Transkripsiyonel Regülasyon
Baş Araştırmacı: Doç. Dr. Hani ALOTAİBİ
Transkripsiyonel Regülasyon Laboratuvarı, transkripsiyonel programların ve sinyal yolaklarının kanser ilerlemesini, hücre farklılaşmasını ve plastisiteyi nasıl kontrol ettiğini anlamaya odaklanmaktadır. Amacımız, kritik transkripsiyonel düzenleyicileri tanımlamak, moleküler mekanizmalarını incelemek ve kanser biyolojisi ile ötesinde klinik önemlerini değerlendirmektir. Moleküler biyoloji, genomik ve hücresel modeller üzerine kurulu yaklaşımlar kullanarak, hem temel biyolojik bilgiye hem de translasyonel uygulamalara katkı sağlamayı hedefliyoruz.
Vizyonumuz, temel ve uygulamalı bilimlerin kesişiminde transkripsiyonel kontrolün anlaşılmasını ilerletmek, yeni tedavi hedefleri ve stratejilerinin keşfine katkıda bulunmaktır. Laboratuvar ayrıca yenilikçi ve etkili sonuçlar üretmek amacıyla disiplinlerarası eğitim ve iş birliklerine önem vermektedir.
Araştırma Alanları
- Kanser ve hücre farklılaşmasında transkripsiyonel düzenlemenin mekanizmaları.
- Tümör biyolojisinde epitel-mezenkimal geçiş (EMT) ile inflamasyon arasındaki ilişkinin incelenmesi.
- GRHL3, p73 ve AXL gibi transkripsiyon faktörlerinin kanser hücre kaderini düzenlemedeki rolleri.
- Hepatoselüler karsinom ve meme kanserinde transkripsiyonel programların translasyonel öneminin araştırılması.
Yayınlar
- Eskier D, Yetkin S, Arslan N, Karakülah G, Alotaibi H. Exploring Regulatory Roles of Transposable Elements in EMT and MET through Data-Driven Analysis: Insights from regulaTER. Journal of Molecular Biology. 2025 Jan; 437(2): 168887. doi: 10.1016/j.jmb.2024.168887
- Abu Alhaija AA, Lone IN, Özkuru Şekeroğlu E, Batur T, Angelov D, Dimitrov S, Hamiche A, Fırat Karalar EN, Ercan ME, Yağcı T, Alotaibi H, Diril MK. Development of a mouse embryonic stem cell model for investigating the functions of the linker histone H1-4. FEBS Open Bio. 2024 Feb. doi:10.1002/2211-5463.13750
- Alotaibi H, Meuwissen R, Sayan AE. Editorial: Understanding the mesenchymal to epithelial transition: a much-needed angle for epithelial mesenchymal plasticity. Frontiers in Cell and Developmental Biology. 2024 Oct; 12: 1497515. doi:10.3389/fcell.2024.1497515
- Alotaibi H. The transcription factor ELF5 is essential for early preimplantation development. Molecular Biology Reports. 2023 Mar; 50: 2119–2125. doi:10.1007/s11033-022-08217-z
- Yetkin S, Alotaibi H. Selection and validation of novel stable reference genes for qPCR analysis in EMT and MET. Experimental Cell Research. 2023 Jul; 428(1): 113619. doi: 10.1016/j.yexcr.2023.113619
- Demir AB, Baris E, Kaner UB, Alotaibi H, Atabey N, Koç A. Toll-interacting protein may affect doxorubicin resistance in hepatocellular carcinoma cell lines. Molecular Biology Reports. 2023 Aug. doi:10.1007/s11033-023-08737-2
- Sengez B, Carr BI, Alotaibi H. EMT and Inflammation: Crossroads in HCC. Journal of Gastrointestinal Cancer. 2022 Jan. doi:10.1007/s12029-021-00801-z
- Toyran N, Alotaibi H. Evaluating the Transcriptional Regulation of Cdh1 by Grhl3 in Different Cellular Models. Journal of The Institute of Science and Technology. 2022 Mar; 12(1): 446–454. doi:10.21597/jist.963916
Projeler
Devam Eden Projeler
TÜBİTAK – RD: Kanser ve Osteoporoz Tedavisi İçin Monoklonal Antikor Etkin Maddeli Biyobenzer İlaç Geliştirilmesi ve Üretilmesi.
