrünün (stabilitesinin) hesaplama araçlarıyla tahmin edilmesi ve tek nokta mutasyonlarıyla optimize edilmesi.

Video: Ultra-nadir Rahman sendromu hastası bireyin bağlayıcı histon H1.4 proteininin DNA’ya bağlanma mekanizmasının yüksek performanslı hesaplama araçlarıyla gerçekleştirilen atomistik simülasyonu.

YAYINLAR

Döşeme, H., Uluçay, T., and Kale, S. "Dynamic recognition of the nucleosome core particle by select chromatin factors." Procedia Computer Science, (2025): 130-139.

Asfa, S.S., Arshinchi Bonab, R., Önder, O., Uça Apaydın, M., Döşeme, H., Küçük, C., Georgakilas, A.G., Stadler, B.M., Logotheti, S., Kale, S. and Pavlopoulou, A., 2024. Computer-Aided Identification and Design of Ligands for Multi-Targeting Inhibition of a Molecular Acute Myeloid Leukemia Network. Cancers, 16(21), p.3607.

Kale, S., Boopathi, R., Belotti, E., Lone, I.N., Graies, M., Schröder, M., Petrova, M., Papin, C., Bednar, J., Ugrinova, I. and Hamiche, A., 2023. The CENP-A nucleosome: where and when it happens during the inner kinetochore’s assembly. Trends in Biochemical Sciences, 48(10), pp.849-859.

Arslan, M., Uluçay, T., Kale, S. and Kalyoncu, S., 2023. Engineering of conserved residues near antibody heavy chain complementary determining region 3 (HCDR3) improves both affinity and stability. Biochimica et Biophysica Acta (BBA)-Proteins and Proteomics, 1871(4), p.140915.

Ozden, B., Boopathi, R., Barlas, A.B., Lone, I.N., Bednar, J., Petosa, C., Kale, S., Hamiche, A., Angelov, D., Dimitrov, S. and Karaca, E., 2023. Molecular mechanism of nucleosome recognition by the pioneer transcription factor Sox. Journal of Chemical Information and Modeling, 63(12), pp.3839-3853.

PROJELER

Avrupa Moleküler Biyoloji Organizasyonu Başlangıç Hibesi, Installation Grant IG No 5056-2022, Identification of EpigeneticMechanisms of MitoticFidelity in Chromatin. Yürütücü Seyit Kale, 250 000 Avro,yürürlükte.

Avrupa Birliği Yüksek Performanslı Hesaplama Ortak Girişimi EuroHCP JU, AI- and Data-intensiveComputingGrantEHPC-AI-2024A01-088, Investigation of Novel Epigenetic Signals through Combinatorial Crosstalk between Histone Isoforms. Yürütücü Seyit Kale, 32 000 nodehours (4 096 000 corehours), tamamlandı.

Avrupa Birliği Yüksek Performanslı Hesaplama Ortak Girişimi EuroHCP JU,Regular Access Call Computing Grant EHPC-REG-2023R02-125,Project RAHMAN. Yürütücü Seyit Kale, 36938 nodehours (4 728064corehours), tamamlandı.

Tübitak 1001 122Z215, Hastalık ve Normal Koşullar Altında Bağlayıcı Histon H1-aracılıklı Kromatin Katlanma Mekanizması, Yürütücü DimitarAngelov, Araştırmacı Seyit Kale, tamamlandı.

Avrupa Birliği Çok-kaynaklı Hesaplama İşlem Girişimi PRACE-DECI-17 (Partnershipfor Advanced Computing in Europe, Distributed European Computing Initiative), Computing Grant for Project EPICENTROME. Yürütücü Seyit Kale, 24 960 000 corehours, tamamlandı.

Avrupa Birliği Çok-kaynaklı Hesaplama İşlem Girişimi PRACE-DECI-16 (Partnershipfor Advanced Computing in Europe, Distributed European Computing Initiative), Computing Grant for Project CCAN. Yürütücü Seyit Kale, 1 344 000corehours, tamamlandı.

EKİP 

Aktif Üyeler

Serhan Turunç (Doktora Öğrencisi)
Gözdem Çavdar Arıcı (Doktora Öğrencisi)
Büşra Yüksel (Yüksek Lisans Öğrencisi)
Büşra Boztepe (Yüksek Lisans Öğrencisi)
Özge Öz (Stajyer)
Halil İbrahim Topuz (Lisans Öğrencisi)
İdil Bilge Tunç (Lisans Öğrencisi)

Önceki Üyeler

Ceyda Nur Öksüm (Lisans Öğrencisi)
Cem Taşkıran (Stajyer)
Asude Cansu (Stajyer)
Bora Güvendiren (Stajyer)
Onur Önder (Yüksek Lisans Öğrencisi)
Merve Uça (Doktora Öğrencisi)
Tuğçe Uluçay (Araştırmacı)
Deniz Doğan (Araştırmacı)