Hesaplamalı Dizi Analizi
Baş Araştırmacı: Prof. Dr. Gökhan KARAKÜLAH
Hesaplamalı Dizi Analizi Laboratuvarı, biyoinformatik alanında genomik, transkriptomik ve epigenomik verilerin analizi üzerine odaklanan yenilikçi araştırmalar yürütmektedir. Laboratuvarımız, yeni nesil dizileme teknolojileriyle üretilen verilerden elde edilen single-cell ve bulk RNA-seq, füzyon transkript analizi, küçük RNA’lar (miRNA, tRNA, lncRNA), mobil genetik elementler, 16S rRNA sekanslama, ATAC-seq ve ChIP-seq gibi ileri düzey veri türlerini analiz etmekte ve bu verilerden biyolojik anlam çıkarılmasını sağlayan algoritmalar ile hesaplama yöntemleri geliştirmektedir. Çalışmalarımız; kompleks hastalıklar, kanser biyolojisi, immünoloji ve nörobilim gibi alanlarda, biyobelirteç keşfi, moleküler mekanizmaların aydınlatılması, hastalıkla ilişkili gen ağlarının analizi, yeni yazılım paketleri ve otomatik iş-akışları geliştirilmesi gibi hedeflere odaklanmaktadır.
Laboratuvarımız ayrıca, farklı omik verilerin (multi-omics) entegre analizi, veri görselleştirme, makine öğrenmesi tabanlı modelleme konularında da aktif olarak çalışmaktadır. Multidisipliner iş birlikleriyle yürütülen bu çalışmalar, biyolojik sistemleri daha derinlemesine anlamamıza ve translasyonel araştırmalara katkı sağlayacak yeni biyoinformatik çözümler geliştirmemize olanak sunmaktadır.
Araştırma Alanları
- Biyoinformatik
- Genomik
- Transkriptomik
- Epigenomik
- Metagenomik
Yayınlar
- Islakoğlu, Y. Ö., Korhan, P., Binokay, L., Keleş, B., Bağırsakçı, E., Uludağ Taşçıoğlu, M., Şamdancı, E., Karakülah, G., & Atabey, N. (2025). Fusion transcripts landscape in hepatocellular carcinoma and potential impact on the expression of fusion partners. RNA Biology, 22(1), 1–16. https://doi.org/10.1080/15476286.2025.2529036
- Karacicek, B., Katkat, E., Binokay, L., Ozhan, G., Karakülah, G., & Genc, S. (2025). The role of tRNA fragments on neurogenesis alteration by H₂O₂-induced oxidative stress. Journal of Molecular Neuroscience, 75(2), 1–12. https://doi.org/10.1007/s12031-025-02299-4
- Arioz, B. I., Binokay, L., Tastan, B., Genc, B., Cotuk, A., Dursun, E., Gezen-Ak, D., Hanagası, H., Gurvit, I. H., Bilgic, B., Bagriyanik, A., Karakülah, G., Yener, G. G., & Genc, S. (2025). Characterization of tRNA-derived fragments in the small neuron-derived extracellular vesicles of Alzheimer’s disease patients. Brain Research, 149730. https://doi.org/10.1016/j.brainres.2025.149730
- Dayanç, B., Eris, S., Gulfirat, N. E., Ozden-Yilmaz, G., Cakiroglu, E., Coskun Deniz, O. S., Karakülah, G., Erkek-Ozhan, S., & Senturk, S. (2025). Integrative multi-omics identifies AP-1 transcription factor as a targetable mediator of acquired osimertinib resistance in non-small cell lung cancer. Cell Death & Disease, 16(1), 414. https://doi.org/10.1038/s41419-025-06888-5
- Cakiroglu, E., Eris, S., Oz, O., Karakülah, G., & Senturk, S. (2025). Genome-wide CRISPR screen identifies BUB1 kinase as a druggable vulnerability in malignant pleural mesothelioma. Cell Death & Disease, 16(1), 241. https://doi.org/10.1038/s41419-025-06701-3
Projeler
Devam eden projeler:
TÜBİTAK - AB COST
Pankreas Kanserinde MECOM'un Biyobelirteç Olarak Tanımlanması ve MECOM İfadesine Bağlı Pankreas Kanseri Hücrelerinde Epigenetik İnhibitör Yanıtının Belirlenmesi
(Yürütücüler: S. Erkek Özhan – G. Karakülah; Araştırmacılar: Ö. Sağol, A. Aysal Ağalar, C. Ağalar, İ. T. Ünek, et al.) – Yürürlükte
TÜBİTAK 1001
Mezenkimal-Epitelyal Dönüşümde C730027H18Rik Geninin Rolü: MET Düzenlemesine Yeni Bir Bakış
(Yürütücü: H. Alotaibi; Araştırmacı: G. Karakülah) – 2024–2027 (Yürürlükte)
TÜSEB B Grubu AR-GE
Kabuki Sendromu ilişkili KMT2D geninin FYR modülünde meydana gelen mutasyonların protein etkileşimlerine ve kromatin organizasyonuna olan etkisinin araştırılması
(Yürütücüler: S. Erkek Özhan; Araştırmacılar: Y. Oktay, E. Karaca Erek, G. Karakülah, A. S. Hız, G. Özden Yılmaz, et al.) – 2023–2025 (Yürürlükte)
Ekip
Aktif Üyeler
Hüseyin Güner (Doktora Öğrencisi)
Necati Kaan Kutlu (Doktora Öğrencisi)
