Hesaplamalı Yapısal Biyoloji
Grup Lideri: Doç. Dr. Ezgi KARACA
Laboratuvar web sitesi: https://csb-karacalab.github.io
Karaca Lab, biyomoleküler arayüzlerin nasıl oluştuğunu, nasıl korunduğunu ve nasıl değiştiğini araştırır. AlphaFold tabanlı örnekleme, moleküler dinamik ve bütünleşik modelleme yaklaşımlarını bir araya getirerek tahmin edilen kompleks yapıların doğruluğunu değerlendirir, bağlanma özgüllüğünü belirleyen arayüz temaslarını ortaya koyar ve dizi kaynaklı bilgiden konformasyonel dinamikleri çıkarırız.
Araştırma Alanları
- Tahmin yöntemlerinin değerlendirilmesi: Yapı ve bağlanma afinitesi tahminlerine ne kadar güvenilebilir? CASP ve CAPRI gibi topluluk değerlendirmeleri ve özel karşılaştırma setleriyle tahmin yöntemlerini test eder, daha verimli örnekleme ve puanlama protokolleri geliştiririz.
- Arayüz değişimi: Mutasyonların, hastalık varyantlarının ve izoformların protein arayüzlerini nasıl güçlendirdiğini, zayıflattığını ya da ortadan kaldırdığını haritalar; bu haritaları işlevsel karakterizasyon ve bağlayıcı tasarımı için kullanırız.
- Arayüz dinamikleri: Arayüz temaslarının çoğu geçicidir; bağlanmayı belirleyen ise kalıcı olanlardır. Simülasyonlardan temas kalıcılığını ölçerek eş seçimi ve işlevin ardındaki dinamik ağları belirleriz.
- Dizide saklı dinamikler: AlphaFold distogramlarından ve AlphaFold tabanlı örneklemeden esneklik sinyallerini çıkararak arayüz hareketlerini ve konformasyon topluluklarını doğrudan diziden tahmin ederiz.
Yazılımlar
PROT-ON web sunucusu, DynaPIN, MinnieFold ve DistoFlex dahil açık kaynak araçlarımıza https://github.com/CSB-KaracaLab adresinden ulaşılabilir.
Yayınlar
Güncel ve eksiksiz liste için Google Akademik: https://scholar.google.com/citations?user=5mt6w7MAAAAJ
Projeler ve Ekip
Güncel projeler, ekip üyeleri, mezunlar ve yönetilen tezler laboratuvar web sitesinde yer almaktadır: https://csb-karacalab.github.io
İletişim: ezgi.karaca@ibg.edu.tr