TÜBİTAK – RD: Epitelden-mezenkimal geçiş (EMT) ve mezenkimden-epitel geçiş (MET) süreçlerinin epigenetiği: Histon varyantları ve öncü transkripsiyon faktörlerinin rolü.
TÜBİTAK – RD: Mezenkimden-epitel geçişte (MET) kritik olan uzun kodlamayan RNA’ların fonksiyonel analizi.
TÜSEB – RD: Meme kanseri MCF-7 hücre modelinde ZEB1 ile indüklenen EMT/MET süreçlerindeki kritik LncRNA’ların tanımlanması ve fonksiyonel analizleri.
TÜBİTAK – RD: Sağlıkta ve Rahman Sendromunda Bağlayıcı Histon H1E.
DEÜ BAP – RD: Kanser ve metastaz oluşumunda Elf5 geninin rolü, E-cadherin üzerindeki regülasyonu ve EMT/MET kontrol mekanizmasındaki işlevi.
TÜBİTAK – RD: TP73’ün AXL regülasyonundaki rolünün belirlenmesi ve TP73–AXL ilişkisinin DNA hasarında incelenmesi.
TÜBİTAK – RD: Korunma ve Tedavi Ulusal Platformu.
TÜBİTAK – RD: C730027H18Rik geninin mezenkimden-epitel geçişteki rolü: MET regülasyonuna yeni bir bakış.
Tamamlanan Projeler
TÜBİTAK – RD: Mezenkimden-epitel geçişini (MET) kontrol eden transkripsiyonel ağların belirlenmesi.
DEÜ BAP – RD: Mezenkimden-epitel geçiş sürecinde ELF3’ün GRHL3 ekspresyonuna etkisinin araştırılması.
TÜBİTAK – RD: Mezenkimden-epitel geçişte epigenetik yeniden programlamayı etkileyen transkripsiyon faktörlerinin tanımlanması.
TÜBİTAK – RD: Desminin kromatin ile etkileşiminin araştırılması.
Ekip
Aktif Üyeler
Canan Büşra Ersayar (Araştırma Teknisyeni)
İnci Yaprak (Yüksek Lisans Öğrencisi)
Zehra Yağmur Alagöz (Lisans Öğrencisi)
Seray Yetkin (Doktora Öğrencisi)
Şeyma Nur Yıldız (Doktora Öğrencisi)
Zeynep Karagöz (Yüksek Lisans Öğrencisi)
Hilal Çağlayan (Doktora Öğrencisi)
Helin Sağır (Doktora Öğrencisi)
Esra Dinçarslan (Yüksek Lisans Öğrencisi)
Önceki Üyeler
Burcu Şengez (Araştırma Görevlisi)
Nazlıhan Astopal (Misafir Araştırmacı)
Hadi Rouhrazi (Doktora Sonrası Araştırmacı)
Tuğşen Aydemir (Doktora Sonrası Araştırmacı)
Naz Şerifoğlu (Yüksek Lisans Öğrencisi)
Çağrı Buldu (Yüksek Lisans Öğrencisi)
Diana Zeid (Yüksek Lisans Öğrencisi)
Caner Yarımçam (Doktora Öğrencisi)
Gürkan Akyıldız (Doktora Sonrası Araştırmacı)
Hazal Aytekin (Doktora Öğrencisi)
İrem Küllü (Lisans Öğrencisi)
Ayça Özkan (Yüksek Lisans Öğrencisi)
Tuğçe Yapar (Doktora Öğrencisi)
Şimal Kayıkçı (Lisans Öğrencisi)
Gkamze Impraimoglu Kafaz (Yüksek Lisans Öğrencisi)
Sevgi Erdem (Misafir Araştırmacı)
İlayda Kaya (Lisans Öğrencisi)
Filiz Şahin (Yüksek Lisans Öğrencisi)
Doğa Eskier (Doktora Öğrencisi)
Şehriban Büyükkılıç (Doktora Öğrencisi)
Nilüfer Düz (Doktora Öğrencisi)
Esin Şekeroğlu (Doktora Öğrencisi)
